В этом протоколе описывается метод Capture Hi-C, используемый для характеристики 3D-организации мегаразмерных целевых областей генома с высоким разрешением, включая границы топологически ассоциирующих доменов (TAD) и дальнодействующих взаимодействий хроматина между регуляторными и другими элементами последовательности ДНК.