Geautomatiseerde systemen en protocollen voor de routinematige bereiding van een groot aantal schermen en nanoliter kristallisatie druppels voor damp diffusie experimenten zijn beschreven en besproken.
Wanneer hoge kwaliteit kristallen die diffract van x-stralen worden verkregen, kan de kristalstructuur op in de buurt van atomaire resolutie worden opgelost. De voorwaarden om te kristalliseren eiwitten, Ani, RNAs en hun complexen kunnen echter niet worden voorspeld. Dienst van een breed scala van voorwaarden is een manier om het verhogen van het rendement van kwaliteit diffractie kristallen. Twee volledig geautomatiseerde systemen ontwikkeld op het MRC Laboratory of Molecular Biology (Cambridge, Engeland, MRC-LMB) die kristallisatie screening tegen 1.920 uitgangsvoorwaarden vergemakkelijken door damp diffusie in nanoliter druppels. Semi-automatische protocollen zijn ook ontwikkeld om te optimaliseren van voorwaarden door het veranderen van de concentraties van de reagentia, de pH, of door de invoering van additieven die eigenschappen van het resulterende kristallen potentieel te verbeteren. Alle bijbehorende protocollen zullen worden in detail beschreven en kort besproken. Tezamen, hierdoor handig en zeer efficiënte macromoleculaire kristallisatie in een multi-user-faciliteit, terwijl het geven van de gebruikers controle over essentiële parameters van hun experimenten.
Röntgendiffractie wordt uitgebreid toegepast op verder ons begrip van de mechanismen van de biologische en ziekte op het atomaire niveau en vervolgens bij het rationele aanpak van drug discovery1. Voor dit, gezuiverd en geconcentreerde (2-50 mg/mL) macromoleculaire monsters van eiwitten, DNA, RNA, andere liganden en hun complexen zijn trialed want hun neiging om vorm besteld driedimensionale roosters door kristallisatie2,3 ,4. Wanneer hoge kwaliteit kristallen worden verkregen die diffract van x-stralen, kan de kristalstructuur worden opgelost op in de buurt van atomaire resolutie5,6. Cruciaal, de voorwaarden om een nieuwe steekproef kristalliseren niet kan worden voorspeld en de opbrengst van hoge kwaliteit kristallen is meestal zeer laag. Een onderliggende reden is dat veel monsters van belang hebben uitdagende biochemische eigenschappen, waardoor ze unstable op het bijbehorende tijdschema voor de kristallisatie (meestal een paar dagen). Tot slot, het proces wordt nog verergerd door de tijd die nodig is om monsters en varianten van de steekproef te produceren, en voor het optimaliseren van hun zuivering en kristallisatie7,–8.
Een voorwaarde van kristallisatie is een oplossing met een neerslaande dat vermindert de oplosbaarheid van de steekproef en voorwaarden bevatten vaak ook buffers en additieven. Honderden van dergelijke reagentia zijn geschikt om te veranderen van de parameters van de kristallisatie experimenten zoals ze weinig geneigd hebben te bemoeien met monster integriteit (zoals eiwit of nucleïnezuur ontvouwen). Terwijl miljoenen combinaties van kristallisatie reagentia testen is niet haalbaar, is testen verschillende te veel screening kits – geformuleerd met verschillende strategieën9,10 – het mogelijk met verkleinde proeven en geautomatiseerde protocollen. In dit perspectief moet is het meest vatbaar techniek waarschijnlijk damp verspreiding met 100-200 nL druppels zittend op een kleine ruim boven een reservoir met de kristallisatie voorwaarde (25-250 µL), uitgevoerd in gespecialiseerde kristallisatie platen11 , 12. het eiwitSteekproef en voorwaarde die vaak worden gecombineerd in een 1:1 verhouding voor een totaal volume van 200 nL bij het opzetten van de druppels in de bovenste-putten. Robotic nanoliter eiwit kristallisatie kan worden geïmplementeerd met alternatieve technieken en platen zoals de minderjarigen olie batch13 en de Lipidic kubieke fase14 (de laatste een worden specifiek toegepast op trans-membraaneiwitten die zijn zeer slecht oplosbaar in water).
De kristallisatie faciliteit in het MRC-LMB werd gestart in de vroege 2000s, en een vroege overzicht van onze geautomatiseerde protocollen werd gepresenteerd in 200515. Een historische inleiding aan eiwit kristallisatie werd gepresenteerd en ook een overzicht van de voordelen van robotic nanoliter benaderen (en vervolgens een nieuwe benadering voor routinematige experimenten). Sinds macromoleculaire kristallisatie is in wezen een stochastisch proces met zeer weinig of geen nuttige informatie vooraf, met een breed scala van de initiële voorwaarden op grond (geschikt) verhogen het rendement van kwaliteit diffractie kristallen16. Bovendien, is een vaak vergeten voordeel van een grote aanvangsscherm aanzienlijk te verminderen de noodzaak voor optimalisatie van monsters en kristallen in veel gevallen. Natuurlijk kan een nog moeten gaan met de optimalisering van een aantal initiële voorwaarden later. De concentratie van de reagentia en de pH zijn meestal daarna systematisch onderzocht. Meer reagentia kunnen ook worden ingevoerd in de geoptimaliseerde of meerdere voorwaarden parameters van kristallisatie verder te wijzigen. Zeker, men kristallisatie moet proberen met een vers bereide monster, vandaar de bijbehorende protocollen moet eenvoudig en beschikbaar elk moment.
Hier twee volautomatische systemen ontworpen op het MRC-LMB (systemen 1 en 2) en de bijbehorende protocollen volledig worden beschreven. De belangrijkste toepassing van deze twee systemen is eerste screening door damp diffusie in drop kristallisatie platen zitten. Systeem 1 integreert een vloeibare handler, een geautomatiseerde carrousel op voorraad platen, een inkjet-printer voor het labelen van de plaat en een zelfklevende plaat sealer. Op het systeem 1, zijn 72 96-wells-platen gevuld met verkrijgbare screening kits (80 µL van voorwaarde overgedragen aan reservoir van een startende volume van 10 mL in proefbuizen), label en verzegeld. De platen worden vervolgens opgeslagen in een incubator van de 10 ° C waar ze beschikbaar voor gebruikers op elk gewenst moment (als eerste schermen zijn ‘LMB platen’ genoemd).
Systeem 2 integreert een vloeibare handler, een nanoliter dispenser en een zelfklevende plaat sealer. Op het systeem 2, druppels (100-1000 nL) zitten voor damp diffusie experimenten worden geproduceerd door het combineren van voorwaarden en het monster in de bovenste-putten van 20 48 – of 96-wells-platen vooraf gevuld met voorwaarden. Dit betekent 1.920 eerste screening voorwaarden trialed bij het gebruik van 20 LMB platen op het systeem 2.
Robots zijn ook individueel gebruikt voor de optimalisatie van de geselecteerde voorwaarden, en de bijbehorende semi-geautomatiseerde protocollen zijn ook beschreven. De 4-hoek methode17 is routinematig aangewend om te produceren optimalisatie schermen. Het bijbehorende protocol vereist eerst de handmatige voorbereiding van 4 oplossingen (‘A, B, C en D’). Twee lineaire verlopen van concentraties (voor twee belangrijkste kristallisatie agenten) worden dan automatisch gegenereerd rechtstreeks in de reservoirs van een plaat van kristallisatie. Hiervoor opleidingscyclus een spuit-gebaseerde vloeibare handler de 4 hoekoplossingen in verschillende verhoudingen.
Voor het verder optimaliseren van een voorwaarde, kan een additief schermen die potentieel de eigenschappen van de resulterende kristallen18 verbeterendienst. Twee benaderingen zijn beschikbaar voor additieve screening: een protocol beginnen met additieven in de reservoirs van de kristallisatie platen afgeleverd vóór de oprichting van de druppels (protocol 1) en een ander protocol waar het additieve scherm wordt aangeboden direct op de druppels (protocol 2).
Andere nuttige ontwikkelingen die ingeleid bij het MRC-LMB ter vergemakkelijking van de geautomatiseerde macromoleculaire kristallisatie, worden ook gepresenteerd. In wezen, kristallisatie platen en bijbehorende voorzieningen zoals een stapelbare samenleving van biomoleculaire Screening (SBS) deksel dat minimaliseert verdamping van voorwaarden bij het gebruik van het systeem 2.
Bij beknoptheid, wordt ervan uitgegaan dat gebruikers bekend met de basisfuncties en het onderhoud van de nanoliter dispenser, de inkjetprinter en de zelfklevende plaat sealer zijn. Tenzij anders vermeld, platen op het dek van de robots zijn geplaatst zodat het goed A1 (‘A1-corner’) is naar de hoek van de rug links van de drager van een plaat.
1 – voorbereiding en het gebruik van de eerste schermen opgeslagen in platen
Screening van kits moet worden vermengd voordat het wordt afgeleverd in platen, omdat lichte neerslag of fase scheiding in sommige buizen tijdens de opslag plaatsvindt. Wanneer een scherm is samengesteld uit twee kits (2 x 48 buizen), is de eerste buis van de tweede kit geplaatst op locatie E1 van de koeling vervoerder. Wanneer een scherm bestaat uit 4 kits (4 x 24 buizen), de eerste buis van de tweede kit geplaatst op locatie C1, de eerste buis van de derde kit wordt geplaatst in de locatie E1 en de eerste buis van de vierde kit is geplaatst in de locatie G1. Bij het invoegen van de buizen in hun koeling carrier, worden deksels geplaatst op een dienblad na de lay-out van de standaard 96-Wells-landschap. Aangezien goed nummers worden aangeduid op de top van de deksels met de fabrikanten, hierdoor kruiscontroles als alle buizen zijn geplaatst in de juiste volgorde. Dit helpt ook om de juiste deksels op de buizen vervangen bij het invullen van een beperkt aantal platen.
We slaan de vooraf ingevulde platen bij 10 ° C, een compromis invriezen en opslag bij 4 ° C, die leiden verslechtering van de omstandigheden en problemen met de afdichting tot kan te vermijden. Platen worden opgeslagen voor tot enkele maanden met normaal geen merkbare condensatie op de binnenzijde van het zegel. Dat geldt minder voor LMB05, LMB06, LMB09 en LMB10 platen zoals deze voorwaarden met relatief hoge concentraties van vluchtige reagentia (tabel 1 bevatten). Kleine hoeveelheid condensatie aan de binnenkant van het zegel afdichting efficiëntie vermindert en kruisbesmetting tussen putten terwijl de platen ontzegeling kan veroorzaken. Om te helpen met het voorkomen van condensatie tijdens eerste koeling, kunnen de platen eerst vanuit de carrousel in een geïsoleerde picknick koeler, dat is opgeslagen in een koelruimte van 4 ° C’s nachts worden overgezet. De zeer langzame afkoeling minimaliseert de ontwikkeling van temperatuurgradiënten binnen de verzegelde putten en vandaar vermindert condensatie algemene15. Bovendien, zodra de platen worden opgeslagen in de 10 ° C incubator, wordt een in-house aangepaste SBS polystyreen deksel gezet op de plaat aan de bovenkant van elke stack (niet afgebeeld).
Het geheel van onze vooraf ingevulde platen kan worden gebruikt als een groot eerste scherm tegen een roman, in water oplosbare, eiwitSteekproef. Als alternatief kunnen minder platen worden geselecteerd om aan specifieke eisen voldoen. Bijvoorbeeld, LMB15 en LMB19 zijn schermen geformuleerd speciaal voor membraan eiwit monsters26,27, of LMB20 is een scherm met zware-atomen om experimentele fasering van diffractie gegevens28 geformuleerd (Zie ook : Formulering van de MORPHEUS eiwit kristallisatie schermen).
2. het opzetten van kristallisatie druppels
Wanneer u het systeem 2, moet screening kits met aanzienlijke hoeveelheid vluchtige reagentia worden verwerkt eerst. Dit vermijdt condensatie vormen op het rubber van de SBS-deksels, die invloed kunnen zijn op de behandeling van de deksel en plaat afdichting. Een SBS-deksel heeft een beetje van goedkeuring wanneer op de bovenkant van een plaat, dat is waarom ze moeten in eerste instantie worden aangepast (Zie Protocol, stap 1.2.6). De dode volumes van eiwit in de putjes van de plaat PCR zijn relatief genereuze (0.8 µL, zie legende van tabel 2). Merk op dat even gul dode volumes worden ingezet bij het gebruik van de dispenser nanoliter individueel met eiwit in 8-well strips (tabel 4). Kleinere dode volumes kan werken, maar sommige monsters voldoen aan de tips, kalibratie van een robot kan worden enigszins onnauwkeurig, de kamer kan worden warmer dan gebruikelijk, enz. Al leiden tot monster verliezen gedekt door de gulle dode volumes om te consolideren van de aanpak.
Recente ontwikkelingen ingeschakeld verdere miniaturisatie van experimenten en dus de hoeveelheid monster nodig voor het screenen van kristallisatie voorwaarden kan aanzienlijk worden verkleind door de integratie van de bijbehorende technologie29,30 . Bepaalde aspecten van verdere miniaturisatie moeten echter zorgvuldig, zoals de verdamping van druppels31 en de manipulatie van microcrystals32.
Ten slotte, centrifugeren van de plaat (2.000 rpm, 1 min) kan worden geïntegreerd als een routine laatste stap bij het instellen van kristallisatie druppels (in sferische boven-wells). Een meer consistente grootte en vorm van druppels als gevolg van centrifugeren kunnen verminderen reproduceerbaarheid kwesties33,34. Zeker, gecentreerd druppels zal verlichten de latere evaluatie van experimenten met behulp van een Microscoop, zoals de vereiste brandpuntsafstand gelijk over de gehele plaat zijn zullen.
3. de voordelen van de methode 4-hoek
Het belangrijkste voordeel van de methode 4-corner is de eenvoud, die minimaliseert fouten en eenvoudige geautomatiseerde protocollen vergemakkelijkt. Bijvoorbeeld, zal de 4 hoekoplossingen altijd worden geplaatst op het dek van een vloeibare handler na de dezelfde lay-out. Ook zijn alle programma’s gebaseerd op vaste verhoudingen tussen de oplossingen (Figuur 3 c).
Handmatige voorbereiding van de 4 hoekoplossingen verdient de voorkeur aan geautomatiseerde behandeling van oplossingen bij hoge concentraties die zeer viskeuze kunnen. Relatief snel en accuraat aspiratie/verstrekking is dan mogelijk op de meeste soorten vloeibare handlers met minimumeisen voor optimalisatie van vloeibare klassen. Toch, sommige hoekoplossingen mogelijk nog niet al te visceus voor een robot met een vloeistof-systeem efficiënt kan werken. Daarom hebben we gekozen voor een vloeibare handler met verdringerpomp (figuur 3B).
Naast de 2 lineaire verlopen van concentraties, kan een derde component (dat wil zeggen, een aantal buffers/additieven) met een constante concentratie worden getest in een handige manier. Hiervoor is eerst een relatief grote hoeveelheid een kernset van hoekoplossingen op een voldoende hogere concentratie, met uitzondering van het onderdeel worden gevarieerd, bereid. Vervolgens voorraadoplossingen met inbegrip van dit onderdeel wordt toegevoegd aan de eindconcentraties aanpassen. Bijvoorbeeld zijn 50 mL een reeks van 4 hoekoplossingen bereid bij 10% hogere concentraties dan in eerste instantie. Dit basispakket is vervolgens opgesplitst in 5 kleinere subsets van 4. Tot slot, 10% in volume van verschillende buffer-pH oplossingen wordt toegevoegd aan elke deelverzameling.
4. formaten en soorten additieve schermen
De schermen worden normaal gesproken opgeslagen bij-20 ° C (Figuur 4) omdat ze niet regelmatig worden gebruikt en volatile/unstable verbindingen bevatten. Het gebruik van een bevroren additieve scherm opgeslagen in een diep goed blok (1 mL in putten) moet vroeg worden gepland, omdat het duurt 12-24 hr voor alle additieve oplossingen te volledig ontdooien bij kamertemperatuur. Ook een groot aantal gebruikers delen hetzelfde additief scherm, mogelijk veroorzaakt problemen met inbegrip van kruisbesmetting. Tot slot, de hoogte van diep goed blokken maakt ze ongeschikt voor de meeste nanoliter dispensers. Als een handige oplossing voor het omzeilen van deze kwesties, moet het scherm van het diep goed blok worden overgedragen aan laag-profiel platen (Figuur 4).
Historisch, additieve schermen die een breed scala aan enkele reagentia (met enkele concentraties omvatten) geweest zeer populaire35,,36. Echter, andere soorten additieve schermen hebben ontwikkeld die mixen van additieven37 of een beperkt aantal één additieven vinden op verschillende concentraties38 integreren. Tenslotte is een aanvullende benadering om te onderzoeken van het effect van additieven op de monsters voorafgaande aan de kristallisatie39,40.
5. meer overwegingen
Goede praktijken: De meeste schermen schadelijk of zelfs giftige stoffen bevatten en vandaar adequate persoonlijke bescherming moet worden ingezet tijdens de protocollen. Even, bewegende delen van de robots kan leiden tot verwondingen, vooral wanneer het proberen om handmatig een conflict veroorzaakt terwijl een programma wordt uitgevoerd (hoewel de meeste van de robots noodstop/knopsysteem hebben). Vanwege de technische complexiteit betrokken, regelmatige controle van de robots, schermen en programma’s met eerder gekenmerkt monsters zijn belangrijk voor de aanhoudende hoge niveaus van reproduceerbaarheid.
Doorvoer: Als een indicatie, tussen 4000 tot 8000 LMB worden platen geproduceerd jaarlijks met het systeem 1 (en vervolgens werknemer door gebruikers voor de eerste screening). Het is niet aangepast aan de voorraad een grote hoeveelheid vooraf ingevulde platen bij 10 ° C wanneer de verwachte omzet veel lager, als na 4-5 maanden, sommige voorwaarden is beginnen zal te verslechteren en verdampen. Verschillende benaderingen van automatisering protocollen zijn doorgevoerd voor kleine tot middelgrote laboratoria41.
Opslaan en de evaluatie van experimenten: Na de voorbereiding van de druppels, worden platen opgeslagen op de planken van de lage-trillingen in een kamer op 4 of 18 ° C met strak gecontroleerde temperatuur (± 0,5 ° C maximale afwijking). Experimenten worden beoordeeld met behulp van koude licht bron microscopen. Verschillende geautomatiseerde beeldvormingssystemen commercieel beschikbaar zijn, maar men moet alle aspecten zorgvuldig overwegen: de snelheid die is vereist voor het scannen van een plaat zullen volstaan voor hoge doorvoersnelheid? Objecten die geen kristallen verstoort autofocus? De resulterende kwaliteit van beelden voldoende zal zijn om ter plaatse zeer kleine kristallen (met name rond de rand van de druppels)? 42 , 43 , 44
Vergelijking van kristallisatie voorwaarden: Na zorgvuldig onderzoek over de aard van de aanvankelijk verkregen kristallen, kunt een trends en overeenkomsten over voorwaarden gebruik van de LMB scherm database of de C6 Webtool45analyseren.
The authors have nothing to disclose.
De faciliteit van de kristallisatie MRC-LMB is vriendelijk, ondersteund door de medische Raad voor onderzoek (UK). Wij danken de leden van de LMB voor hun steun: Olga Perisic (PNAC), Tony Warne, Fusinita Van den Ent en Pat Edwards (structurele Studies), Steve Scotcher en de andere leden van de mechanische Workshop, Neil Grant en Jo Westmoreland (visuele hulpmiddelen), Paul Hart en Tom Pratt (IT). Ook wil wij bedanken Steve Elliot (Tecan, UK), Mitchell Stuart en Heather Ringrose (Hamilton Robotica, UK), Paul Thaw, Robert Lewis en Joby Jenkins (TTP Labtech, UK), Paul Reardon (Swissci AG, Zwitserland), George Stephens en Donald Ogg (Alphabiotech, UK), Neil Williams (Markem-Imaje, UK) en Graham Harris (The Cleveland Agency) voor technische hulp.
Robots | |||
Freedom EVO® | Tecan | n/a | Liquid handler (System 1). Aspiration/Dispense based on system liquid. Integrates an automated carousel. EVOware plus controlling software v.2.4.12.0. |
Microlab® STAR™ | Hamilton | n/a | Liquid handler (System 2). Aspiration/Dispense based on positive displacement (CO-RE™ technology). Hamilton STAR controlling software v.4.3.5.4785 with method management interface. |
Mosquito® | TTP Labtech | n/a | Microsyringe-based nanoliter dispenser used to set up droplets (System 2 and stand-alone), 3-position deck. Controlling software v.3.11.0.1422. |
Dragonfly® | TTP Labtech | n/a | Syringe-based liquid handler used to produce optimization screens (4-corner method). Controlling software v.1.2.1.10196. |
Adhesive plate sealer | Brandel | n/a | Integrated to Systems 1 and 2 (also used as stand-alone robot). |
Inkjet printer 9232 | Markem-Imaje | n/a | Integrated to System 1. Touchscreen interface. |
Crystallization screens | |||
Crystal Screen™ 1 | Hampton Research | HR2-110 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01 |
Crystal Screen 2™ | Hampton Research | HR2-112 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01 |
Wizard™ Classic 1 | Rigaku | 1009530 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02 |
Wizard™ Classic 2 | Rigaku | 1009531 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02 |
Grid Screen™ Ammonium Sulfate | Hampton Research | HR2-211 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ PEG/LiCl | Hampton Research | HR2-217 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Quick Screen™ | Hampton Research | HR2-221 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ Sodium Chloride | Hampton Research | HR2-219 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ PEG 6000 | Hampton Research | HR2-213 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
Grid Screen™ MPD | Hampton Research | HR2-215 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
MemFac™ | Hampton Research | HR2-114 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
PEG/Ion™ | Hampton Research | HR2-126 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05 |
Natrix™ | Hampton Research | HR2-116 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05 |
Crystal Screen Lite™ | Hampton Research | HR2-128 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06 |
Custom Lite screen | Molecular Dimensions Ltd | n/a | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06 |
Wizard™ Cryo 1 | Rigaku | 1009536 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07 |
Wizard™ Cryo 2 | Rigaku | 1009537 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07 |
JBS1 | JenaBioScience | CS-101L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS2 | JenaBioScience | CS-102L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS3 | JenaBioScience | CS-103L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS4 | JenaBioScience | CS-104L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS5 | JenaBioScience | CS-105L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS6 | JenaBioScience | CS-106L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS7 | JenaBioScience | CS-107L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS8 | JenaBioScience | CS-108L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS9 | JenaBioScience | CS-109L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
JBS10 | JenaBioScience | CS-110L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 4.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 5.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 6.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 7.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 8.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 4.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 5.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 6.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 7.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 8.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Index™ | Hampton Research | HR2-144 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB13 |
SaltRX™ 1 | Hampton Research | HR2-107 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14 |
SaltRX™ 2 | Hampton Research | HR2-109 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14 |
MemStar™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-21 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15 |
MemSys™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-25 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15 |
JCSG-plus™ Suite | Qiagen | 130720 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB16 |
MORPHEUS® screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-46 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB17 |
Pi minimal screen | JenaBioScience | CS-127 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB18 |
Pi-PEG screen | JenaBioScience | CS-128 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB19 |
MORPHEUS® II screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-91 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB20 |
LMB crystallization screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-98 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB21 |
Additive screens | |||
HT additive screen | Hampton Research | HR2-138 | Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well). |
MORPHEUS® additive screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-93-500 | Frozen in 96-well deepwell block (500 µL per well). |
ANGSTROM additive screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-100 | Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well). |
MORPHEUS® additive screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-93 | Frozen in 96-well cell culture Costar® plate with V-shaped wells (100 µL per well). |
ANGSTROM additive screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-100-FX | Frozen in 96-well cell culture Costar® plate with V-shaped well (100 µL per well). |
HIPPOCRATES additive screen | Molecular Dimensions Ltd | n/a | 48 single additives (drug compounds found in MORPHEUS® III). |
Other consumables | |||
96-well MRC 2-drop plate | Swissci | MRC 96T-UVP | Sitting-drop, vapor diffusion plate. Reservoir recommended volume: 80 µL. Range of useful droplet volumes: 10-1000 nL. UV transmissible. |
48-well MRC 1-drop plate ('MAXI plate') | Swissci | MMX01-UVP | Sitting-drop, vapor diffusion plate for scale-up/optimization. Reservoir recommended volume: 200 µL. Range of useful droplet volumes: 0.1-10 µL. UV transmissible. |
MRC hanging drop seal | Swissci | n/a | Hanging-drop, compatible with both MRC vapor diffusion plates (MRC 96T-UVP and MMX01-UVP ). UV and X-ray transmissible. |
Adhesive sealing tape | Hampton Research | HR4-50 | 3-inch wide Duck® HD Clear™ for sealer and manual sealing. |
Adhesive aluminium sheet | Beckman Coulter | 538619 | Used to reseal additive screens. |
Ink cartridge | Markem-Imaje | 9651 | System 1 (inkjet printer). |
Solvent cartridge | Markem-Imaje | 8652 | System 1 (inkjet printer). |
50 µL tips | Hamilton | 235947 | System 2 (STAR™ liquid handler). Box of 6 sets with 1920 x CO-RE™ tips in disposable stacks. |
Reagent container | Hamilton | 194052 | Used to dispense a condition into plate(s) during additive screening protocols. |
PCR plate | Thermo Scientific™ | AB-2150 | System 2 (contains protein to be transfer to the Mosquito®). Abgene Diamond ultra, 384 V-shaped wells. |
microsyringes | TTP Labtech | 4150-03020 | Spool of 26,000 microsyringes for the Mosquito® nanoliter dispenser (9mm spacing). |
strip-holder block | TTP Labtech | 3019-05013 | SSB device for the Mosquito® strips, aka '4-way Reagent Holder'. |
2 µL 8-well strip | TTP Labtech | 4150-03110 | Contains protein on the deck of the Mosquito®. Box of 40 strips, max. vol. in well is 3.2 µL. |
5 µL 8-well strip | TTP Labtech | 4150-03100 | Contains protein on the deck of the Mosquito®. Box of 40 strips, max. vol. in well is 7.5 µL. |
5 mL syringes | TTP Labtech | 4150-07100 | Syringe body and piston for the Dragonfly® liquid handler. Pack of 100. |
Troughs/Reservoirs | TTP Labtech | 4150-07103 | Contains stock solutions on the deck of the Dragonfly®. Pack of 50. |
Orbital microplate shaker | CamLab Limited | n/a | Variomag® for mixing conditions in a single plate (0-2000 rpm). |
Microplate mixer | TTP Labtech | 3121-01015 | MxOne. Mixing condition in a single plate with 96 vibrating pins. |