Journal
/
生物学
/
Ett protokoll för datorbaserad proteiners struktur och funktion förutsägelse
JoVE 杂志
生物学
This content is Free Access.
JoVE 杂志 生物学
A Protocol for Computer-Based Protein Structure and Function Prediction
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Ett protokoll för datorbaserad proteiners struktur och funktion förutsägelse

DOI:
10.3791/3259-v

•

16:41 min

•

November 03, 2011

•

, , ,
1Center for Computational Medicine and Bioinformatics,University of Michigan , 2Center for Bioinformatics and Department of Molecular Bioscience,University of Kansas

Chapters

  • 00:05Title
  • 02:21Running the I-TASSER Server
  • 03:37Structure Analysis
  • 05:58LOMETS Target Template Alignment
  • 07:30Structural Analogs in PDB and Enzyme Commission Number Prediction
  • 09:20Gene Ontology (GO) Term and Protein-ligand Bind site Predictions
  • 12:05Representative I-TASSER Results
  • 15:43Conclusion

Summary

自动翻译

自动翻译

Riktlinjer för datorbaserad strukturella och funktionella karakterisering av protein med hjälp av I-TASSER pipeline beskrivs. Från frågan protein sekvens, är 3D-modeller skapas med hjälp av flera gängning väglinjer och iterativ konstruktionsmontering simuleringar. Funktionella slutsatser som därefter dras baserade på matcher till proteiner med känd struktur och funktioner.

Tags

ProtocolComputer-basedProtein StructureFunction PredictionGenome Sequencing ProjectsProtein SequenceStructure And Function KnowledgeExperimental MethodsComputational ModelingI-TASSER ServerSecondary Structure PredictionSolvent Accessibility PredictionHomologous Template ProteinsStructure AlignmentsTertiary Structural ModelsStructure-based Functional AnnotationsConfidence ScoreEnd UsersUser-specified Inter-residue DistanceContact MapsI-TASSER ModelingTemplate ProteinsStructure Assembly Simulations

Article

Embed

添加到播放列表

Usage Statistics

Related Videos

Betydelsen av korrekt proteinkoncentration för kinetik och affinitet Bestämning i struktur och funktion Analys

Använda GELFREE 8100 Fraktionering System för Molekylär viktbaserad fraktionering med vätskefasen Recovery

Analys av utveckling av en morfologisk Fenotyp som en funktion av proteinkoncentration i Budding Jäst

Ett protokoll för identifiering av protein-proteininteraktioner Baserat på<sup> 15</sup> N metabolisk märkning, immunoutfällning, kvantitativa masspektrometri och Affinity modulering

Använda högupplöst datortomografi för att visualisera den tredimensionella strukturen och funktion växt kärlsystem

RNA förutsägelser av sekundär struktur med high-throughput SHAPE

Ett protokoll för Fag Display och Affinity val med rekombinanta protein Beten

Undersökning av protein-proteininteraktioner i levande celler med hjälp Bioluminescence Resonance Energy Transfer

Upptäcka protein interaktioner och karakterisering Protein Funktion med HaloTag Technology

Funktionell beredning och Kanalaktivitets Mätningar av renat Vildtyps och Mutant CFTR Protein

Read Article