Drosophila er almindeligt anvendt som et modelsystem til at studere neurodegeneration. Denne protokol beskriver en metode, hvorved degenerering, som bestemt ved vacuole dannelse i hjernen, kan kvantificeres. Det minimerer også effekter som følge af den eksperimentelle procedure ved behandling og sektionering kontrol og eksperimentelle fluer som en prøve.