Drosophila er mye brukt som modellsystem for å studere neurodegeneration. Denne protokollen beskriver en fremgangsmåte ved hvilken degenerasjon, bestemt ved vakuole dannelse i hjernen, kan kvantifiseres. Det minimerer også effekter på grunn av den eksperimentelle prosedyren ved behandling og seksjonering kontroll og eksperimentelle fluer som en prøve.