通过化学交联质谱法进行四元结构建模：扩展 TX-MS Jupyter 报告

1. 在 https://txms.org 提交工作流。 转到 https://txms.org，然后单击“使用Cheetah-MS”。 若要提交工作流，需要提供两个 PDB 文件和一个 MS/MS mzML 或 MGF 文件。您还可以单击“加载示例数据”以查看工作流的演示版本。注意：请查看 Web 服务器的手册页，了解有关如何提交作业的详细信息。Web服务器支持不同的不可切割交联器代理，多达12个翻译后修改（PTM），与计算建模和MS数据分析相关的选项。提交页面上还设计了小帮助按钮，以显示有关每个选项的更多信息。 2. 运行猎豹-MS。 注意：使用 ProteoWizard MSConvert 软件将供应商特定的格式转换为 mzML 或 MGF19。 将 MS 数据上传到 https://txms.org。然后，单击“选择文件”并选择MS数据，其必须采用mzML / MGF数据格式18。注：示例数据可在 https://txms.org 上找到。这些数据也可以通过 zenodo.org DOI 10.5281/zenodo.3361621 直接访问。 将两个 PDB 文件上载到 https://txms.org。单击“选择文件”，然后选择要上传的PDB文件。注意：如果不存在实验结构，请使用例如SWISS-MODEL20（如果同系结构可用）或trRosetta21，22或Robetta23，24 Web服务器进行 从头 结构预测来创建模型。 提交新的工作流。单击“提交”以接收作业标识符标签。然后，使用此标记按照表单转到结果部分。注意：计算结果需要时间，因此请等到工作流完成，并存储作业标识符标记以返回到结果页面。计算在远程计算基础设施上进行。如果要在本地运行 TX-MS，请参阅 Hauri et al.10。 使用联机查看器检查 Jupyter Notebook 报告。然后，使用作业标识符标记向下滚动到结果部分中的“报告”。 3. 安装 JupyterHub。 按照 https://docs.docker.com/install/ 中的说明安装 docker。 下载带有Jupyter openBIS25扩展的JupyterHub docker容器。一般命令是“docker pull malmstroem/jove：latest”，但在其他平台上可能会有所不同。注意：有关如何下载容器的一般讨论，请参阅 https://www.docker.com/get-started。也可以从 zenodo.org DOI 10.5281/zenodo.3361621下载容器。注意：Jupyter openBIS 扩展源代码可从以下站点获得：https://pypi.org/project/jupyter-openbis-extension/。 启动 docker 容器：docker run -p 8178：8000 malmstroem/jove：latest。注意：JupyterHub 默认使用的端口为 8000。此端口是可配置的，如果更改，则需要相应地调整上述命令。端口 8178 是任意选择，可以更改。下面提供的示例 URL 需要相应地进行调整。 转到以下地址：http://127.0.0.1:8178。使用用户名“user”和密码“user”登录。注意：地址 http://127.0.0.1 表示 docker 容器正在本地计算机上运行。如果 docker 容器在服务器上运行，请使用服务器的 IP 地址或 URL（例如，https://example.com）。Docker容器基于Ubuntu Bionic 18.04，JupyterHub 0.9.6和Jupyter openBIS扩展0.2。可以在其他操作系统中安装它，但尚未对其进行测试。 4. 下载报告。 通过单击“新建”来创建新笔记本 |Python 3 使用位于页面右上角附近的菜单。这将打开一个新选项卡，其中包含一个名为 “无标题 ”（或类似内容）的笔记本。 单击 Jupyter 工具菜单中的“配置 openBIS 连接”。 填写名称：txms;网址： https://txms.org;用户：客人;密码：访客通行。 点击“连接”。 选择新连接，然后单击“选择连接”。 搜索报告模板（例如，/CHEETAH/WF70），然后单击 下载。注意：您需要根据在Cheetah-MS Web服务器上运行作业获得的结果和报告来调整报告模板。 通过单击单元格|重新运行报表 全部运行。 5. 扩展报表。 在底部添加新单元格： 单元格|在下面插入。 键入所需的代码。有关示例，请参阅下面的“代表性结果”部分。 通过按“Shift-Enter”来执行单元格。