Amplifier et quantifier l'ARN VIH-1 chez les individus infectés par le VIH ayant une charge virale sous le seuil de détection par Standard tests cliniques
Summary
La quantification des niveaux d'ARN VIH-1 dans le plasma et le séquençage seule VIH-1 génomes d'individus ayant une charge virale en dessous de la limite de détection (50-75 copies / ml) est difficile. Nous décrivons ici comment extraire et de quantifier les ARN viral plasmatique à l'aide en temps réel PCR que les mesures de manière fiable ARN VIH-1 à 0,3 copies / ml et comment amplifier les génomes viraux par séquençage du génome unique, à partir d'échantillons à très faible charge virale.
Abstract
Amplifier les gènes viraux et de quantifier l'ARN VIH-1 du VIH-1 des individus infectés par une charge virale inférieure à la limite de détection par les tests standards (ci-dessous de 50 à 75 copies / ml) est nécessaire pour mieux comprendre la dynamique virale et les interactions hôte-virus chez les patients qui contrôler naturellement l'infection et ceux qui sont sur le traitement antirétroviral (TARV).
Nous décrivons ici comment amplifier les génomes viraux par séquençage du génome seule (le protocole SGS) 13, 19 et comment quantifier avec précision ARN VIH-1 chez les patients avec une faible charge virale (la seule copie-dosage (SCA) du protocole) 12, 20.
Le dosage de copie unique est un test PCR en temps réel avec une sensibilité en fonction du volume de plasma étant dosé. Si une seule génome du virus est détecté dans 7 ml de plasma, puis le nombre de copies d'ARN est rapporté à 0,3 copies / ml. Le test a une tests de contrôle interne pour l'efficacité de l'extraction d'ARN, et des contrôles pour l'amplification de l'ADN possibles ou de contamination. Les échantillons de patients sont mesurés en trois exemplaires.
Le seul test de séquençage du génome (SGS), aujourd'hui largement utilisées et considérées comme non-travail 3 intensive, 7, 12, 14, 15, est un test de dilution limite, dans laquelle critère diluée produit d'ADNc est étalée sur une de 96 puits assiette. Selon une distribution de Poisson, alors que moins de 1 / 3 des puits donner un produit, il ya 80% de chances de la résultante produit PCR d'amplification étant d'une seule molécule d'ADNc. SGS a l'avantage sur le clonage de ne pas être soumis à ré-échantillonnage et de ne pas être biaisé par PCR introduit recombinaison 19. Cependant, le succès d'amplification de la SCA et SGS dépendra de conception d'amorce. Les deux tests ont été développés pour le VIH-1 sous-type B, mais peut être adapté pour d'autres sous-régions et d'autres du génome par des amorces changer, sondes, et des normes.
Protocol
Discussion
VIH-1 des individus infectés sur le traitement antirétroviral (TARV) ou qui, naturellement, le contrôle de l'infection ont une très faible charge virale, généralement autour de 1 exemplaire par ml de plasma 4, 11, 12, 17, 18. Charge virale chez les patients avec un contrôle naturel, fluctuent souvent autour d'un jeu individuel, point 1, 2, 17. La sensibilité des tests décrite ici est très dépendante sur le volume d'entrée du plasma. Généralement, nous avons travaillé avec…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Les auteurs tiennent à remercier les patients qui ont participé dans les nombreuses études sur le VIH-1.
JMC a été professeur de recherche de l'American Cancer Society avec le soutien de la Fondation FM Kirby.
Materials
| Name of Reagent | Company | Catalogue number | Comments |
| Random hexamers (500 ug/ml) | Promega | C118A | |
| Taqman buffer A | Applied Biosystems | 4304441 | |
| RNAsin (40 U/ul) | Promega | N211B | |
| RT enzyme (200 U/ul) | Strategene | 600107-51 | |
| Amplitaq Gold DNA polymerase | Applied Biosystems | 4311814 | 6-pack |
| Amplitaq 10XGold PCR buffer II | Applied Biosystems | 4311814 | comes with the enzyme |
| Magnesiumcloride 25 mM | Applied Biosystems | 4311814 | comes with the enzyme |
| 1M Tris-HCl buffer, pH 8.0, 5 mM | Invitrogen | AM9855G | |
| Superscript III reverse transcriptase enzyme, 200 U/ul | Invitrogen | 18080-044 | |
| Superscript III 10X buffer | Invitrogen | comes with the enzyme | |
| DTT 100 mM | Invitrogen | comes with the enzyme | |
| Platinum Taq DNA polymerase High Fidelity 5 U/ul | Invitrogen | 11304-102 | |
| 10X High Fidelity PCR Buffer | Invitrogen | 11304-102 | comes with the enzyme |
| Proteinase-K 20 mg/ml | Ambion | 2546 | |
| Guanidinium Thiocyanate solution 6M | FlukaBiochemica | 50983 | |
| Glycogen 20 mg/ml | Roche | 10901393001 | |
| Isopropanol | Sigma-Aldrich | 19516 | |
| Ethanol 70% | Sigma-Aldrich | E702-3 | |
| Molecular grade water | Gibco/Invitrogen | 10977-015 | |
| dNTPs (25 mmol each) | Bioline | BIO-39025 |
| Name of Euipment | Company | Catalogue number | Comments |
| Easy Seal Centrifuge Tubes (16x73mm) | Seaton Scientific | 6041 | |
| White Delrin crowns | Seaton Scientific | 4020 | Caps for the Easy Seal Tubes |
| Tube Rack for Optiseal Bell-Top Tubes, 8.9 ml | Beckman | 361642 | |
| Hex driver ½ inc opening | Seaton Scientific | 4013 | |
| cap removal tupe | Seaton Scientific | 4014 | |
| 5 ml serological pipettes | Costar | 4051 | |
| Pipetboy | any | ||
| 15 ml Transfer pipettes | ISC Bioexpress | P-5005-7 | |
| 5.8 ml Dispossable transfer pipettes, fine tip | VWR | 14670-329 | |
| 15 ml centrifuge tubes | Falcon | ||
| 1 ml centrifuge tubes | any | ||
| Tris buffer Saline tablets | Sigma-Aldrich | T5030-100TAB | |
| Ultracentrifuge and rotor | Sorval | 90SE and T-1270 | |
| 96-well PCR plates | Biorad | HSS-9601 | |
| 50 ml Reagent reservoir | Costar | 4870 | |
| Microamp optical 96-well reaction plate | Applied Biosystems | N801-0560 | |
| Optical plate covers | Applied Biosystems | 4333183 | |
| MicroAmp Optical Compression Pad | Applied Biosystems | 4312639 | |
| Microseal A film | Biorad | MSA-5001 | |
| 2 ml centrifuge tubes | Any | ||
| 1% agarose gels (E-gel, invitrogen) | Invitrogen | G-7008-01 | |
| E-base (Invitrogen) | Invitrogen | EB-M03 |
EDTA Collection tubes any brand
References
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