尽管植物能通过光合作用获得食物 但也需要矿物质和养分 有些植物依赖土壤生物 才能从土壤有效获取资源 根圈细菌是原核生物 它与植物的 根系共生 这类种类繁多的生物从植物根系 吸收养分 同时也以多种方式 为共生的植物提供支持 例如它们会生成抗菌素 来保护植物 吸收土壤中不需要的 化学物质 还会促进 必需营养素的获取 氮是蛋白质和氨基酸的关键成分 然而植物无法利用大气中的氮 因为缺乏能让植株利用氮气的 机制 在固氮作用的过程中 原核生物将大气中的氮 转化为氨 氨又被转化为铵 还有些原核生物能将铵转化为硝酸盐 硝酸盐和铵就能被植物吸收利用了 在豆科植物比如豌豆和青豆当中 固氮作用发生于名为根瘤的 特殊根结构中 在这种共生关系中 根瘤菌 获取大气中的氮并转化为 植物可利用形式 同时根瘤菌从 与之共生的豆类植物获取 关键养分 多数植物还与真菌形成 一种双赢的关系 这种真菌叫做菌根 从植物体 吸收养分 另一方面 菌根可获取 土壤储存的养分 而没有菌根 植物无法 使用这些养分 例如 真菌能促进磷酸盐、 铜和锌的吸收 真菌还可能发挥物理屏障功能 抵御病原体 或制造抗菌素 来保护植物