FM boyalar sinaptik dinamiklerin anlaşılmasına çok değerli yardım edilmiştir. FMS normalde farklı stimülasyon sırasında floresan mikroskop altında takip edilmektedir. Ancak, elektron mikroskobu ile kombine FM boyaların Fotoçevrim sinaptik BOUTONS, diğer ultrastrüktür bileşenleri arasında, farklı sinaptik vezikül havuzları görselleştirme sağlar.