Single Worm PCR: Eine Methode zur Extraktion und Amplizät genomischer DNA
Published: April 30, 2023
Abstract
Quelle: Prior, H., et al. Eine schnelle und einfache Pipeline zur Erzeugung von Genom-Punktmutanten in C. elegans mit CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteinen. J. Vis. (2018).
Dieses Video beschreibt eine Technik, um schnell eine einzelne Nematode auf einen genetischen Marker durch PCR-Screening zu überprüfen. Im Beispielprotokoll wird auf CRISPR-basierte Genombearbeitung überprüft.
Protocol
Das folgende Protokoll ist ein Auszug aus Prior et al, A Rapid and Facile Pipeline for Generating Genomic Point Mutants in C. elegans Using CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteins, J. Vis. Exp. (2018). Single Worm PCR und Genotypisierung Nach 1 – 2 Tagen Eiablage die F1s mit einem Wurm-Pick in einzelne PCR-Streifenrohrkappen mit 7 l Wurmlysepuffer ge…
Representative Results
Abbildung 1. CRISPR-Cas9-Konstruktion desC. eleganssod-1-Lokus. (A) Schematische Abbildung der Exon-Intron-Struktur des Sod-1-Lokus in C. elegans. Der rote Balken bezeichnet die Lage von G93 in exon 3. Das Grundierungspaar wird durch die roten Pfeile (F1-R1) notiert. (B) Sequenzausrichtung von humanen und …
Materials
| Nuclease-free water | Synthego Inc. | provided with the sgRNA kit EZ kit | |
| KCl | Sigma | P5405 | |
| DNA Clean & Concentrator | Zymo Research | D4004 | |
| Zymoclean Gel DNA Recovery Kit | Zymo Research | D4002 | |
| Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix | New England Biolabs | M0494L | |
| Proteinase K | Sigma | P2308 | |
| MgCl2 | Sigma | M2393 | |
| NP-40 | Sigma | 74385 | |
| Tween-20 | Fisher Scientific | BP337-100 | |
| RNaseZap Decontamination Solution | Fisher Scientific | AM9780 |
Cite This Article
Single Worm PCR: A Method to Extract and Amplify Genomic DNA. J. Vis. Exp. (Pending Publication), e20133, doi: (2023).