Journal
/
Biology
/
Orm-juster og Worm_CP, to åpen kildekode rørledninger for retting og kvantifisering av fluorescens bildedata hentet fra Caenorhabditis elegans
JoVE Journal
Biology
This content is Free Access.
JoVE Journal Biology
Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Orm-juster og Worm_CP, to åpen kildekode rørledninger for retting og kvantifisering av fluorescens bildedata hentet fra Caenorhabditis elegans

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Orm-align / Worm_CP er en enkel FIJI / CellProfiler arbeidsflyt som kan brukes til å rette og justere Caenorhabditis elegans prøver og å score helorm bildebaserte analyser uten behov for tidligere opplæringstrinn. Vi har brukt Worm-align/Worm_CP på kvantifisering av varmesjokkindusert uttrykk hos levende dyr eller lipiddråper i faste prøver.

Tags

Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Imaging C. elegans Embryos using an Epifluorescent Microscope and Open Source Software

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Grunnleggende<em> Caenorhabditis elegans</em> Metoder: Synkronisering og observasjon

Arbeidsflyt for High-innhold, Individuell Cell Kvantifisering av Fluorescent Markers fra Universal Microscope data, som støttes av Open Source Software

Sporing og Kvantifisering utviklingsprosesser i<em> C. elegans</em> Ved hjelp av Open-source verktøy

Observasjon og Kvantifisering av telomere og repeterende sekvenser med fluoresens<em> In Situ</em> Hybridisering (FISH) med PNA prober i<em> Caenorhabditis elegans</em

Open Source Høy innholdsanalyse Utnytte Automated Fluorescence Lifetime Imaging Mikros

Open-source Single-partikkel Analyse for Super-oppløsning Mikroskopi med VirusMapper

Kvantifisering av Lipid overflod og evaluering av Lipid distribusjon i Caenorhabditis elegans av Nilen rød og olje Red O flekker

IR-TEx: en åpen kilde data integrasjon verktøyet for stor data Transcriptomics designet for malaria Vector Anopheles gambiae

Read Article