אנו מציגים שיטה ממוקדת אחזור רצף ה-DNA העתיק, שבו השתמשנו לשחזר את הגנום המיטוכונדריאלי המלא של חמישה אנשים Neandertal. השוואה בין הרצפים עם בני האדם של ימינו מציע כי הניאנדרטלים היה ארוך טווח אפקטיבי נמוך גודל האוכלוסייה.
אנו מציגים שיטה אחזור ממוקד רצף ה-DNA ממקורות DNA אשר מפורקים בכבדות מזוהמים עם ה-DNA של חיידקים, כמו אופייני עצמות עתיקות. השיטה מקטינה באופן משמעותי הרס מדגם ודרישות רצף ביחס ישיר PCR או רצף גישות רובה ציד. השתמשנו בשיטה זו כדי לשחזר את ה-DNA המיטוכונדרי מלא (mtDNA) הגנום של חמישה הניאנדרטלים מכל רחבי טווח הגיאוגרפי שלהם. המגוון הגנטי של mtDNA הניאנדרטלים המנוח היה כ שלוש פעמים נמוכה מזו של האדם המודרני העכשווי. יחד עם ניתוח של התפתחות חלבון mtDNA, נתונים אלה מראים כי גודל האוכלוסייה לטווח ארוך יעיל של הניאנדרטלים היה קטן יותר מזה של האדם המודרני ואת קופי הקיימים.
השיטה PEC היא פשוטה, מהירה, רגיש וספציפי. לכן אנו חוזים כותבי יישומים מרובים מחוץ DNA עתיק, כמו לכידת קטן שברי RNA מספריית RNA, חקירה של וריאציה מבניים מדגם ונקווה או לכידתו של 16S (לוקוסים או אחרים) גיוון ממדגם metagenomic. נקודה אחת להזכיר כי הרגישות של ללכוד הופך להיות נמוך יותר ככל שמספר PEC primers ב ללכוד מגדילה זמנית התגובה. PEC ולכן הוא לא אידיאלי עבור לכידת האזורים ללכוד גדול מאוד (למשל megabase או יותר), אך הוא מתאים מאוד גם עבור לכידת האזורים היעד קטן או אפילו עמדות SNP מאנשים רבים באופן מהיר.
The authors have nothing to disclose.
אנו מודים M. Meyer לקבלת ייעוץ; האקדמיה הקרואטית למדעים ולאומנויות והאקדמיה ברלין ברנדנבורג למדעים עבור תמיכה לוגיסטית ומדעית; וקרן חדשנות הנשיאותי של מקס פלאנק החברה עבור תמיכה כספית. JMG נתמך על ידי מענק NSF הבינלאומי דוקטורט (Oise-0754461). רצפים מופקדים על מסד הנתונים EBI נוקלאוטיד עם מספרים הצטרפות: Neandertal 1 (Feldhofer 1) FM865407, Neandertal 2 (Feldhofer 2) FM865408, Sidron 1253 FM865409, Vindija 33.25 FM865410, Mezmaiskaya 1 FM865411
Material Name | Tip | Company | Catalogue Number | Comment |
---|---|---|---|---|
AmpliTaq Gold polymerase with GeneAmp PCR buffer II and MgCl2 | Applied Biosystems | N8080241 | ||
QIAGEN MinElute PCR purification kit | Qiagen | 28004 | ||
M-270 streptavidin beads | Invitrogen | 653.05 | ||
Tween-20 | Sigma-Aldrich | P2287 | ||
DynaMag-2 magnetic particle separator | Invitrogen | 120.02D |