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微生物タンパク質および特殊代謝産物データの分析にオープンソースのMALDI TOF-MS IDBacパイプラインを使用
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Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data
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微生物タンパク質および特殊代謝産物データの分析にオープンソースのMALDI TOF-MS IDBacパイプラインを使用

日本語

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09:29 min

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May 15, 2019

DOI:

10.3791/59219-v

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10.3791/59219-v

•

09:29 min
May 15, 2019

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1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, College of Pharmacy,University of Illinois at Chicago, 2Faculty of Pharmaceutical Sciences,University of Iceland

Summary

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IDBacは、細菌コロニーから掻き取られた細胞材料に収集された、無傷のタンパク質と特殊な代謝スペクトルの両方からのデータを統合するオープンソースの質量分析ベースのバイオインフォマティクスパイプラインです。このパイプラインにより、研究者は数百から数千の細菌コロニーを種置分類群に迅速に組織し、特殊な代謝産物生産に基づいてそれらをさらに区別することができます。

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Clark, C. M., Costa, M. S., Conley, E., Li, E., Sanchez, L. M., Murphy, B. T. Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data. J. Vis. Exp. (147), e59219, doi:10.3791/59219 (2019).

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