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CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires
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CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires
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11:13 min
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May 25, 2018
DOI:
Özet
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Ici, nous décrivons des méthodes pour effectuer des ChIP-Seq et cartes de CAIRP-Seq, y compris la préparation de la bibliothèque pour l’ordonnancement de nouvelle génération, pour générer l’épigénomique global et l’ARN associée à la chromatine dans les cellules ES.
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CARIP-SeqChIP-SeqChromatin-associated RNAsProtein-DNA InteractionsEmbryonic Stem CellsEkolojiTranscription FactorsEpigenetic RegulatorsHistone ModificationsChromatin ImmunoprecipitationSonicationFormaldehyde Cross-linkingGlycinePhosphate Buffered SalineTrypsinizationMEF MediumFetal Bovine SerumSonication BufferSodium Dodecyl Sulfate
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Kidder, B. L. CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells. J. Vis. Exp. (135), e57481, doi:10.3791/57481 (2018).
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