प्रोटोकॉल एक ऊतक समाशोधन विधि, एससीएएलईएसएफ का उपयोग करके मस्तिष्क के टुकड़े में न्यूरोनल इमेजिंग की एक विस्तृत विधि प्रदान करता है। प्रोटोकॉल में मस्तिष्क ऊतक तैयारी, ऊतक स्पष्टीकरण, साफ स्लाइस की हैंडलिंग और मेसोस्कोपिक से सूक्ष्म स्तर तक न्यूरोनल संरचनाओं की कॉन्फोकल लेजर स्कैनिंग माइक्रोस्कोपी इमेजिंग शामिल है।