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Exploring Sequence Space to Identify Binding Sites for Regulatory RNA-Binding Proteins
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Erkundung des Sequenzraums zur Identifizierung von Bindungsstellen für regulatorische RNA-bindende Proteine

DOI:
10.3791/59635-v

•

11:34 min

•

August 09, 2019

•

1Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado at Boulder

Capítulos

  • 00:04Título
  • 01:11Generation of DNA Random Library Pool
  • 02:14Synthesis of Pool 0 RNA
  • 04:58RNA-Protein Binding Reaction and Separation of Bound RNA
  • 08:35Reverse Transcription, PCR Amplification, and Protein Binding
  • 09:47Results: Enrichment of PTB-binding RNAs and Splice Site Switching Assay
  • 10:50Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

Sequenzspezifität ist entscheidend für die Genregulation. Regulatorische Proteine, die bestimmte Sequenzen erkennen, sind wichtig für die Genregulation. Die Definition funktioneller Bindungsstellen für solche Proteine ist ein schwieriges biologisches Problem. Ein iterativer Ansatz zur Identifizierung einer Bindungsstelle für ein RNA-bindendes Protein wird hier beschrieben und ist auf alle RNA-bindenden Proteine anwendbar.

Tags

Sequence SpaceBinding SitesRegulatory RNA-binding ProteinsSaturation MutagenesisProtein-binding SiteDisease DiagnosisTherapyRandom LibraryRNA PoolBinding ReactionHigh AffinitySpecific BindersPCRT7 RNA PolymeraseTranscriptionGel PurificationAutoradiography

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