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多点PCR和毛细血管电泳对鱼类致病菌的多点变量数串联重复分析
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遗传学
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JoVE 杂志 遗传学
Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis of the Fish-pathogenic Bacterium Yersinia ruckeri by Multiplex PCR and Capillary Electrophoresis
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多点PCR和毛细血管电泳对鱼类致病菌的多点变量数串联重复分析

DOI:
10.3791/59455-v

•

10:33 min

•

June 17, 2019

•

, ,
1Fish Health Research Group,Norwegian Veterinary Institute, 2University of Bergen

Chapters

  • 00:04Title
  • 00:53Bacterial Cultivation and Extraction of Genomic DNA
  • 01:54Multiplex PCR Setup and Cycling Conditions
  • 03:14PCR Amplicon Confirmation by Gel Electrophoresis
  • 04:37Capillary Electrophoresis Setup and Run Conditions
  • 06:06VNTR (Variable-number Tandem-repeat) Size Calling, Repeat Count Calculation and MLVA (Multi-locus Variable-number Tandem-repeat Analysis) Profiling
  • 07:36Minimum Spanning Tree Cluster Analysis of MLVA Data
  • 09:21Results: Gel Electrophoresis, Electropherograms, and Minimum Spanning Tree
  • 10:09Conclusion

Summary

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这里介绍的多位数可变数串联重复分析(MLVA)测定使鱼类致病菌Yersinia ruckeri的廉价、坚固和便携式高分辨率基因分型成为可能。从纯培养基开始,该测定采用多路PCR和毛细管电泳,为下游应用生产十位MLVA型材。

Tags

Yersinia RuckeriMulti-locus Variable-number Tandem-repeat AnalysisMultiplex PCRCapillary ElectrophoresisGenotypingEpidemiologyPopulation StructureDiagnostic SpecificityInfection TracingVirulent ClonesEnvironmental Strains

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