Este protocolo describe un método para recolectar muestras de lágrimas utilizando tiras de Schirmer y un flujo de trabajo cuantitativo integrado para descubrir biomarcadores de proteínas lagrimales no invasivos. El flujo de trabajo de preparación de muestras con captura en suspensión permite una preparación rápida y robusta de muestras de lágrimas y análisis por espectrometría de masas, lo que da como resultado mayores rendimientos de recuperación de péptidos e identificación de proteínas que los procedimientos estándar en solución.