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硫酸ジメチルによるRNA構造のプロービング in vitro および細胞内でのシーケンシングによる突然変異プロファイリング(英語)

JoVE Journal
Bioquímica

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JoVE Journal Bioquímica

Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

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硫酸ジメチルによるRNA構造のプロービング in vitro および細胞内でのシーケンシングによる突然変異プロファイリング(英語)

DOI:

10.3791/64820-v

•

10:34 min

•

December 09, 2022

•

Sarah-Luisa Dülk, Silvia Rouskin

¹Department of Microbiology,Harvard Medical School

Capítulos

00:04Introduction
00:36Gene‐Specific In Vitro DMS Modification
02:49Gene‐Specific RT‐PCR of Modified RNA
04:19Whole‐Genome DMS‐MaP Using Virus‐Infected Cells
07:17Analysis of the Sequencing Data
08:12Results: Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling and Sequencing
10:00Conclusion

Summary

Tadução automática

このプロトコルは、突然変異プロファイリング実験のために硫酸ジメチルでRNAを修飾するための指示を提供します。これには、2つの代替ライブラリ調製方法を使用したin vitro および in vivo プロービングが含まれます。

Tags

RNA Structure DMS-MaP Sequencing In Vitro In Cells RNA Structure Ensemble Biological Research Refolding Buffer Dimethyl Sulfate Beta-mercaptoethanol Spectrophotometer TGIRT Complementary DNA PCR

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