نظم التشغيل الآلي والبروتوكولات لإعداد عدد كبير من الشاشات الاعتيادية ونانولتر بلورة قطرات البخار نشر التجارب موصوفة ومناقشتها.
عندما يتم الحصول على بلورات ذات جودة عالية التي ديفراكت الأشعة السينية، يمكن حلها بنية بلورية في القرب من القرار الذري. الشروط اللازمة لبلورة البروتينات والسلطات الوطنية المعينة، والكشف، وهذه المجمعات ولكن لا يمكن توقع. تستخدم مجموعة متنوعة واسعة من الظروف وسيلة لزيادة عائد بلورات حيود الجودة. وقد وضعت اثنين من أنظمة مؤتمتة بالكامل في “لجنة نهر الميكونج مختبر للبيولوجيا الجزيئية” (كامبريدج، إنكلترا، لجنة نهر الميكونج-LMB) التي تسهل فحص تبلور ضد الظروف الأولية 1,920 بنشر بخار في قطرات نانولتر. كما وضعت بروتوكولات شبه الآلي لتحسين الظروف بتغيير تركيزات الكواشف، درجة الحموضة، أو عن طريق إدخال الإضافات التي يحتمل أن تعزز خصائص البلورات الناتجة عن ذلك. سيتم وصف تفصيلي لكافة البروتوكولات المقابلة ومناقشتها بإيجاز. مجتمعة، فإنها تمكن بلورة الجزيئات ملائمة وذات كفاءة عالية في مرفق متعدد المستخدمين، بينما يعطي المستخدمين السيطرة على المعالم الرئيسية لهذه التجارب.
يتم تطبيق علم البلورات بالأشعة السينية على نطاق واسع لزيادة تعزيز فهمنا للآليات البيولوجية والأمراض على المستوى الذري ومساعدة بعد ذلك النهج العقلاني ل اكتشاف المخدرات1. ولهذا الغرض، تنقية وعينات الجزيئات مركزة (2-50 مغ/مل) من البروتين والحمض النووي والجيش الملكي النيبالي، وغيرها يغاندس وهذه المجمعات تجربته لميلها إلى نموذج أمر المشابك ثلاثية الأبعاد من خلال بلورة2،3 ،4. عندما يتم الحصول على بلورات ذات جودة عالية التي ديفراكت الأشعة السينية، يمكن حلها بنية بلورية في القرب من القرار الذري5،6. من الأهمية بمكان لا يمكن التنبؤ بالظروف المؤاتية لبلورة نموذج رواية وعائد بلورات ذات جودة عالية عادة ما تكون منخفضة جداً. هو أحد الأسباب الكامنة وراء أن العديد من عينات من الفائدة الخصائص البيوكيميائية صعبة، مما يجعلها غير مستقرة في مقياس الوقت المطابق لبلورة (عادة بضعة أيام). وأخيراً، تتفاقم العملية الوقت المطلوب لإنتاج عينات ونماذج المتغيرات، والأمثل على تنقية وبلورة7،8.
شرط بلورة حل مع مرسب الذي يقلل من قابلية الذوبان في العينة، وتحتوي على شروط غالباً أيضا المخازن المؤقتة والمواد المضافة. مئات من هذه الكواشف هي ملائمة تماما لتغيير معلمات التجارب تبلور لديهم ميل منخفضة لتتداخل مع سلامة العينة (مثل البروتين أو تتكشف الحمض النووي). في حين اختبار الملايين من مجموعات من الكواشف تبلور ليس ممكناً، اختبار عدة للعديد من مجموعات الفحص-صيغت مع مختلف الاستراتيجيات9،10 -ممكن مع المحاكمات المنمنمة والبروتوكولات الآلي. من هذا المنظور، الأسلوب الأكثر قابلية على الأرجح نشر بخار مع 100-200 nL قطرات يجلس على بئر صغيرة فوق خزان يحتوي على بلورة الشرط (25-250 ميليلتر)، نفذت في بلورة المتخصصة لوحات11 , 12-العينة البروتين والشرط غالباً ما يقترن بنسبة 1:1 لإجمالي حجم 200 nL عند إعداد القطرات في العلوي-الآبار. تبلور البروتينات نانولتر الروبوتية يمكن تنفيذها بتقنيات بديلة ولوحات مثل دفعة النفط وكيل13 و المرحلة مكعب Lipidic14 (آخر واحد يجري تطبيقها على بروتينات الغشاء ترانس التي على وجه التحديد ضعيف جداً للذوبان في الماء).
مرفق تبلور في لجنة نهر الميكونج-LMB وقد بدأ في وقت مبكر 2000s، وقدم موجز مبكر لدينا بروتوكولات الآلي في 200515. وقدم مقدمة تاريخية لبلورة البروتينات وأيضا نهج مخطط تفصيلي لمزايا نانولتر الروبوتية (ثم نهجاً جديداً للتجريب الروتينية). منذ تبلور الجزيئات هو أساسا عملية عشوائية مع المعلومات السابقة مفيدة جداً قليلاً أو لا، توظيف مجموعة متنوعة واسعة من الظروف الأولية (مناسبة) زيادة العائد من نوعية حيود بلورات16. وإلى جانب ذلك، ميزة كثيرا ما يغفل من شاشة أولية كبيرة التقليل من الحاجة إلى التحسين من عينات والبلورات في كثير من الحالات. وبطبيعة الحال، واحدة قد لا تزال بحاجة إلى المضي قدما في الاستغلال الأمثل لبعض الشروط الأولية في وقت لاحق. عادة، ثم يجري التحقيق تركز الكواشف ودرجة الحموضة بشكل منهجي. يمكن أيضا إدخال الكواشف أكثر إلى الشروط الأمثل لتغيير المعلمات لبلورة المزيد. ومن المؤكد أن واحدة ينبغي محاولة بلورة مع عينة طازج، ومن ثم البروتوكولات المقابلة يجب أن تكون واضحة ومتاحة أي وقت.
وهنا اثنين مؤتمتة بالكامل النظم المصممة في لجنة نهر الميكونج-LMB (نظم 1 و 2) والبروتوكولات المناظرة ويرد وصف كامل. التطبيق الرئيسي لهذين النظامين الأولى الفحص قبل نشر بخار في الجلوس لوحات تبلور قطره. يدمج النظام 1 معالج سائل ودائري الآلي لوحات الأسهم، طابعة النافثة لحبر للوحة العلامات والسدادة لوحة لاصقة. على نظام 1, 72 96-جيدا لوحات مليئة بمستلزمات الفرز المتوفرة تجارياً (80 ميليلتر من شرط نقل إلى الخزان من حجم ابتداء من 10 مل في أنابيب الاختبار)، والمسمى ومختومة. ثم يتم تخزين اللوحات في حاضنة 10 درجة مئوية حيث أنها تكون متوفرة للمستخدمين في أي وقت (كشاشات الأولى دعا ‘لوحات LMB’).
يتكامل نظام 2 معالج سائل وموزع نانولتر السدادة لوحة لاصقة. على النظام تنتج 2، يجلس قطرات (100-1,000 nL) لبخار نشر التجارب عن طريق الجمع بين الظروف والعينة في العلوي-آبار 20 48-96 جيدا أو لوحات المملوء مسبقاً مع الظروف. وهذا يعني 1,920 الفحص الأولى شروط تجربته عند استخدام لوحات LMB 20 على نظام 2.
الروبوتات تستخدم أيضا على حدة للاستفادة المثلى الشروط المحددة، ويرد أيضا وصف للبروتوكولات شبه الآلي المقابلة. ويستخدم الأسلوب 4-ركن17 بشكل روتيني لإنتاج شاشات الأمثل. ويتطلب البروتوكول الملحق أولاً إعداد دليل لحلول 4 (‘أ، ب، ج، ود’). ثم يتم تلقائياً إنشاء التدرجات الخطية اثنين من تركيزات (لاثنين من عملاء تبلور الرئيسي) مباشرة إلى الخزانات من صفيحة التبلور. ولهذا الغرض، يوزع معالج سائل على أساس حقنه الحلول الركن 4 في نسب مختلفة.
لمواصلة تحسين شرط، واحد يمكن أن تستخدم شاشات المضافة التي يحتمل أن تعزز خصائص البلورات الناتجة عن18. النهجين متاحة للفحص المضافة: بروتوكول بدءاً من المواد المضافة إلى الاستغناء عن إلى خزانات لوحات تبلور قبل إعداد القطرات (بروتوكول 1) وبروتوكول آخر حيث يتم الاستغناء عن الشاشة المضافة مباشرة على القطرات (2 من البروتوكول).
وترد أيضا التطورات المفيدة الأخرى التي كانت قد بدأت في لجنة نهر الميكونج-LMB لتيسير بلورة الجزيئات الآلي،. أساسا، تبلور اللوحات والأجهزة المرتبطة بها مثل غطاء تكويم المجتمع من الجزيئية البيولوجية الفحص (SBS) أن يقلل تبخر شروط عند استخدام نظام 2.
للإيجاز، فمن المفترض أن المستخدمين على دراية بالوظائف الأساسية وصيانة موزع نانولتر والطابعة النافثة للحبر والسدادة لوحة لاصقة. ما لم ينص على خلاف ذلك، يتم وضع لوحات على ظهر السفينة الروبوتات أن A1 جيدا (‘A1-الزاوية’) نحو الركن الأيمن الخلفي حاملة لوحة.
1-إعداد واستخدام شاشات الأولى المخزنة في لوحات
ينبغي أن تكون مختلطة فرز مجموعات قبل يجري الاستغناء عن إلى لوحات لفصل هطول الأمطار أو المرحلة الخفيفة يحدث في بعض الأنابيب أثناء التخزين. عند شاشة يتكون من اثنين من مجموعات (أنابيب 2 × 48)، يوضع في الأنبوب الأول من المجموعة الثانية في موقع E1 الناقل التبريد. عند شاشة تتألف من 4 مجموعات (أنابيب 4 × 24)، ويوضع في الأنبوب الأول من المجموعة الثانية في موقع C1 وتوضع الأنبوبة الأولى من المجموعة الثالثة في موقع E1 وتوضع الأنبوبة الأولى من المجموعة الرابعة في موقع G1. أثناء إدخال الأنابيب في الناقل التبريد، وأغطية توضع على صينية بعد تخطيط قياسي 96-جيدا المشهد. حيث ترد أعدادا جيدا على رأس الأغطية حسب الشركات المصنعة، وهذا يتيح التدقيق إذا وضعت جميع الأنابيب في الترتيب الصحيح. وهذا يساعد أيضا على استبدال الأغطية الصحيحة في الأنابيب عند ملء عدد مخفض من لوحات.
نقوم بتخزين لوحات معبأ مسبقاً في 10 درجة مئوية، إلى حل وسط لتجنب تجميد وتخزين عند 4 درجة مئوية التي قد تتسبب في تدهور الأوضاع والقضايا مع الختم. يتم تخزين لوحات لتصل إلى عدة أشهر مع عادة لا التكثيف ملحوظ على الوجه الداخلي للختم. وهذا صحيح أقل للوحات LMB05، LMB06، LMB09، و LMB10 كما تتضمن هذه الشروط مع تركيزات عالية نسبيا من الكواشف المتقلبة (الجدول 1). كمية صغيرة من التكثيف على الجانب الداخلي من الختم يقلل من كفاءة الختم، ويمكن أن يسبب التلوث المتبادل بين الآبار أثناء إعلان اللوحات. للمساعدة في منع التكثيف أثناء التبريد الأولية، يمكن نقل لوحات أولاً من دائري إلى نزهة معزول برودة التي يتم تخزينها في غرفة باردة 4 درجات مئوية بين عشية وضحاها. تبريد بطيئة جداً يقلل من وضع تدرجات حرارة داخل الآبار مختومة ومن ثم يقلل التكثيف الإجمالية15. وباﻹضافة إلى ذلك، حالما يتم تخزين اللوحات في الحاضنة 10 درجة مئوية، يوضع غطاء البوليستيرين SBS مخصصة داخلية على اللوحة في الجزء العلوي من كل مكدس (غير معروضة).
يمكن استخدام مجموعة كاملة من ألواح معبأ مسبقاً كشاشة أولية كبيرة ضد عينة بروتين رواية، للذوبان في الماء،. وبدلاً من ذلك، يمكن تحديد لوحات أقل بحيث تتطابق مع المتطلبات المحددة. على سبيل المثال، LMB15 و LMB19 هي الشاشات التي وضعت خصيصا لغشاء بروتين العينات26،27، أو LMB20 شاشة وضعت مع الذرات الثقيلة لتسهيل تجريبي على مراحل حيود البيانات28 (انظر أيضا : وضع الشاشات تبلور البروتينات MORPHEUS).
2-إعداد قطرات تبلور
عند استخدام نظام 2، فحص مجموعات مع كميات كبيرة من الكواشف متقلبة ينبغي معالجتها أولاً. تجنب هذا التكثيف تشكيل على مطاط الأغطية SBS، التي يمكن أن تؤثر على التعامل مع غطاء وختم اللوحة. غطاء SBS قد قليلاً من إزالة الألغام عند أعلى لوحة، الذي السبب في أنها تحتاج إلى أن يكون الانحياز في البداية (انظر البروتوكول، خطوة 1.2.6). وحدات التخزين الميت البروتين في الآبار التي بليت PCR هي سخية نسبيا (ميليلتر 0.8، أسطورة انظر الجدول 2). لاحظ أن يعمل وحدات التخزين الميت سخية على قدم المساواة عند استخدام موزع نانولتر فردياً مع البروتين في شرائط 8-جيدا (الجدول 4). قد تعمل وحدات التخزين الميت أصغر، لكن بعض العينات التقيد بالنصائح، معايرة الروبوت قد يصبح غير دقيق بعض الشيء، قد تكون الغرفة أكثر دفئا من المعتاد، إلخ. كل ما يؤدي إلى خسائر العينة المشمولة بوحدات التخزين الميت السخية من أجل ترسيخ النهج.
التطورات الأخيرة مكنت زيادة تصغير تجارب و وبالتالي يمكن تخفيض حجم العينة المطلوبة لفحص ظروف تبلور إلى حد كبير بإدماج المقابلة التكنولوجيا29،30 . ومع ذلك، بعض الجوانب لمزيد من التصغير تحتاج إلى دراسة متأنية، مثل تبخر قطرات31 والتلاعب في ميكروكريستالس32.
وأخيراً، يمكن إدماج الطرد المركزي اللوحة (2,000 لفة في الدقيقة، 1 دقيقة) كخطوة أخيرة روتينية عند إعداد قطرات تبلور (في الآبار العلوي كروية). قد يقلل حجم وشكل قطرات الناتجة عن الطرد المركزي أكثر اتساقا إمكانية تكرار نتائج القضايا33،34. ومن المؤكد أن سيخفف قطرات متوسط تقييم لاحق لتجارب باستخدام مجهر البؤري المطلوب سوف تكون مماثلة عبر لوحة كاملة.
3-مزايا الأسلوب 4-الزاوية
أهم ميزة الأسلوب 4-ركن هو بساطته، الأمر الذي يقلل من الأخطاء ويسهل البروتوكولات الآلي مباشرة. على سبيل المثال، سيتم وضع الحلول الركن 4 دائماً على سطح سائل معالج بعد نفس التخطيط. أيضا، كافة البرامج على أساس نسب ثابتة بين الحلول (الشكل 3).
إعداد دليل للحلول الركن 4 المفضل لمعالجة الآلي للحلول في التركيزات العالية التي يمكن أن تكون عالية اللزوجة. ثم سريعة ودقيقة نسبيا تطلع/الاستغناء عن الممكن في معظم أنواع معالجات سائلة مع الحد الأدنى من المتطلبات لتحسين الطبقات السائلة. ومع ذلك، قد تكون بعض الحلول ركن لزج جداً لروبوت العاملة مع نظام سائل تعمل بكفاءة. وهذا السبب اخترنا معالج سائلة العاملة مع الإزاحة الموجبة (الشكل 3B).
بالإضافة إلى التدرجات الخطية 2 تركيزات، يمكن اختبار مكون ثالث (أي، مجموعة من المخازن المؤقتة/المواد المضافة) بتركيز مستمر بطريقة مريحة. ولهذا الغرض، أعد كمية كبيرة نسبيا من مجموعة أساسية من زاوية الحلول بتركيز أعلى تأهيلاً مناسباً، باستثناء المكون لتكون متنوعة، أولاً. ثم، يتم إضافة الأسهم الحلول بما في ذلك هذا المكون لضبط تركيزات النهائي. على سبيل المثال، يتم إعداد 50 مل مجموعة من 4 ركن الحلول في تركيزات أعلى 10% من البداية. ثم يتم تقسيم هذه المجموعة الأساسية إلى 5 مجموعات فرعية أصغر من 4. أخيرا، يتم إضافة 10% في حجم الحموضة العازلة مختلف الحلول لكل مجموعة فرعية.
4-أشكال وأنواع من الشاشات المضافة
يتم عادة تخزين في-20 درجة مئوية (الشكل 4) نظراً لأنها لا تستخدم بانتظام على شاشات وتحتوي على المركبات المتطايرة/غير المستقرة. يجب أن يخطط له استخدام شاشة المضافة المجمدة مخزنة في كتلة عميق جيدا (1 مل في الآبار) مبكرا لأنه سوف يستغرق 12-24 ساعة لجميع الحلول المضافة ذوبان الجليد تماما في درجة حرارة الغرفة. أيضا، العديد من المستخدمين مشاركة نفس الشاشة المضافة، يحتمل أن يسبب مشاكل التلوث عبر. وأخيراً، ارتفاع كتل عميقة جيدا يجعلها غير مناسبة لمعظم نانولتر موزعات. كحل مناسب للالتفاف حول هذه القضايا، ينبغي نقل الشاشة من كتلة عميق جيدا إلى لوحات منخفضة المستوى (الشكل 4).
تاريخيا، كانت شاشات المضافة التي تشمل مجموعة متنوعة واسعة من الكواشف واحدة (مع تركيزات واحد) شعبية جداً35،36. ومع ذلك، تم وضع أنواع أخرى من شاشات المضافة التي تدمج يمزج المضافات37 أو تخفيض عدد المواد المضافة واحدة وجدت في تركيزات مختلفة38. وأخيراً، نهج تكميلي للتحقيق في تأثير المواد المضافة على العينات قبل تبلور39،40.
5-أكثر من الاعتبارات
الممارسة الجيدة: معظم الشاشات تحتوي على المواد الضارة أو السامة حتى و ومن ثم يجب أن تستخدم الحماية الشخصية المناسبة خلال البروتوكولات. على قدم المساواة، نقل أجزاء من الروبوتات قد يؤدي إلى وقوع إصابات، لا سيما عند محاولة التدخل يدوياً أثناء تشغيل برنامج (على الرغم من أن معظم الروبوتات بزر الإيقاف الطوارئ/نظام). بسبب التعقيدات التقنية المعنية، العادية التحقق من الروبوتات والشاشات والبرامج مع سابقا تتميز عينات اختبار هام لمستويات عالية مستديمة في إمكانية تكرار نتائج.
الإنتاجية: كمؤشر، بين 4,000 إلى 8,000 LMB لوحات يتم إنتاجها سنوياً مع نظام 1 (وتستخدمهم في وقت لاحق المستخدمين للفحص الأولى). هو لم تتكيف الأسهم كمية كبيرة من لوحات شغلها قبل الساعة 10 درجات مئوية عند الدوران المتوقع أقل بكثير، كبعد 4-5 أشهر، بعض الظروف سوف تبدأ في التدهور وتتبخر. تم تنفيذ نهوج مختلفة لبروتوكولات الأتمتة للمختبرات الصغيرة إلى المتوسطة الحجم41.
تخزين وتقييم تجارب: وبعد إعداد القطرات، يتم تخزين لوحات على الرفوف المنخفضة-الاهتزاز في غرفة في 4 أو 18 درجة مئوية مع درجة الحرارة التي تسيطر عليها أحكام (+/-0.5 درجة مئوية الحد الأقصى للانحراف). يتم تقييم تجارب باستخدام المجاهر مصدر الضوء الباردة. مختلف نظم التصوير الآلي متوفرة تجارياً، ولكن ينبغي النظر بعناية جميع جوانب: ستكون كافية لإنتاجية عالية السرعة المطلوبة لمسح لوحة؟ سوف تتداخل الكائنات عدا بلورات مع ضبط تلقائي للصورة؟ هل ستكون كافية لبقعة بلورات صغيرة جداً (لا سيما حول حافة القطرات) نوعية الصور الناتجة عن ذلك؟ 42 , 43 , 44
مقارنة بين تبلور الشروط: بعد تحقيقات دقيقة حول الطبيعة البلورات التي تم الحصول عليها في البداية، واحد تحليل الاتجاهات وأوجه التشابه عبر شروط استخدام LMB شاشة قاعدة البيانات أو C6 أداة ويب45.
The authors have nothing to disclose.
مرفق تبلور لجنة نهر الميكونج-LMB يرجى دعم من مجلس البحوث الطبية (المملكة المتحدة). ونشكر أعضاء LMB لدعمهم: أولغا بيريسيتش (PNAC) وتوني وارن، والأنف والحنجرة فإن دن فوسينيتا وبات إدواردز (دراسات الهيكلية)، ستيف سكوتشير والأعضاء الآخرين في “ورشة ميكانيكية”، نيل المنح وجو وستمورلاند (بصرية)، بول هارت وتوم برات (IT). نود أيضا أن نشكر ستيف إليوت (تيكان، المملكة المتحدة) وستيوارت ميتشل وهيذر رينغروس (الروبوتات هاملتون، المملكة المتحدة)، وبول ذوبان الجليد، وروبرت لويس وجوبي جنكينز (TTP لابتيتش، المملكة المتحدة)، بول ريردون (AG سويسسي، سويسرا)، دونالد Ogg (الفابيوتيتش، وجورج ستيفنس المملكة المتحدة)، نيل وليامز (ماركيم إيماجي، المملكة المتحدة) وغراهام هاريس (الوكالة كليفلاند) للحصول على مساعدة تقنية.
Robots | |||
Freedom EVO® | Tecan | n/a | Liquid handler (System 1). Aspiration/Dispense based on system liquid. Integrates an automated carousel. EVOware plus controlling software v.2.4.12.0. |
Microlab® STAR™ | Hamilton | n/a | Liquid handler (System 2). Aspiration/Dispense based on positive displacement (CO-RE™ technology). Hamilton STAR controlling software v.4.3.5.4785 with method management interface. |
Mosquito® | TTP Labtech | n/a | Microsyringe-based nanoliter dispenser used to set up droplets (System 2 and stand-alone), 3-position deck. Controlling software v.3.11.0.1422. |
Dragonfly® | TTP Labtech | n/a | Syringe-based liquid handler used to produce optimization screens (4-corner method). Controlling software v.1.2.1.10196. |
Adhesive plate sealer | Brandel | n/a | Integrated to Systems 1 and 2 (also used as stand-alone robot). |
Inkjet printer 9232 | Markem-Imaje | n/a | Integrated to System 1. Touchscreen interface. |
Crystallization screens | |||
Crystal Screen™ 1 | Hampton Research | HR2-110 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01 |
Crystal Screen 2™ | Hampton Research | HR2-112 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB01 |
Wizard™ Classic 1 | Rigaku | 1009530 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02 |
Wizard™ Classic 2 | Rigaku | 1009531 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB02 |
Grid Screen™ Ammonium Sulfate | Hampton Research | HR2-211 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ PEG/LiCl | Hampton Research | HR2-217 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Quick Screen™ | Hampton Research | HR2-221 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ Sodium Chloride | Hampton Research | HR2-219 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB03 |
Grid Screen™ PEG 6000 | Hampton Research | HR2-213 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
Grid Screen™ MPD | Hampton Research | HR2-215 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
MemFac™ | Hampton Research | HR2-114 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB04 |
PEG/Ion™ | Hampton Research | HR2-126 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05 |
Natrix™ | Hampton Research | HR2-116 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB05 |
Crystal Screen Lite™ | Hampton Research | HR2-128 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06 |
Custom Lite screen | Molecular Dimensions Ltd | n/a | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB06 |
Wizard™ Cryo 1 | Rigaku | 1009536 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07 |
Wizard™ Cryo 2 | Rigaku | 1009537 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB07 |
JBS1 | JenaBioScience | CS-101L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS2 | JenaBioScience | CS-102L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS3 | JenaBioScience | CS-103L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS4 | JenaBioScience | CS-104L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB08 |
JBS5 | JenaBioScience | CS-105L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS6 | JenaBioScience | CS-106L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS7 | JenaBioScience | CS-107L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS8 | JenaBioScience | CS-108L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB09 |
JBS9 | JenaBioScience | CS-109L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
JBS10 | JenaBioScience | CS-110L | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 4.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 5.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB10 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 6.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 7.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 1 pH 8.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 4.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB11 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 5.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 6.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 7.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Clear Strategy™ Screen 2 pH 8.5 | Molecular Dimensions Ltd | MD1-16LMB | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB12 |
Index™ | Hampton Research | HR2-144 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB13 |
SaltRX™ 1 | Hampton Research | HR2-107 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14 |
SaltRX™ 2 | Hampton Research | HR2-109 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB14 |
MemStar™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-21 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15 |
MemSys™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-25 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB15 |
JCSG-plus™ Suite | Qiagen | 130720 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB16 |
MORPHEUS® screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-46 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB17 |
Pi minimal screen | JenaBioScience | CS-127 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB18 |
Pi-PEG screen | JenaBioScience | CS-128 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB19 |
MORPHEUS® II screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-91 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB20 |
LMB crystallization screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-98 | Crystallization kit (test tubes, 10mL per condition) used in LMB21 |
Additive screens | |||
HT additive screen | Hampton Research | HR2-138 | Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well). |
MORPHEUS® additive screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-93-500 | Frozen in 96-well deepwell block (500 µL per well). |
ANGSTROM additive screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-100 | Frozen in 96-well deepwell block (1 mL per well). |
MORPHEUS® additive screen | Molecular Dimensions Ltd | MD1-93 | Frozen in 96-well cell culture Costar® plate with V-shaped wells (100 µL per well). |
ANGSTROM additive screen™ | Molecular Dimensions Ltd | MD1-100-FX | Frozen in 96-well cell culture Costar® plate with V-shaped well (100 µL per well). |
HIPPOCRATES additive screen | Molecular Dimensions Ltd | n/a | 48 single additives (drug compounds found in MORPHEUS® III). |
Other consumables | |||
96-well MRC 2-drop plate | Swissci | MRC 96T-UVP | Sitting-drop, vapor diffusion plate. Reservoir recommended volume: 80 µL. Range of useful droplet volumes: 10-1000 nL. UV transmissible. |
48-well MRC 1-drop plate ('MAXI plate') | Swissci | MMX01-UVP | Sitting-drop, vapor diffusion plate for scale-up/optimization. Reservoir recommended volume: 200 µL. Range of useful droplet volumes: 0.1-10 µL. UV transmissible. |
MRC hanging drop seal | Swissci | n/a | Hanging-drop, compatible with both MRC vapor diffusion plates (MRC 96T-UVP and MMX01-UVP ). UV and X-ray transmissible. |
Adhesive sealing tape | Hampton Research | HR4-50 | 3-inch wide Duck® HD Clear™ for sealer and manual sealing. |
Adhesive aluminium sheet | Beckman Coulter | 538619 | Used to reseal additive screens. |
Ink cartridge | Markem-Imaje | 9651 | System 1 (inkjet printer). |
Solvent cartridge | Markem-Imaje | 8652 | System 1 (inkjet printer). |
50 µL tips | Hamilton | 235947 | System 2 (STAR™ liquid handler). Box of 6 sets with 1920 x CO-RE™ tips in disposable stacks. |
Reagent container | Hamilton | 194052 | Used to dispense a condition into plate(s) during additive screening protocols. |
PCR plate | Thermo Scientific™ | AB-2150 | System 2 (contains protein to be transfer to the Mosquito®). Abgene Diamond ultra, 384 V-shaped wells. |
microsyringes | TTP Labtech | 4150-03020 | Spool of 26,000 microsyringes for the Mosquito® nanoliter dispenser (9mm spacing). |
strip-holder block | TTP Labtech | 3019-05013 | SSB device for the Mosquito® strips, aka '4-way Reagent Holder'. |
2 µL 8-well strip | TTP Labtech | 4150-03110 | Contains protein on the deck of the Mosquito®. Box of 40 strips, max. vol. in well is 3.2 µL. |
5 µL 8-well strip | TTP Labtech | 4150-03100 | Contains protein on the deck of the Mosquito®. Box of 40 strips, max. vol. in well is 7.5 µL. |
5 mL syringes | TTP Labtech | 4150-07100 | Syringe body and piston for the Dragonfly® liquid handler. Pack of 100. |
Troughs/Reservoirs | TTP Labtech | 4150-07103 | Contains stock solutions on the deck of the Dragonfly®. Pack of 50. |
Orbital microplate shaker | CamLab Limited | n/a | Variomag® for mixing conditions in a single plate (0-2000 rpm). |
Microplate mixer | TTP Labtech | 3121-01015 | MxOne. Mixing condition in a single plate with 96 vibrating pins. |