התגבשות ואיסוף נתונים באתרם של טמפרטורת החדר באמצעות מתקן ההתגבשות בהארוול וב-Beamline VMXi, Diamond Light Source

1. ייצור גבישים בתוך לוחות באתרם באמצעות מתקן ההתגבשות בהארוול הערה: הגישה ל-CF נתמכת במספר מסלולים שונים ותלויה ביישום הפרויקט ובסוג המשתמש (אקדמי או תעשייתי). לפרויקטים של XChem ו-MPL יש מערכת בקשת הצעות משלהם באמצעות מערכת ניהול המשתמשים (UAS) וניתן להגיש אותם באמצעות מסלול הגישה הסטנדרטי (כולל iNEXT Discovery ו-EUbOPEN) או באמצעות BAG Access. הפרוטוקול שלהלן ספציפי למשתמשי VMXi. הגשת הצעות והכנה לביקורספק מידע על הפרויקט לבקשת הצעת BAG או הוסף אותו להצעת BAG פעילה. בדרך כלל יש רכז BAG, שמארגן את הניירת. לחלופין, הגש הצעת גישה מהירה לגישה לקו הקורה. ודא כי הדגימה נרשמה ואומתה בטיחות במל”ט על הצעה לפני ההגעה לאתר באמצעות שליח או באופן אישי. ודא שהמשתמש רשום (עם FedID וסיסמה). ודא שהמשתמש נוסף להצעת MX כעמית בכטב”ם על ידי מתאם BAG. מלא את טופס פרטי דוגמת התגבשות קו הקרן ושלח את הטופס VMXi@diamond.ac.uk. תקשר עם צוות קו האלומה לגבי דרישות הניסוי וזמינות קו האלומה. אם דגימות חלבון נשלחות, יש לשלוח דגימות רק בתיאום מראש. עיין בסעיף 1.2 לקבלת פרטים. אם המשתמש אמור להיכנס לאתר כדי להתקין לוחות התגבשות ב- CF, בדוק עם צוות המתקן לגבי זמינותו של משבצת זמן לשימוש במכשור המתקן ופעל לפי סעיף 1.2.1. אם המשתמש מביא צלחות לאתר, יש לוודא שהדגימה מחולקת לסוג הצלחת הנכון ולמקם את טיפות ההתגבשות במיקום הנכון ובכמות הנכונה. עקוב אחר סעיף 1.2.2. קו הקרן מקבל רק לוחות התגבשות ספציפיים באתרם (Greiner CrystalQuickX ו- MiTeGen In Situ-1); ודא כי טיפות אינן גדולות מ 200 nL. ניסוי התגבשות שנערך ב-CFהערה: המתקן מציע מספר שיטות התגבשות מקרומולקולרית בתפוקה גבוהה כגון דיפוזיה של אדים וכן התגבשות אצווה תחת שמן ו- LCP. מומלץ להתחיל עם 70-100 מיקרוליטר חלבון טהור ולבצע ניסויי דיפוזיה באדים לחלבונים מסיסים עם שלושה מסכים ביחס של 100 nL של תמיסת חלבון ו-100 nL של תמיסת מאגר התגבשות ודגירת הלוחות ב-20°C. מספר מסכים מסחריים זמינים בתוך המתקן. לחות ובקרת טמפרטורה זמינים עם 4 °C ו 20 °C בשימוש ביותר. משתמשים המבקרים ב- CF מקבלים הכשרה ותמיכה סטנדרטיים בהפעלת מכשור ההתגבשות וישתמשו בהגדרות המתוארות כאן.דוגמאות משלוח להתקנה ב- CFהערה: לפני ההגעה לאתר, דגימת החלבון חייבת להיות מאומתת על פי הצעה במערכת הכטב”מים. לאחר הגעת דגימת החלבון לאתר, חברי הצוות יבצעו ניסויי התגבשות בהתאם להנחיות בתקשורת קודמת עם המשתמש. אישור יישלח בדואר אלקטרוני עם פרטי ברקוד ללוחות ההתגבשות הניסיוניים. המשתמש יתבקש להוסיף את לוחות ההתגבשות כמיכלים להצעה הרלוונטית. לאחר שהדבר נעשה, ניתן לאחסן את הלוחות במכשירי הדמיה אוטומטיים במתקן ההתגבשות או בקו הקורה. ISPyB יהיה הממשק המשמש לאינטראקציה בקו האלומה.לספק את תמיסת דגימת החלבון בריכוז להתגבשות בכפולות של 25 μL aliquots. תייגו בבירור את צינורות הדגימה המכילים את דגימת החלבון. במידת הצורך, ספק תמיסת חיץ חלבונים, תמיסת ליגנד או תמיסת מאגר. הודע לצוות המתקן באילו מסכים ויחסי נפילה יש להשתמש. הגדרות לוח התגבשותהערה: אנו דורשים שטיפות ההתגבשות בלוח Greiner CrystalQuickX ו- MiTeGen In Situ-1 יהיו במיקום מסוים; צלחות שהוקמו במקום אחר צריכות להשתמש בהגדרות הבאות של מוסקיטו13 המתוארות כאן.כדי להתאים את הגדרת הצלחת עבור MiTeGen In Situ-1, פתח את תוכנת Mosquito SPT ולחץ על דף הגדרת הצלחת הסטנדרטי MiTeGen In Situ-1 על ידי לחיצה על הגדרה | 96 באר | MiTeGen In Situ-1 (96 x 2 טיפות) (איור 2A). לחץ על לחצן העריכה ותקן את הערכים עבור מיקום תת-באר 2: X היסט ל – 1.2 ו- Y היסט ל- 1.8 ועבור מיקום תת-באר 3: X היסט ל- 1.3 ו- Y היסט ל – 1.8 (איור 2B,C). כדי להתאים את הגדרת הצלחת עבור Greiner CrystalQuickX, פתח את תוכנת Mosquito SPT ולחץ על דף הגדרת הצלחת הסטנדרטי של Greiner CrystalQuickX על-ידי לחיצה על הגדרות | 96 באר | Greiner CrystalQuickX (איור 2D). לחץ על לחצן העריכה ותקן את הערכים עבור מיקום תת-באר 1: X היסט ל – 1.95 ו- Y היסט ל- 1.45 ועבור מיקום תת-באר 2: X היסט ל- 1.95 ו- Y היסט ל – 1.45 (איור 2E,F). 2. שימוש בקו האלומה ב-Diamond Light Source הערה: כל האינטראקציה עם קו האלומה על ידי משתמשים מתבצעת מרחוק באמצעות ממשק ISPyB11 . אין צורך בנוכחות פיזית בקו האלומה והנתונים נאספים באמצעות מערכת מבוססת תור במקום להיות מתוזמנים בזמן מסוים. למשתמשים תהיה הצעה המשויכת לגישה שלהם למקור אור היהלום. בקו האלומה, לכל לוח התגבשות מוקצה ביקור ייחודי והוא מוגדר כ’מיכל’ בתוך ISPyB11 המקביל לפאק המכיל דגימות במהירות של 100K. לא ניתן ליצור מסכי אופטימיזציה באמצעות ממשק SynchWeb וככזה, מידע מתווסף בדרך כלל לסעיף ההערות (ראה שלב 2.1.4). האדם הרושם את הצלחת יצטרך לבדוק את כתובת הדוא”ל מכיוון שבעל הצלחת יקבל הודעות דוא”ל לגבי הדמיה וכן הודעות על השלמת לוחית. רישום לוחיותהיכנס ל- ISPyB עם FedID יהלום מתאים ובחר הצעות. חפש את הצעת העניין על ידי גלילה או הקלדה של מספר ההצעה בסרגל החיפוש. בחר משלוח מהתפריט הנפתח תחת מספר ההצעה (איור 3A), אשר יפתח את החלון משלוחים עם משלוחים באותה הצעה. לחץ על +הוסף משלוח בפינה השמאלית העליונה (איור 3B) כדי לפתוח את החלון הוסף משלוח חדש , תן שם למשלוח, לחץ על Automated/Imager ולאחר מכן לחץ על הלחצן Add Shipment בפינה השמאלית התחתונה (איור 3C). בחלון המשלוח (איור 3D), לחץ על +הוסף מכולה, אשר תציג לאחר מכן את תצוגת הדף הוסף גורם מכיל (איור 3E). בחר בתפריט הנפתח סוג מיכל אחד מסוגי הלוחות הרלוונטיים. הדף ישתנה כדי לשקף את סוג הגורם המכיל שנבחר. הזן שם ברקוד ומיכל בהתאם להוראות הדוא”ל מצוות beamline הספציפיות ללוחות הניסוי. שים לב שהוא תלוי רישיות. בחר VMXi 20 °C imager מהתפריט הנפתח Requested Imager , לוח הזמנים להדמיה של פיבונאצ’י מהתפריט הנפתח Imaging Schedule , מסך ההתגבשות מהתפריט הנפתח Crystallization Screen ושם המשתמש מהתפריט הנפתח Owner , לחץ על הלחצן View והזן את כתובת הדוא”ל הנכונה ליצירת קשר בתיבה Email (איור 3F). הזן פרטים נוספים על הצלחת בתיבה הערות . בחר את הדגימה הרלוונטית מהתפריט הנפתח חלבון , והשתמש בראשי התיבות הרשומים במל”ט ואושרו על ידי Diamond במסגרת הצעת הניסוי. הזן את אותו שם בתיבה שם לדוגמה ; השאר את שאר התיבות ריקות. לחץ על סמל +Plate כדי לשכפל את הדגימה על כל הלוח ולאכלס את המכל כולו בריבועים ירוקים. לחץ על +הוסף גורם מכיל בתחתית הדף כדי לרשום את הצלחת. בקש מאיש צוות בקו הקורה להעביר את הצלחת למכונת הצילום המתאימה, שם היא תאוחסן ותוצולם. ביקור ייווצר כאשר המיכל יאוחסן בתמונות והמשתמש יקבל דוא”ל עם קישור לצלחת ולתמונות שלה. הצגת תוצאות הדמיהנווט אל הצעת העניין (שלבים 2.1.1), בחר גורמים מכילים מהתפריט הנפתח תחת מספר ההצעה וצפה ברשימת הגורמים המכילים הזמינים עבור ההצעה. בחר בלוחות המסנן אם קיימים סוגים אחרים של מחזיקי דוגמאות. כדי לצמצם עוד יותר את החיפוש, סמן את התיבה הגורמים המכילים שלי כדי להציג רק את הגורמים המכילים הרלוונטיים ביותר המשויכים למזהה המשתמש הנוכחי שמחובר. לחץ על הגורם המכיל המתאים על-ידי הזזת הסמן מעל השורה הבודדת ולחיצה שמאלית על העכבר. לאחר בחירת המיכל, תוצג תצוגה חדשה, המציגה סקירה כללית של הצלחת (איור 4A). לחצו על טיפה בייצוג הלוח בצד שמאל של הצג כדי להציג את התמונה העדכנית ביותר מהטיפה המתאימה. השתמש במקשי החצים כדי לנווט בין טיפות, או בחר טיפות בודדות באמצעות עכבר/סמן. כדי להציג תמונות היסטוריות של טיפה, לחץ על כפתור H והמתן לגלריית תמונות קופצת שתופיע מעל תמונת הטיפה הנוכחית. רחף עם הסמן מעל התמונות הבודדות כדי לעדכן את תמונת השחרור הראשית. ניקוד תמונות כדי לציין את המצב של כל טיפה על ידי לחיצה על 0 – 9 כפתורים. כדי לראות את הקטגוריות הבודדות, פתח את התפריט הנפתח ציון בפינה השמאלית העליונה של תמונת השחרור. חפשו צלבים כחולים בכל אחת מתמונות הטיפה, שהם תוצאה של אלגוריתם (CHiMP) שאומן לחפש “גבישים” בתוך התמונות. לחץ על כפתור הסמל השלישי שנקרא מדידה בצד הימני העליון של תמונת השחרור כדי לגשת לכלי מדידה. כדי להשתמש בכלי זה, לחץ וגרור קו, וסרגל יתרחב וייתן את המרחק במיקרומטר. כדי לבקש הפעלת הדמיה נוספת, לחץ על גלוי או על UV בתיבה הנפתחת הסמוכה לכותרת פעולות בתחתית הדף. לאחר מכן, לחץ על הלחצן Request Plate Imaging . בחירת קריסטל/CHiMPכדי להוסיף נקודות לאיסוף נתונים באופן ידני, לחץ על לחצן +נקודת סימון . העבר את הסמן מעל נקודת העניין הרצויה ובחר. המתן להופעת הצלב האדום.הערה: ניתן ליצור עד 100 אובייקטים בכל טיפה. כאשר כל הנקודות מסומנות, לחץ על הלחצן +סיום . זכור גם ללחוץ על לחצן +סיום לפני שתנסה למדוד אובייקטים. כדי להוסיף אזורים לאיסוף נתונים באמצעות סריקות רשת, לחץ על הלחצן +Mark Region . לחץ על הנקודה השמאלית העליונה וגרור למטה וימינה כדי ליצור אזור שייסרק על קו הקרן. בדומה לנקודות, לחץ על הלחצן +Finish כשכל האזורים הרצויים נוצרים.הערה: עדיף ליצור אזור אחד גדול יותר מאשר אזורים קטנים רבים. שימו לב לצלבים הכחולים שכבר מופיעים על תמונות השחרור, שהם תוצאה של אלגוריתם שנועד לאתר באופן אוטומטי עצמים גבישיים (CHiMP). כדי להמחיש את הערכת CHiMP של טיפות התגבשות, לחץ על תיבת הסימון הצג ציונים אוטומטיים ולאחר מכן שנה את התפריט הנפתח עבור Class. בדרך כלל, ההגדרה השימושית ביותר כאן היא אפשרות הגביש (איור 4B).הערה: זוהי תכונה חדשה ולא מובטח למצוא את כל הגבישים וייתכן גם למצוא עצמים אחרים שאינם גבישים. לאחר שכל הנקודות והאזורים סומנו בטיפות המתאימות, לחץ על לחצן הכן לאיסוף נתונים בתחתית העמוד. הכנת דוגמאות לאיסוף נתוניםהתבוננו ברשימת הדגימות המכילות את הנקודות או האזורים שנבחרו בשלב הקודם, או ממוקמות אוטומטית (איור 4C). הוסף נקודות או אזורים בודדים על-ידי לחיצה על לחצן + או הוסף את כל הדוגמאות המוצגות על-ידי לחיצה על לחצן הוסף עמוד נוכחי לתור . מסננים זמינים להצגת נקודות נקודה, אזור, אוטומטי או ידני בלבד. כדי להציג רק את הדגימות שלא צולמו (כלומר, נחשפו לקרני רנטגן), לחץ על האפשרויות ללא נתונים ולא הושלמו מעל לחצני הסינון. בחר דוגמאות בודדות על ידי לחיצה על השורה המתאימה ועדכן את התמונה בצד ימין של המסך כדי להציג את הטיפה הנכונה ואת הנקודה הבודדת. אם יש דוגמאות רבות ברשימה, הגדל את מספר הדגימות המוצגות בכל עמוד על-ידי בחירת התפריט הנפתח עם 10 כברירת מחדל ועד 100 כמספר הדגימות המרבי המוצג. לאחר שכל הנקודות והאזורים נוספו לתור, ודא שכל הפרמטרים של איסוף הנתונים הניסיוניים משויכים לכל ניסוי.השתמש במסננים עבור נקודה, אזור, ידני ואוטומטי. לחץ על מסנן הצבע ולחץ על תיבת הסימון בחר הכל מתחת ללחצני הסינון כדי להחיל בו-זמנית פרמטרים על כל הדגימות הגלויות ברשימה הנוכחית של דוגמאות בתור . בחר פרמטרים ניסיוניים מהתפריט הנפתח בצד ימין של המסך מתחת לתמונת השחרור (איור 4D). עבור אזורים, בחר באפשרות של סריקת רשת DMM 10 מיקרון צעדים, 100 אחוז שידור. עבור כל שאר ניסויי הנקודות , בחר אפשרויות אחרות מהתפריט הנפתח בהתאם לצורך. לאיסוף נתוני תנודה, לחץ על האפשרות Omega Scan DMM 60 מעלות 5 אחוז שידור כדי לאסוף את כמות הנתונים המרבית מדגימה בודדת. החל סיבובים קטנים עבור גבישים קטנים מאוד או דגימות רגישות לקרינה ושנה את השידור בהתבסס על ניסיון קודם עם צורה גבישית מסוימת. לאחר שכל הדגימות הוחלו כראוי פרמטרים ניסיוניים, לחץ על הלחצן תור גורם מכיל בתחתית הדף. לאחר שהצלחת הגיעה לראש התור, היא תוצג לקו האלומה, ייאספו מערכי נתונים, ואז היא תחזור שוב לאחסון הדגימה בתוך קו האלומה. לאחר השלמת איסוף הנתונים מלוחית, חפש דוא”ל עם קישור לעקוב אחריו כדי לגשת לנתונים הרלוונטיים. יצירת קבוצות לדוגמההערה: ניתן ליצור קבוצות לדוגמה כדי לקבץ דגימות דומות על פני טיפות או לוחות מרובים. כל מערכי הנתונים בתוך קבוצות מדגם אלה יעובדו באמצעות צינור xia2.multiplex14 לאחר עיבודו על ידי DIALS. זה יכול להיות שימושי בעת איסוף טריזים קטנים מאוד של נתונים, ועשוי להיות שימושי גם כדי להגדיל את האות לרעש עבור ניסויים קשירת ליגנד.בחר ניהול קבוצות לדוגמה מהתפריט הנפתח תחת מספר ההצעה. חפש רשימה של קבוצות אם הן כבר נוצרו על-ידי משתמשים אחרים. כדי ליצור קבוצה חדשה, לחץ על הלחצן +צור קבוצה לדוגמה . לחץ על משלוח מהתפריט הנפתח בדף יצירת קבוצה לדוגמה כדי לראות את מציג הדוגמאות (איור 5A). לחץ על הגורם המכיל המכיל את הדוגמאות הרלוונטיות מהרשימה המאוכלסת. לאחר לחיצה על גורם מכיל, חפש גרפיקה המציגה את סקירת הלוחות. לחץ על טיפות בנפרד על-ידי לחיצה על הטיפה הבודדת (איור 5B) או לחץ על טיפות בשורות או בעמודות על-ידי לחיצה על השורה, האות או מספר העמודה הרלוונטיים. לאחר שכל הבארות המשויכות לקבוצה מסוימת נבחרו, הזינו שם לקבוצה בתיבה ‘שם קבוצה לדוגמה ‘ ולחצו על הלחצן ‘שמור קבוצה לדוגמה ‘. לחץ על לחצן הצג קבוצות לדוגמה בדף זה כדי לחזור לרשימת קבוצות המדגם שכבר נוצרו המשויכות להצעה (איור 5C). עריכת קבוצות לדוגמהלחץ על קבוצה לדוגמה מרשימת הקבוצות בדף ניהול קבוצות לדוגמה . לחץ על הלחצן +Edit Sample Group הסמוך לגורמים המכילים המופיעים מתחת למידע הקבוצה (איור 5C). שימו לב לטיפות, שכבר משויכות לקבוצת דגימה, המודגשות בסקירת הצלחת. הוסף טיפות נוספות לקבוצת הדוגמאות על-ידי לחיצה על טיפות, בארות או עמודות כמו קודם.הערה: לא ניתן להסיר טיפות מקבוצת דוגמאות. לאחר הוספת טיפות נוספות, ערוך את שם הקבוצה לדוגמה ולאחר מכן שמור אותו, או פשוט שמור אותו על-ידי לחיצה על הלחצן שמור קבוצה לדוגמה . ויזואליזציה וניתוח של הפלט של קבוצות מדגםלחץ על קבוצה בודדת מרשימת הקבוצות לדוגמה כדי להציג את סקירת הלוח של הגורם המכיל או הגורמים המכילים המשויכים לקבוצה. הטיפות הכלולות בקבוצה יודגשו בתצוגה זו (איור 5D). חפש רשימה המכילה את שלוש המשימות המרובבות האחרונות הכרונולוגיות אם נאספו נתונים בקבוצה זו. לחץ על הקו להפעלת מולטיפלקס כדי לעדכן את תוצאות העיבוד להלן. שים לב ללחצן הקישור המהיר , המציג את מספר ערכות הנתונים המשויכות לקבוצה. לחץ על לחצן זה כדי לפתוח דף חדש של אוספי נתונים המציג את אוספי ערכות הנתונים הבודדים. 3. גישה לעיבוד הנתונים האוטומטי הערה: לאחר איסוף הנתונים, הם מועברים דרך מספר צינורות עיבוד נתונים אוטומטיים. ארבעת הצינורות הסטנדרטיים המשמשים לאורך אלומות MX בדיימונד מופעלים גם הם על נתונים שנאספו בקו האלומה. הם ‘fast_dp’, ‘חיוג xia2’, ‘xia2 3dii’ ו- ‘autoPROC’15. ‘fast_dp’ יספק הפחתת נתונים מהירה כדי להעריך במהירות את האיכות. שלושת הצינורות האחרים ידרשו זמן חישוב רב יותר ויפעילו מגוון חבילות תוכנה שונות להפחתת נתונים לצורך השוואה. בהתאם לכך, הפלט הוא בדרך כלל באיכות גבוהה יותר מאשר פלט ‘fast_dp’. מערכי הנתונים שייאספו על קו האלומה ירוצו גם באמצעות תוכנת המיזוג הרב-גבישית האוטומטית ‘xia2.multiplex’14, שתמזג את כל מערכי הנתונים בתוך קבוצה מוגדרת. שים לב שבעוד שסריקות רשת אינן מעובדות כעת באופן אוטומטי, ניתן לעבד את הנתונים באופן ידני באמצעות צינור ‘xia2.ssx’. את התוצאות של צינורות העיבוד האוטומטיים ניתן למצוא ב- ISPyB11 באמצעות הפרוטוקול הבא. איתור מערכי הנתוניםהיכנס אל ISPyB כמתואר לעיל ובחר הצעות. חפש את הצעת העניין על ידי גלילה או הקלדה של מספר ההצעה בסרגל החיפוש. לחץ על הביקור הרצוי מהרשימה המופיעה על המסך כדי לגשת לחלון אוספי הנתונים עבור ביקור זה. החל את כל המסננים הרצויים.הערה: מסנן פופולרי הוא מסנן ‘משולב אוטומטית’, שיציג רק ערכות נתונים שפעלו בהצלחה דרך צינור עיבוד אחד או יותר. פעולה זו לא תכלול סריקות רשת מכיוון שהן אינן מעובדות כעת באופן אוטומטי באמצעות ISPyB. גלול מטה בדף כדי למצוא את ערכת הנתונים המעניינת.הערה: כל ערכת נתונים תציג את מזהה הדגימה, את הפרמטרים הניסיוניים שבהם נעשה שימוש, מציג תמונות עקיפה, מציג תמונות קריסטל ותרשים ניתוח לכל תמונה לתצפית מהירה על איכות הנתונים. כדי לגשת לתוצאות העיבוד האוטומטילחץ על הכרטיסיה עיבוד אוטומטי מתחת לסיכום הנתונים של ניסוי ספציפי כדי לבדוק את התוצאות של הפחתת הנתונים האוטומטית (איור 6A). לחץ על הכרטיסיות השונות המתאימות לצינורות השונים כדי לראות סיכום מפורט של כל פלט.הערה: אם הוגדרו קבוצות לדוגמה, יהיו שתי כרטיסיות המתאימות למשימות מרבבות. אחד יתאים למיזוג של כל מערכי הנתונים בקבוצה עד לאותה נקודה, ואילו השני יתאים למיזוג של מערכי נתונים בתוך אותה טיפה בלבד. לחץ על Logs &; Files כפתור כדי להוריד את קבצי ה- .mtz המתקבלים אם העיבוד היה מוצלח וכל קבצי היומן המשויכים. לחץ על הכרטיסייה עיבוד במורד מתחת לקטע עיבוד אוטומטי כדי להציג את הפלט מ- DIMPLE.הערה: DIMPLE יפעל רק אם קובץ PDB סופק במהלך שליחת הדגימה. לחץ על Logs &; Files כפתור להורדת כל פלט שנוצר מ- DIMPLE. כדי לגשת לתוצאות המרבב הקבוצתי, פתח את התפריט הנפתח בחלק העליון של המסך עם מספר ההצעה כתוב עליו ולחץ על ניהול קבוצות לדוגמה. לחץ על השורה המתאימה לקבוצה הרצויה בתוך המיכל הנכון. גלול מטה כדי למצוא את רשימת יציאות המרובב המתאימות לקבוצה כפי שהיא מיוצגת חזותית על-ידי דיאגרמה של הלוח.לחץ על פלט המרבב הרצוי מהרשימה שניתנה. לחץ על לחצן ערכות הנתונים xxx , כאשר xxx הוא מספר ערכות הנתונים הממוזגות (איור 6B).הערה: פעולה זו תפתח את המסך אוספי נתונים , אך רק ערכות הנתונים ממשימת המרבב שנבחרה יוצגו. לחץ על הכרטיסייה עיבוד אוטומטי של הניסוי העליון. לחץ על הכרטיסייה Multiplex Processing המתאימה למספר הנכון של ערכות נתונים ממוזגות. לחץ על Logs &; Files כפתור להורדת קובץ ה- .mtz וקבצי היומן המתאימים (כמו בשלב 3.2.3.) כדי לגשת לתוצאות סריקת רשתנווט אל המסך אוספי נתונים עבור הביקור הרצוי. תוצאות נתוני סריקת הרשת יוצגו לצד כל נתוני הסיבוב שייאספו.הערה: לא יהיו תוצאות עיבוד אוטומטי. התמונה של טיפת הגביש תהיה מכוסה ברשת עם מפת חום המייצגת את נוכחות העקיפה. לחצו על ריבוע כדי להציג את תמונת העקיפה של מיקום זה ברשת. לחץ על התפריט הנפתח בחלק העליון של תמונת באר הגביש כדי לשנות את מה שמפת החום מייצגת. ברירת המחדל היא עוצמת עקיפה כוללת, אך ניתן לשנותה לנקודות כוללות, לרזולוציה משוערת או למסגרות ללא קרח. 4. עיבוד מחדש של נתונים הערה: ניתן לעבד מחדש ערכות נתונים נבחרות באמצעות ממשק ISPyB11 באמצעות אותם צינורות עיבוד המופעלים באופן אוטומטי עם הגדרות שהשתנו כפי שהוגדרו על-ידי המשתמש. ניתן להחיל חיתוך רזולוציה; אם הסימטריה / התא של הגביש ידועה, אז זה יכול להיות מוגדר גם כדי להבטיח כי צינורות עיבוד לרוץ בסביבה הנכונה. ניתן גם למזג טווחי תמונות נבחרים בערכות נתונים ספציפיות באמצעות צינורות רב-גבישיים זמינים. זה עשוי להיות יתרון אם נזק קרינה שיטתי גורם לחלק האחרון של תמונות עקיפה להיות באיכות ירודה. זוהי גם אפשרות עבור המשתמש להוריד את מערכי הנתונים שלהם באמצעות הפרוטוקול המתואר לעיל ולהריץ את תוכנת העיבוד מחדש הרצויה באופן מקומי, הדרכות שעבורן זמינות באופן חופשי במקום אחר (https://dials.github.io/documentation/tutorials/index.html# ). כדי לעבד מחדש ערכות נתונים נפרדות מרובותהיכנס ל- ISPyB ונווט אל מערכי הנתונים המעניינים (שלב 3.1). לחץ על ערכת נתונים ולחץ על סמל גלגל השיניים בשורת הכותרת של ערכת הנתונים (איור 6) כדי לפתוח את חלון העיבוד מחדש. הגדר את כל ההגדרות הרצויות ובחר אילו מסגרות ייכללו בעיבוד מחדש.הערה: ניתן להגדיר את טווח התמונות על-ידי הקלדת טווח בתיבות המסומנות או על-ידי לחיצה וגרירה של האזור הרצוי בתרשים הניתוח לכל תמונה (איור 7A). אופציונלי: כדי להוסיף ערכת נתונים נוספת לעיבוד מחדש בודד, לחץ על סמל גלגל השיניים שלו והוא יופיע בחלון העיבוד מחדש מתחת לערכת הנתונים הראשונה. סמן את התיבה תהליך בנפרד . לחץ על הלחצן שלב . כדי לעבד מחדש נתונים מרובי גבישיםפתח את חלון העיבוד מחדש מכל ערכת נתונים. לחץ על Multi-Crystal כפתור כדי לפתוח מסך חדש. גלול מטה כדי למצוא סדרה של עלילות ניתוח לכל תמונה מניסויים במהלך הביקור. בחר צינור עיבוד מהתפריט הנפתח. אופציונלי: הגדר מגבלות רזולוציה או פרמטרים ידועים של תא יחידה. לחצו וגררו להגדרת טווחי תמונות שייכללו בעיבוד מחדש של גבישים מרובים (איור 7).הערה: יש לבצע זאת על פני מספר חלקות שונות, כך שערכות נתונים מגבישים שונים מרובים ימוזגו. לחצו על הלחצן ‘שלב’ (איור 7B). כדי לגשת לנתונים שעובדו מחדשנווט אל דף איסוף הנתונים עבור הביקור הספציפי (שלבים 3.1.1-3.1.3). לחץ על Reprocessing כפתור בחלק העליון של המסך. גלול מטה כדי לאתר את העבודה הרצויה. לחץ על נתיב הקובץ בעמודה השמאלית כדי לפתוח את מסך אוספי הנתונים עבור הנתונים שעובדו מחדש. פתח את הכרטיסיה עיבוד אוטומטי והורד נתונים כמתואר קודם לכן (שלב 3.2).הערה: כל המשימות שעובדו מחדש ניתנות לזיהוי באמצעות סמל החצים המעגליים לצד שם קו הצינור.