Hier stellen wir eine automatisierte Plasmaprotein-Verdauungsmethode für die Massenspektrometrie-basierte quantitative proteomische Analyse vor. In diesem Protokoll werden die Flüssigkeitsübertragungs- und Inkubationsschritte zur Proteindenaturierung, Reduktion, Alkylierung und Trypsinverdauungsreaktionen gestrafft und automatisiert. Es dauert etwa fünf Stunden, um eine 96-Well-Platte mit der gewünschten Präzision vorzubereiten.