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Formaldéhyde-assisted isolement des éléments régulateurs à mesure accessibilité de la chromatine dans les cellules de mammifères
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Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells
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Formaldéhyde-assisted isolement des éléments régulateurs à mesure accessibilité de la chromatine dans les cellules de mammifères

DOI:
10.3791/57272-v

•

08:08 min

•

April 02, 2018

•

, , , ,
1Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío, 2Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Bölümler

  • 00:04Başlık
  • 01:03Formaldehyde Crosslinking and Cell Harvesting
  • 02:18Cell Lysis and Chromatin Fragmentation
  • 03:25De-crosslinking of Control DNA
  • 04:04Phenol: Chloroform Purification of DNA
  • 06:44Results: Chromatin Accessibility Quantified
  • 07:29Conclusion

Özet

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La plasticité d’architecture nucléaire est contrôlée par des mécanismes épigénétiques dynamiques, y compris non codantes ARN, ADN méthylation, repositionnement du nucléosome ainsi que histone composition et modification. Nous décrivons ici un protocole d’isolement Formaldehyde-Assisted des éléments réglementaires (FAIRE) qui permet la détermination de l’accessibilité de la chromatine de façon reproductible, peu coûteuse et simple.

Etiketler

Chromatin AccessibilityFormaldehyde-assisted IsolationRegulatory ElementsMammalian CellsDNA-protein Cross-linkingChromatin RemodelingFAIRESonicationChromatin Fragmentation

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