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Un outil d’étude d’association de voies pour les analyses GWAS de l’information sur les voies métaboliques
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遗传学
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JoVE 杂志 遗传学
A Pathway Association Study Tool for GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information
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Un outil d’étude d’association de voies pour les analyses GWAS de l’information sur les voies métaboliques

DOI:
10.3791/61268-v

•

05:01 min

•

July 01, 2020

•

,
1Institute for Genomics, Biocomputing & Biotechnology,Mississippi State University, 2Corn Host Plant Resistance Research Unit,USDA-ARS

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:32Genome-Wide Association Study (GWAS) Data Loading
  • 00:57Load Linkage Disequilibrium (LD) Data Loading
  • 01:26Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Assignment
  • 01:56Significant Pathway Discovery
  • 02:35Rugplot Visualization
  • 03:21Results: Representative GWAS Analyses of Metabolic Pathway Information
  • 04:21Conclusion

Summary

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En exécutant l’outil d’étude pathway association (PAST), soit via l’application Shiny, soit via la console R, les chercheurs peuvent mieux comprendre la signification biologique des résultats de leur étude d’association à l’échelle du génome (GWAS) en étudiant les voies métaboliques impliquées.

Tags

GWASGenome-wide Association AnalysisMetabolic PathwayPASTPathway Association Study ToolSNPsLinkage DisequilibriumGene AnnotationPathway AnalysisRug PlotsR ConsoleShiny

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