परमाणु बल माइक्रोस्कोपी-इन्फ्रारेड स्पेक्ट्रोस्कोपी (एएफएम-आईआर) बैक्टीरियल अध्ययन के लिए एक शक्तिशाली मंच प्रदान करता है, जिससे नैनोस्केल संकल्प प्राप्त किया जा सके। दोनों, उपकोशिकीय परिवर्तनों का मानचित्रण (उदाहरण के लिए, सेल डिवीजन पर) के साथ-साथ रासायनिक संरचना (उदाहरण के लिए, दवा प्रतिरोध से उत्पन्न होने वाले) के तुलनात्मक अध्ययन बैक्टीरिया में एकल कोशिका स्तर पर आयोजित किए जा सकते हैं।