我们展示人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 培养物的自动化和与自动成像和分析相容的神经元分化。
人类诱导多能干细胞(hiPSC)的手动培养和分化方案难以标准化,表现出高变异性,容易自发分化成不需要的细胞类型。这些方法是劳动密集型的,不容易进行大规模实验。为了克服这些限制,我们开发了一个自动化细胞培养系统,与高通量成像系统相结合,并实施了用于保持多条 hiPSC 线并行和神经元分化的协议。我们描述了使用 Neurogenin-2 (NGN2) 过度表达在 6\u20128 天内生成 hiPSC 衍生皮质神经元的短期分化协议的自动化,以及实施长期分化协议在 65 天内生成 hiPSC 衍生的中脑多巴胺 (mDA) 神经元。此外,我们应用NGN2方法,使用GPC扁病毒转导的小分子衍生神经前体细胞(smNPC),并建立了活细胞自动神经细胞生长测定。我们提出了一个自动化系统,其协议适用于常规hiPSC培养和分化到皮质神经元和多巴胺神经元。我们的平台适用于长期免提培养和高含量/高通量基于 hiPSC 的化合物、RNAi 和 CRISPR/Cas9 筛查,以识别新的疾病机制和药物靶点。
人类诱导多能干细胞(hiPSC)是自我更新的,几乎可以在任何成人细胞类型中分化。这些特性使hiPSC成为基础研究和药物发现中疾病建模的有用工具。人类 iPSC 保留供体遗传背景,允许衍生出在疾病过程中受影响/参与最多的疾病相关细胞类型,例如,神经退行性疾病的不同神经元亚型2,3。此外,hiPSC通过模拟人类背景中的疾病和生理蛋白表达水平,克服了动物和细胞过度表达模型的一些局限性,并证明在模拟单源性疾病、复杂疾病和表观遗传性疾病以及晚发性疾病等疾病方面具有宝贵的价值。
尽管有这些好处和机会,但 hiPSC 的一些局限性仍需要解决。目前的 hiPSC 培养和差异化协议不具有成本效益,难以标准化,且是劳动密集型的。手动培养步骤可能导致产量和表型的高变异性,由于生长差异和 hiPSC 的自发分化。因此,需要通过实施更标准化的处理技术和简化可以使用自动化5实现的协议来减少实验者依赖型的变异。自动 hiPSC 培养和分化协议的建立将为学术和工业研究项目制定共同标准,并允许生成与生物学相关的疾病模型和更多可重复的结果。
先前的工作曾尝试自动化hiPSC培养物6,7,8,但他们的协议已仅限于特定的细胞培养板格式取决于系统,缺乏适应不同的测定格式。这种系统在细胞膨胀中很有用,但可能不适合自动分化成所需的细胞类型、疾病表型和筛选目的。此外,一个大型的成纤维细胞衍生、hiPSC生成和分化自动化平台被描述为9,但规模只能由专用于生产线生产的高通量实验室实现,这些生产线看起来很吸引人,但对于许多学术实验室来说却无法支付。
我们开发了基于高效颗粒空气 (HEPA) 过滤环境中液体处理站的全自动细胞培养系统,并结合大容量 CO2 培养箱、亮场成像细胞仪和用于板运输的机械臂。这些组件为稳定和可重复的 hiPSC 培养和差异化提供了基础。我们为该系统提供用于化合物或病毒存储的自动化-20°C存储系统以及高速旋转磁盘共合活细胞成像器。生成了定制协议,允许自动细胞播种、介质变化、汇合检查、细胞膨胀和检测板生成,并配有样品处理和板成像,使系统与高含量/高通量筛选兼容。使用控制软件和定制的图形用户界面(GUI)操作自动化细胞培养和成像系统。GUI 允许用户导入包含方法执行所需的单元格行特定参数的 CSV 文件。此外,GUI 还能够使用内置日历视图按任何顺序安排大量实验,从而可以完全控制每个方法开始的时间。
我们的自动化细胞培养系统采用标准化移液速度、传递时间、汇合阈值、播种密度和中量,具有多种板格式(96、48-、24-、12-、6-或1-well板格式)培养细胞的灵活性。我们改编了最近发表的短期分化协议,将hiPSC转化为神经元,可以在6天10,11中产生图巴3阳性神经元。我们还建立了小分子神经前体细胞(smNPC)的自动分化和成像,形成在EF1a促进子作用12下表达GPC的神经元,将icSPC转化为中脑多巴胺(mDA)神经元,适应先前发布的双SMAD抑制协议13,在65天内产生mDA神经元。
我们引进了具有集成成像功能的自动化细胞培养系统,用于 hiPSC 培养和神经元分化的标准化。由于用户干预最少,实验变异性低,确保细胞表型在分化期间的可重复性。基于日历的调度程序支持实验的组织和并行化,并允许在进行实验时具有高度的灵活性。现有方法易于调整,可增加可用方法的频谱。此外,可以使用大量的检测板格式来增加该系统的灵活性。最小的系统包括CO2 培养箱、机械臂、亮田细胞细胞计和液体处理站,构成了hiPSC培养和差异化所需的基本单元,学术研究实验室的成本低廉。自动细胞培养系统与用于储存化合物的自动-20°C存储系统、RNAi 库或CRISPR/Cas9库相结合,并集成了高含量/高通量显微镜,可执行表型筛选。
在目前的研究中,自动细胞培养系统使用一次性提示,将培养基点手动填充到储液罐中,从而限制了液体处理站对介质变化和其他培养过程的使用,尤其是在夜间。为了规避这一限制,可以调整方法,以针使用,而不是一次性提示,并在安装管连接介质线和存储在冰箱中的介质袋之间后,介质储液罐可以自动重新填充由加热器元件预热的新鲜介质。这将减少手动重新填充提示、培养媒体和储层交换造成的用户干扰。
我们的自动化细胞培养系统具有若干优点。一个是条形码跟踪系统。系统中加载的板由唯一的条形码标识,由系统读取和保存,允许在方法执行期间和之后跟踪样品。另一个优点是可以创建用户特定的项目。在这里,系统中加载的培养板可以分配给特定项目并分组。由于无需选择单独的板材,因此分批进行结构可简化对特定批次的所有板材执行相同程序的过程。此外,液体类编辑器允许调整移液速度和高度,以及每个液体转移步骤的吸气和点胶参数。每个过程都记录在日志文件中,允许回溯为给定区域性或检测板执行的任务。
从人类诱导多能干细胞(hiPSC)中提取的神经元和其他细胞类型是有用的体外工具,用于研究特定患者群体中神经退行性疾病的机制(例如帕金森病多巴胺神经元),为个性化药物筛查提供了可能性。培养 hiPSC 非常时间密集,需要训练有素的人员执行复杂的差异化协议,通常仅限于小规模生产。我们调整了hiPSC的无馈器培养,实现了一种自动化培养,并实施了两种神经元分化协议,一种基于NGN2过度表达的快速皮质神经元分化协议,以及一种用于生成中脑多巴胺(mDA)神经元13的长期小分子协议。手动培养和差异化协议的直接传输和可重复性使自动化培养系统非常有用。在自动化细胞培养系统中培养的人类 iPSC 表现出一致的干细胞形态,并表达重要的多能性标记,在独立实验之间可重复。此外,hiPSC 培养协议的自动化有利于并行培养和扩展大量细胞系。计划夜间执行的自动汇合检查节省了一天中系统在用户在实验室中执行的下游流程步骤(例如,采集细胞或手动重放以进行分化)时,无需使用系统。在达到用户定义的汇合阈值时,细胞被通过并重新镀入自动细胞培养系统的堆叠器上可用的细胞外基质涂层板。每个通道大约需要 70 分钟,从一个母板生成四个 1 孔板,这相当于一天 20 个通道的容量。
NGN2分化协议的自动化工作已经成功完成,并允许在不同的通道上生成一个均匀的神经元细胞群体,与手动分化相媲美。此外,由于快速分化,涉及多个细胞系的大规模筛选研究或具有数千种测试条件/化合物的筛选实验的实验成本将降低。成本效益高的高通量读数,包括活细胞神经素生长测量可以很容易地开发,实现,并用作疾病建模的表型读数,如前面所示的14,15,16。因此,我们使用小分子衍生神经前体(smNPC)细胞进一步调整了NGN2协议,这些细胞构成过度表达GPC。smNPC 细胞提供进一步的优势,包括降低培养培养器的成本(iPSC 培养器成本的三分之一)和扩展实验所需的时间。smNPC 的细胞产量比使用 iPSC 获得的细胞产量高 7 到 10 倍。区分神经元使用全自动成像过程成功监测和成像数天,无需手动抗体染色或化学标记,从而节省了包括成像本身在内的手动程序所需的成本和时间。当前对96孔板内60孔的成像,每板成像25个场时,每板约16分钟,这意味着可以在一天内采集和分析1000种化合物的基于成像的筛选数据。今后,该读出可用于化合物筛选研究,以挽救神经石生长缺陷。
此外,我们还演示了从 iPSC 生成中脑多巴胺 (mDA) 神经元的手动分化协议的转移。这种基于分子的小分子分化协议需要65天,由于多次重排步骤和频繁的介质变化,大多数每2天,这限制了mDA神经元的生产,同时少量的 iPSC 线, 劳动密集型。自动 mDA 差异化协议具有将差异化扩展到数十条 iPSC 生产线的很大优势。可并行区分多达 30 个细胞系。由于分化主要基于媒体的变化,因此几乎整个分化过程都可以在没有人为干扰的情况下进行。使用自动化系统的基于日历的调度程序,我们可以根据差异化步骤规划介质更改。处理如此大量的细胞系和培养板的一个限制是不可能进行隔夜介质更改。主要原因是,我们的系统是使用一次性提示和手动重新填充培养媒体,要求实验室中的用户执行此手动步骤。为了便于介质更换过程,系统中加载的板被分配到一个项目,并分组成批。然后,根据可用的一次性提示和数量调整批处理大小。如上所述,通过实施可重复使用/可洗针和自动重新填充介质,可以很容易地克服这一限制。细胞的自动传传/重放(如 iPSC 所示)是我们的自动细胞培养系统提供的便利之一。我们已经在分化的第25天测试了mDA神经元的自动重放。然而,mDA神经元的分离需要更长(40分钟)孵育与分离酶比 iPSC (8分钟)延长自动重排过程到超过1小时每个细胞系。因此,在同一天自动重放30个细胞系变得不可能。在自动重新传输(运输板、移液)和使系统适应针头和介质线的使用时加快其他步骤,可以解决此限制。尽管有缺点,我们可以成功地将手动协议转移到产生大量 MAP2(神经元)和 TH(mDA 神经元)阳性细胞的 mDA 神经元的自动分化。
在研究神经退行性疾病(包括帕金森病)的分子机制的项目中,同时区分数十条iPSC细胞系是两大项目非常感兴趣的。但是,以更少的错误和更少的成本更快地完成任务是一个很大的挑战。由于此处介绍的协议(iPSC、smNPC 和 mDA 神经元)的自动化,我们可以加快速度、降低成本并提高项目中的可重复性。像SININ-PD(https://www.foundinpd.org/wp/)这样的项目,涉及数百个患者细胞系,表明需要自动化培养和分化协议。我们的未来观点包括将手动三维 (3D) 细胞培养模型转移到自动化系统中。在板定义设置和适配器的使用中稍作调整将允许使用 3D 培养机构所需的商业或定制板和微流体室。此外,实现自动无标签成像模型将使我们能够实时跟踪神经元生长,并将神经素生长、神经元组织和细胞死亡的变化转化为对疾病机制的更好理解。
The authors have nothing to disclose.
作者感激地感谢为这项研究贡献生物材料的患者及其家属。研究中使用的细胞线来自与罗格斯(ND41865作为 iPS#1)和蒂洛·库纳特博士(iPS#2)的实验室的NINDS集合。这项工作部分得到NOMIS基金会(PH)、RiMod-FTD、欧盟联合方案-神经退行性疾病研究(JPND)的支持;DZNE I2A倡议(AD);PD-Strat,ERA-Net ERACoSysMed资助的项目(PH)和帕金森病基础数据倡议(FOUNDIN-PD)(PH,EB)。FOUNDIN-PD 是迈克尔·福克斯基金会路径到 PD 计划的一部分。作者感谢史蒂文·芬克贝纳和梅兰妮·科布(格拉德斯通研究所)为建立手动mDA神经元分化协议和铃木(Yokogawa电气公司)协助神经生长分析设置做出贡献。
Antibodies | Distributor | Catalog Number | Dilution |
iPSC pluripotency marker | |||
Mouse anti-SSEA4 | Abcam | ab16287 | 1 to 33 |
Rabbit anti-Oct3/4 | Abcam | ab19857 | 1 to 200 |
NGN2 neuron markers | |||
Mouse anti- TUBB3 | R & D | MAB1195 | 1 to 500 |
Rabbit anti-BRN2 | NEB | 12137 | 1 to 1,000 |
mDA neuron markers | |||
Chicken anti-TH | Pel-Freez Biologicals | 12137 | 1 to 750 |
Mouse anti-MAP2 | Santa Cruz | sc-74421 | 1 to 750 |
Secondary antibodies | |||
Goat anti-chicken IgY, Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A11039 | 1 to 2,000 |
Goat anti-mouse IgG, Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A11029 | 1 to 2,000 |
Goat anti-mouse IgG, Alexa Fluor 594 | Invitrogen | A11032 | 1 to 2,000 |
Goat anti-rabbit IgG, Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A11008 | 1 to 2,000 |
Goat anti-rabbit IgG, Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A11008 | 1 to 2,000 |
Goat anti-rabbit IgG, Alexa Fluor 594 | Invitrogen | A11012 | 1 to 2,000 |
Nuclei counterstaining | |||
Hoechest 33342 | Invitrogen | H3570 | 1 to 8,000 |
Instruments | Distributor | Catalog Number | Description/Application |
Agilent TapeStation system | Agilent technologies | 4200 | Automated electrophoresis for DNA and RNA samples |
Automated -20 °C storage system | Hamilton Storage Technologies |
Sample Access Manager (SAM -20C, 3200 series) |
Storage of reagents |
Barcode reader | Honeywell | Barcode Reader Orbit | Barcode scanner |
Brightfield cell cytomat | Nexcelom | Celigo | Confluence check and cell counting |
CellVoyager 7000 | Yokogawa | CellVoyager 7000 | Automated confocal microscope |
Cytomat for cell cultures | Thermo Fisher Scientific | Cytomat 24 C, CU | 12 stackers pitch 28 mm, 12 stackers pitch 23 mm (total of 456 plates) |
Cytomat for thawing samples | Thermo Fisher Scientific | Cytomat 2-LIN, 60 DU (Drying Unit) |
2 stackers pitch 28 mm (total of 42 plates) |
HEPA filters | Hamilton Robotics | Hood Flow Star UV | Modified by Hamilton Robotics |
Liquid handling station | Hamilton Robotics | Microlab Star | Channels: 8x 1-ml, 4x 5 ml and 96 Channel MPH |
Media reservoir | Hamilton Robotics | 188211APE | Media/reagents reservoir |
Pure water system | Veolia Water | ELGA PURELAB Classic | Provides pure water for needle wash station |
QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System |
Thermo Fisher Scientific | QSTUDIO12KOA | Real-time PCR machine |
Robotic arm | Hamilton Robotics | Rackrunner | Transport of plates |
Turn table | Hamilton Robotics | Turn Table | Adjust plate orientiation |
Uninterruptible power supply | APC | Smart UPS RT Unit, 10000 VA Power supply |
Backup power supply |
VIAFLO-pipettes | Integra | 4500 | Electronic pipette |
ViiA 7 Real-Time PCR System | Applied Biosystems | 4453545 | Real-time PCR machine |
Materials | Distributor | Catalog Number | Notes |
1-well culture plate (84 cm2) | Thermo Fischer Scientific | 165218 | Nunc OmniTray |
6-well culture plates (9.6 cm2) | Greiner Bio-One | 657160 | TC treated with lid |
12-well culture plate (3.9 cm2) | Greiner Bio-One | 665180 | TC treated with lid |
96-well culture plate (0.32 cm2) | Perkin Elmer | 6005558 | CellCarrier-96 Black plate |
Tips, 50-µL | Hamilton Robotics | 235987 | 50-uL tips |
Tips, 300-µL | Hamilton Robotics | 235985 | 300-µL tips |
Tips, 1000-µL | Hamilton Robotics | 235939 | 1000-µL tips |
Tips, 5-mL | Hamilton Robotics | 184022 | 5-mL tips |
Tubes, 15-mL | Greiner Bio-One | 188271 | 15-mL tubes |
Tubes, 50-mL | Greiner Bio-One | 227261 | 50-mL tubes |
Nalgene cryogenic 2.0 mL vials | Sigma Aldrich | V5007 | Cryovials |
Plasmids | Distributor | Catalog Number | Notes |
pLV_hEF1a_rtTA3 | Addgene | 61472 | Kind gift from Ron Weiss |
pLV_TRET_hNgn2_UBC_Puro | Addgene | 61474 | Kind gift from Ron Weiss |
pLVX-EF1a-AcGFP1-N1 lentivirus | Takara Bio | 631983 | |
Primers | Sequence (forward) | Sequence (reverse) | Source |
iPSC pluripotency | |||
OCT4 (ID 4505967a1) | CTTGAATCCCGAATGGAAAGGG | GTGTATATCCCAGGGTGATCCTC | PrimerBank |
NANOG (ID 153945815c3) | CCCCAGCCTTTACTCTTCCTA | CCAGGTTGAATTGTTCCAGGTC | PrimerBank |
REX1 (ID 89179322c1) | AGAAACGGGCAAAGACAAGAC | GCTGACAGGTTCTATTTCCGC | PrimerBank |
NGN2 neurons | |||
MAP2 (ID 87578393c1) | CTCAGCACCGCTAACAGAGG | CATTGGCGCTTCGGACAAG | PrimerBank |
BRN2 (ID 380254475c1) | CGGCGGATCAAACTGGGATTT | TTGCGCTGCGATCTTGTCTAT | PrimerBank |
CUX2 (ID 291045458c2) | CGAGACCTCCACACTTCGTG | TGTTTTTCCGCCTCATTTCTCTG | PrimerBank |
NCAM1 (ID 336285437c3) | TGTCCGATTCATAGTCCTGTCC | CTCACAGCGATAAGTGCCCTC | PrimerBank |
SYNAPSIN1 (ID 91984783c3) | TGCTCAGCAGTACAACGTACC | GACACTTGCGATGTCCTGGAA | PrimerBank |
mDA neurons | |||
TH | CGGGCTTCTCGGACCAGGTGTA | CTCCTCGGCGGTGTACTCCACA | NCBI primer-BLAST |
MAP2 | GGATCAACGGAGAGCTGAC | TCAGGACTGCTACAGCCTCA | NCBI primer-BLAST |
Housekeeping genes | |||
GAPDH | GAAATCCCATCACCATCTTCCAGG | GAGCCCCAGCCTTCTCCATG | NCBI primer-BLAST |
OAZ1 | AGCAAGGACAGCTTTGCAGTT | ATGAAGACATGGTCGGCTCG | NCBI primer-BLAST |
RPLPO | CCTCATATCCGGGGGAATGTG | GCAGCAGCTGGCACCTTATTG | NCBI primer-BLAST |
RPL13A | GCCTACAAGAAAGTTTGCCTATC | TGGCTTTCTCTTTCCTCTTCTC | NCBI primer-BLAST |
Media and Reagents | Distributor | Catalog Number | Use concentration |
Coating matrix | |||
Extracellular matrix (Matrigel) | Corning | 354277 | 10 μg/mL |
Fibronectin | Corning | 356008 | 2 μg/mL |
Laminin | Sigma | L2020 | 5 – 10 μg/mL |
Poly-L-Ornithine (PLO) | Sigma | P3655 | 0.1 mg/mL |
Culture media | |||
iPSC culture medium (Essential 8 Flex medium) |
Gibco | A2858501 | |
NGN2 neurons – NGN2 medium | |||
2-mercaptoethanol | Gibco | 21985023 | 0.909 mL (50 µM) |
B27 supplement | Gibco | 12587010 | 10 mL (1%) |
DMEM/F-12, GlutaMAX | Gibco | 31331093 | 484.75 mL |
GlutaMAX | Gibco | 35050038 | 5 mL ( 2 mM) |
Insulin | Sigma | I9278 | 0.25 mL (2.5 µg/mL) |
MEM Non-Essential Amino Acids | Gibco | 11140050 | 5 mL (0.5%) |
N2 supplement | Gibco | 17502048 | 5 mL (0.5%) |
Neurobasal medium | Gibco | 21103049 | 485 mL |
mDA neurons – SRM medium | |||
2-mercaptoethanol | Gibco | 21985023 | 0.5 mL (55 µM) |
GlutaMAX | Gibco | 35050038 | 5 mL (2 mM) |
Knockout DMEM/F-12 | Gibco | 12660012 | 409.5 mL |
Knockout serum replacement (serum replacement) |
Gibco | 10828028 | 75 mL (15%) |
MEM Non-Essential Amino Acids | Gibco | 11140050 | 5 mL (1%) |
Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15140122 | 5 mL (1%) |
mDA neurons – N2 medium | |||
B27 supplement | Gibco | 12587010 | 10 mL (2%) |
GlutaMAX | Gibco | 35050038 | 5 mL (2 mM) |
N2 supplement | Gibco | 17502048 | 5 mL (1%) |
Neurobasal medium | Gibco | 21103049 | 475 mL |
Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15140122 | 5 mL(1%) |
mDA neurons – Differentiation medium | |||
B27 supplement | Gibco | 12587010 | 10 mL (2%) |
Neurobasal medium | Gibco | 21103049 | 485 mL |
Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15140122 | 5 mL (1%) |
NGN2 neurons – Supplements | |||
Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) |
Peprotech | 450-02 | 10 ng/mL |
CHIR99021 (CHIR) | R&D | 4423/10 | 2 μM |
Doxycyline (dox) | Sigma | D9891 | 2.5 μg/mL |
Glial-Derived Neurotrophic Factor (GDNF) |
Peprotech | 450-10 | 10 ng/mL |
L-ascorbic acid 2-phosphate magnesium (AA2) |
Sigma | A8960 | 64 mg/L |
Neurotrophic factor-3 (NT-3) | Peprotech | 450-10 | 10 ng/mL |
Purmorphamine (PMA) | Cayman | 10009634 | 0.5 μM |
Puromycin | Sigma | P8833-10MG | 0.5 μg/mL |
Thiazovivin | Merk Millipore | 420220-10MG | 2 μM |
mDA neurons – Supplements | |||
Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) |
Peprotech | 450-02 | 20 ng/mL |
CHIR99021 (CHIR) | R&D | 4423/10 | 3 μM |
DAPT | Cayman | 13197 | 10 µM |
Dibutyryl-cAMP (db-cAMP) | Sigma | D0627 | 1 mM |
Fibroblast Growth Factor 8B (FGF-8b) | Peprotech | 100-25 | 100 ng/mL |
Glial-Derived Neurotrophic Factor (GDNF) |
Peprotech | 450-10 | 20 ng/mL |
L-ascorbic acid (AA1) | Sigma | A4403 | 0.2 mM |
LDN193189 (LDN) | Cayman | 11802 | 100 nM |
Purmorphamine (Purm) | Cayman | 10009634 | 2 μM |
Sonic Hedgehog/Shh (C24II) N-Terminus (SHH) |
R&D | 1845-SH | 100 ng/mL |
SB431542 (SB) | Cayman | 13031 | 10 μM |
Transforming Growth Factor type ß3 (TGFß3) |
R&D | 243-B3 | 1 ng/mL |
Y-27632 | Cayman | 10005583 | 10 µM |
Dissociation reagents | |||
Single cell dissociation reagent (StemPro Accutase) |
Gibco | A1110501 | 1x |
UltraPure 0.5M EDTA, pH 8.0 | Gibco | 11575020 | 0.5 mM |
RNA isolation and cDNA kit | |||
RNA isolation kit | Qiagen | 74106 | Rneasy MiniKit |
RNA lysis buffer | Thermo Fisher Scientific | 15596018 | Trizol lysis buffer (RNA lysis buffer) |
Reverse transcriptase (kit) | Thermo Fisher Scientific | 18080-085 | SuperScript III Reverse Transcriptase |
Software | Company | Catalog Number | Description/Application |
Cell Culture Framework (CCF) (Graphical user interface, GUI) |
Hamilton Robotics | Custom-made | User interface for the automated system |
CellPathFinder software (image analysis software 1) |
Yokogawa | CellPathfinder HCS Software | Image analysis tool |
CellVoyager Measurement System | Yokogawa | Included with CellVoyager 7000 |
Microscope controlling software |
Columbus software (image analysis software 2) |
Perkin Elmer | Columbus | Image analysis tool |
Cloud based qPCR app | Thermo Fisher Scientific | Themo Fisher cloud | Analysis software for qRT-PCR data |
Venus software | Hamilton Robotics | VENUS Two Dynamic Schedular 5.1 Software |
Controlling software for the automated system |