Протокол разрабатывает трехмерную (3D) модель дендритного сегмента с дендритными шипами для моделирования синаптической пластичности. Построенная сетка может быть использована для вычислительного моделирования оборота рецепторов AMPA в долгосрочной синаптической пластичности с помощью программной программы Blender с CellBlender и MCell.