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使用硫酸二甲酯探测RNA结构体外和细胞测序突变分析

JoVE Journal
Bioquímica

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JoVE Journal Bioquímica

Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling with Sequencing In Vitro and in Cells

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使用硫酸二甲酯探测RNA结构体外和细胞测序突变分析

DOI:

10.3791/64820-v

•

10:34 min

•

December 09, 2022

•

Sarah-Luisa Dülk, Silvia Rouskin

¹Department of Microbiology,Harvard Medical School

Capítulos

00:04Introduction
00:36Gene‐Specific In Vitro DMS Modification
02:49Gene‐Specific RT‐PCR of Modified RNA
04:19Whole‐Genome DMS‐MaP Using Virus‐Infected Cells
07:17Analysis of the Sequencing Data
08:12Results: Probing RNA Structure with Dimethyl Sulfate Mutational Profiling and Sequencing
10:00Conclusion

Summary

Tadução automática

该协议提供了用硫酸二甲酯修饰RNA以进行突变分析实验的说明。它包括使用两种替代文库制备方法进行的体外和体内探测。

Tags

Keywords: RNA Structure DMS-MaP Sequencing In Vitro In Cells RNA Structure Ensemble Biological Research Refolding Buffer Dimethyl Sulfate Beta-mercaptoethanol Spectrophotometer TGIRT Complementary DNA PCR

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