הפריחה של מרבית הצמחים מסונכרנת עם שינויים עונתיים, מה שמאפשר לצמחים לנבוט בתנאים אופטימליים איך צמחים חשים בזמן ושינויים עונתיים? עוזרי זמן פנימיים המכונים שעונים ביולוגיים מרגישים שינויים סביבתיים, כמו שינוי רמת האור. שעונים ביולוגיים מאפשרים לצמחים לעקוב באופן קבוע אחר מקצבים של שעונים ביולוגיים מחזוריים יומיים, של 24 שעות.צמחים משתמשים גם בשעונים ביולוגיים כדי להגיב לשינויים עונתיים. אחד המנגנונים דרכם מגיבים הצמחים לעונות שונות הוא מערכת הפיטוכרום פיטוכרומים הם קולטנים רגישים לאור. אחד התפקידים הרבים שלהם בצמחים הוא לאתר עונות מתחלפות.פיטוכרומים עושים זאת על ידי מדידת אורך היום או פוטופריוד. היכולת של הפיטוכרומים לווסת פוטופריודיים, תגובות ביולוגיות לפוטופריוד, תלויות במעבר המעורר-אור שלהם בין שתי צורות בלתי ניתנות להמרה ה-Pr הלא פעיל וה-Pfr הפעיל. פיטוכרומים מסונתזים בחושך, בצורת Pr שלהם הלא פעילה, בתוך הציטופלזמה של הצמח.במהלך היום, Pr סופג אור אדום מאור השמש והופך במהירות לצורת ה-Pfr הפעילה ביולוגית שלו. Pfr יכול להפעיל מולקולות ציטופלזמיות או להעביר מחדש את הגרעין ולווסת את ביטוי הגנים. בלילה, רמות ה-Pfr בתאי הצמח יורדות בגלל היפוך האפלה האיטי של Pfr ל-Pr או הרס ה-Pfr על ידי אנזימים.בלילות הארוכים של החורף, רמות ה-Pfr בתאי הצמח עלולות לרדת לחלוטין עם הזריחה. אם הלילות קצרים יותר, כמו באביב כמות ניכרת של Pfr. עשויה להישאר עם הזריחה היחס בין Pr ל-Pfr עם שחר מאפשר לצמחים לקבוע את אורך מחזור היום-לילה.מכיוון שרמות ה-Pfr משתנות עם עונות השנה, רמות גבוהות יותר של Pfr עשויות להפעיל צמחים שפורחים בעונות עם ימים ארוכים ואילו רמות נמוכות יותר של Pfr נחוצות כדי להפעיל צמחים שפורחים במהלך ימים קצרים. יחסי גומלין בין מערכת הפיטוכרום לשעון הביולוגי מאפשרים לצמחים למדוד את אורכם היחסי של לילות וימים לאורך השנה ולסנכרן את פעילותם עם עונות השנה.