Experimentell sepsis kan induceras i möss med användning av cecal ligation och punkteringsmetod (CLP). Nuvarande protokoll för att bedöma autophagy in vivo i samband med CLP-inducerad sepsis presenteras här: Ett protokoll för mätning av autophagy med användning av (GFP)-LC3 möss, och ett protokoll för att mäta autophagosome bildning genom elektronmikroskopi.