Здесь мы представляем протокол для разъединения и сортировки определенной популяции клеток из самцов вспомогательных желез Дрозофилы (вторичных клеток) для секвенирования РНК и RT-qPCR. Изоляция клеток осуществляется путем очистки FACS вторичных клеток GFP-выражения после многоступенчатого процесса диссоциации, требующего вскрытия, пищеварения протеаз и механической дисперсии.