במחזור הזרחן, אטומי זרחן קיימים בעיקר בסלע, לא במצב של גז. כאשר הסלע מתפורר, הזרחן משתחרר ומתמוסס בתוך נחלים, אגמים ומי תהום. צמחים ואצות משתמשים בפוספטים אי-אורגניים חופשיים אלה באדמה או במים, כדי ליצור מולקולות אורגניות.לאחר מכן, באמצעות צריכת הצמחים, הטרוטרופים מנצלים את מאגרי הזרחן כדי לבנות תרכובות משלהם. כאשר אורגניזמים מתים, המפרקים שוברים את מולקולות הזרחן ומשחררים פוספט אי-אורגני לשימוש נוסף על ידי צמחים ואצות. תהליך המכונה מינרליזציית פוספט.בעוד שפוספטים עוברים במהירות בין אורגניזמים בשרשרת המזון, יש להם זמן שהייה ארוך יותר במים. יוני פוספט שהתמוססו מגיבים כדי ליצור תרכובות בלתי מסיסות, אשר שוקעות באוקיינוס והופכות למשקע, ואז לסלע, וכתוצאה מהתרוממות טקטונית, לבסוף חוזרות לסביבה. אולם, מאחר שכמות הזרחן היא מוגבלת בסביבה, חייבים לספק אותו לצמחי יבול חקלאיים כדשן כדי להניב תפוקה מרבית.עודף זרחן הופך לשפכים במערכות אקולוגיות מימיות, מה שגורם למגוון בעיות סביבתיות, כגון פריחת אצות.