Summary

Ensayo de sedimentación basado en concanavalina A para medir la unión al sustrato de las fosfatasas de glucano

Published: December 23, 2022
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Summary

Este método describe un ensayo de sedimentación in vitro basado en lectinas para cuantificar la afinidad de unión de la glucano fosfatasa y la amilopectina. Este ensayo de cosedimentación es confiable para medir la unión del sustrato de glucano fosfatasa y se puede aplicar a varios sustratos de glucano solubilizados.

Abstract

Las fosfatasas de glucano pertenecen a la familia más grande de fosfatasas de especificidad dual (DSP) que desfosforilan sustratos de glucano, como el glucógeno en animales y el almidón en plantas. Las estructuras cristalinas de la glucano fosfatasa con sustratos de glucano modelo revelan distintas interfaces de unión a glucanos hechas de DSP y dominios de unión a carbohidratos. Sin embargo, las mediciones cuantitativas de las interacciones glucano-glucano fosfatasa con sustratos fisiológicamente relevantes son fundamentales para la comprensión biológica de la familia de enzimas glucano fosfatasa y la regulación del metabolismo energético. Este manuscrito informa de un ensayo de sedimentación in vitro basado en Concanavalina A (ConA) diseñado para detectar la afinidad de unión al sustrato de las fosfatasas de glucano contra diferentes sustratos de glucano. Como prueba de concepto, se determinó la constante de disociación (KD) de la glucano fosfatasa Arabidopsis thaliana Almidón Exceso4 (SEX4) y amilopectina. La caracterización de los mutantes SEX4 y otros miembros de la familia de enzimas glucano fosfatasa demuestra aún más la utilidad de este ensayo para evaluar la unión diferencial de las interacciones proteína-carbohidrato. Estos datos demuestran la idoneidad de este ensayo para caracterizar una amplia gama de proteínas que interactúan con el almidón y el glucógeno.

Introduction

Las fosfatasas de glucano son miembros de una subfamilia funcionalmente diversa de fosfatasas de especificidad dual (DSP) dentro de la superfamilia1 de la proteína tirosina fosfatasa (PTP). Se han encontrado en la mayoría de las formas de vida, incluyendo organismos fotosintéticos ampliamente divergentes, humanos, vertebrados y algunos invertebrados y protistas 2,3,4. Las plantas contienen tres fosfatasas de glucano conocidas: Almidón Exceso4 (SEX4), Como Sexo Cuatro1 (LSF1) y Como Sexo Cuatro2 (LSF2)5,6,7. Las plantas que carecen de glucano fosfatasas muestran tasas disminuidas de degradación transitoria del almidón y acumulación de almidón en las hojas 8,9. Laforin es el miembro fundador de la familia glucano fosfatasa que desfosforila glucógeno en vertebrados y humanos 3,10. Las mutaciones de laforina resultan en la enfermedad neurodegenerativa de Lafora, una forma autosómica recesiva fatal de epilepsia11. Las glucano fosfatasas son necesarias para el metabolismo del glucógeno y del almidón y han surgido como enzimas importantes para modular el contenido de almidón en las plantas y tratar la enfermedad neurodegenerativa de Lafora12,13. Estudios recientes de cristalografía de rayos X sobre fosfatasas de glucano con sustratos de glucano modelo han arrojado luz sobre la unión al sustrato y el mecanismo catalítico de la desfosforilación de glucanos14,15,16,17. Sin embargo, la comprensión actual de cómo las fosfatasas de glucano se unen a sus sustratos fisiológicos es incompleta.

El almidón es un polímero insoluble de glucosa hecho de 80% -90% de amilopectina y 10% -20% de amilosa18. Los sustratos para las fosfatasas de glucano vegetal son moléculas de carbohidratos fosforilados, como el glucógeno y los gránulos de almidón. Los residuos de glucosilo fosforilados están presentes en una proporción de 1:600 fosfato:residuo de glucosil. Curiosamente, los fosfatos están presentes sólo en las moléculas de amilopectina19. La principal glucano fosfatasa de la planta SEX4 actúa sobre el gránulo de almidón para desfosforilar las moléculas de amilopectina. La estructura cristalina de rayos X de SEX4 combinada con estudios de mutagénesis guiada por estructura ha demostrado las especificidades únicas del sustrato de SEX4 para diferentes posiciones dentro de una estructura de glucano15. Recientemente hemos demostrado que la actividad biológicamente relevante de SEX4 sólo puede observarse cuando actúa sobre sus sustratos de amilopectina solubilizados20. Sin embargo, comprender las interacciones glucano-SEX4 ha demostrado ser difícil debido a la complejidad estructural del sustrato, las especificidades de unión más amplias y las bajas afinidades de unión entre la proteína y sus sustratos. Estos problemas han obstaculizado la capacidad de utilizar métodos comúnmente utilizados en las interacciones proteína-ligando, como la calorimetría de titulación isotérmica (ITC), la espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN) y los ensayos basados en ensayos de inmunoadsorción ligados a enzimas (ELISA).

Curiosamente, gran parte de nuestra comprensión de las interacciones carbohidratos-proteínas proviene del estudio de las lectinas. La concanavalina A (ConA) es una familia de proteínas lectinas de leguminosas originalmente extraídas del frijol jack. ConA se une a los carbohidratos con alta especificidad, lo que es ventajoso para su uso en aplicaciones de administración y orientación de fármacos. La unión de ConA a una variedad de sustratos que contienen α-D-manosil y α-D-glucosilo no reductores ha sido ampliamente estudiada19,20. Las perlas de sefarosa unidas a ConA disponibles comercialmente se usan comúnmente para purificar glicoproteínas y glicolípidos21. ConA se une a estos glucanos a través de los grupos hidroxilo C3, C4 y C6 de los residuos de glucosa. Las perlas de ConA-Sepharose también se han utilizado con éxito para medir la unión de las interacciones glucógeno-proteína y almidón-proteína22,23. En este estudio, utilizamos perlas de ConA-Sepharose para desarrollar un ensayo de unión para medir las especificidades de unión de las interacciones glucano fosfatasa-amilopectina.

Anteriormente, se empleó un ensayo de sedimentación basado en ConA para evaluar la capacidad de unión al sustrato de glucano fosfatasa14,20,24. En este estudio, se utilizó la misma estrategia para desarrollar un método novedoso para determinar la afinidad de unión de las interacciones glucano-glucano fosfatasa y carbohidratos. Este método también tiene una ventaja para investigar varias interacciones carbohidratos-proteínas solubilizadas.

Protocol

1. Preparación de perlas de ConA-Sepharose Hacer 250 ml de un tampón de unión que contenga 67 mM HEPES (pH 7.5), 10 mM MgCl 2 y 0.2 mM CaCl2. Ajustar el pH con una solución de NaOH 1 M. Pipetear 250 μL de suspensión de perlas de ConA-Sepharose en un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml. Centrifugar el contenido a 10.000 x g durante 30 s a 4 °C. Deseche el sobrenadante.NOTA: Se necesitan 250 μL de perlas de ConA-Sepharose en un tubo de microcen…

Representative Results

Una de las características clave de la familia de proteínas glucano fosfatasa es su capacidad para unirse a sustratos de glucano. En primer lugar, se analizó la capacidad de unión de SEX4 a las perlas de ConA-Sepharose:amilopectina mediante SDS-PAGE (Figura 2A). La albúmina sérica bovina (BSA) sirvió como control negativo para detectar cualquier unión inespecífica de proteínas a las perlas de ConA-Sefarosa:amilopectina. El análisis SDS-PAGE de proteínas mostró la presencia de pr…

Discussion

Este estudio demuestra el desarrollo exitoso de un nuevo ensayo de sedimentación in vitro que permite determinar la afinidad de unión de las interacciones glucano-glucano fosfatasa. El diseño del ensayo aprovecha la unión específica de la lectina ConA a los glucanos a través de los residuos hidroxilo de glucosa para capturar indirectamente sustratos de carbohidratos solubilizados en perlas de Sepharose. Esto permite la separación de fracciones de proteínas unidas y no unidas mediante ce…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Este estudio fue apoyado por el premio MCB-2012074 de la National Science Foundation. Los autores agradecen al Dr. Craig W. Vander Kooi del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Florida por sus valiosas discusiones y apoyo. Los autores también agradecen al Dr. Matthew S. Gentry del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Florida por su apoyo. Sara Lagalwar, presidenta del programa de Neurociencia de Skidmore College, por permitirnos usar el escáner de borrones de dígitos C LICOR para imágenes de Western Blot.

Materials

6x-His Tag monoclonal antibody (HIS.H8), HRP Therm Fisher Scientific MA1-21315-HRP
Biorad gel electrophoresis and Western blot kit Biorad  1703930
Calcium chloride Sigma-Aldrich 208291
C-Digit blot scanner LICOR 3600-00 Blot scanner
Complete protease inhibitor cocktail Sigma-Aldrich 11836170001
Concanavalin A-sepharose beads Sigma-Aldrich C9017 This product contains  in 0.1 M acetate buffer, pH 6, containing 1 M NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM MnCl2, and 1 mM MgCl2 in 20% ethanol 
Centrifuge Eppendorf  5425R
Glycine Fisher Scientific BP381-5
GraphPad Prism 8.0 software GraphPad  Version 8.0 Data analysis software 
HEPES Sigma-Aldrich H8651
Image Studio LICOR 3600-501 Acquisition Software
Magnesium chloride Sigma-Aldrich M2670
Methanol Fisher Scientific A452SK-4
Sodium dodecyl sulfate Fisher Scientific PI28312
Potato amylopectin Sigma-Aldrich A8515
Precast SDSPAGE Gels Genscript M00653S
Tris base Fisher Scientific BP154-1
Tween 20 Fisher Scientific MP1TWEEN201
Westernsure premium chemiluminescence substrate  LI-COR  926-95000

Referências

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Citar este artigo
Wolpaw, E. M., Frenett, M. L., Mak, C. A., Zwanger, S. M., Raththagala, M. Concanavalin A-Based Sedimentation Assay to Measure Substrate Binding of Glucan Phosphatases. J. Vis. Exp. (190), e64700, doi:10.3791/64700 (2022).

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