Summary

強化されたQM/MM法によるポルフィセンの二重陽子転写過程における同位体効果

Published: July 19, 2019
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Summary

強化されたQM/MM法を用いて、ポルフィセンにおける二重陽子転写プロセスに対する同位体効果を調べたプロトコルを紹介する。

Abstract

ポルフィセンにおける単一重水素置換は非対称分子幾何学を引き起こし、ポルフィセン分子における二重陽子転写プロセスに影響を与える可能性がある。本研究では、SITS-QM/MMと呼ばれる高められたQM/MM法を用いて、ポルフィセンにおける二重陽子転写に対する水素/重水素(H/D)同位体の影響を調べた。SITS-QM/MM分子ダイナミクスシミュレーションにおける距離変化は、重水素置換ポルフィセンがステップワイズ二重陽子伝達機構を採用していることを示唆した。二重陽子転写プロセスの構造解析と自由エネルギーシフトは、非対称同位体置換が共生水素結合を代入して圧縮し、元の遷移状態位置を変化させる可能性があることを示した。

Introduction

ポルフィセンにおける陽子転写プロセスは、分子スイッチ、トランジスタおよび情報記憶装置1、2の開発における潜在的な応用を有する。特に、二重陽子転写プロセスを介したポルフィセンにおけるツオテナライゼーションは、分光法および光物理学2の分野で広く関心を集めている。ポルフィセンの内部水素原子は、図1に示すように二重陽子伝達プロセスを介して、一方のトランス異性ソーマーから他の等価なトランス異性ソーマーに移行することができる。二重陽子転写プロセスには2つのメカニズムが提案されている:協調および段階的なメカニズム3、4。協調二重陽子転写プロセスでは、両方の陽子原子が対称的な方法で同期的に遷移状態に移動するのに対称的な方法で、一方の陽子はステップワイズプロセスで他方の陽子の前に転写を完了する。2つの水素原子は、2つの水素原子間の相関強度に応じて同時または段階的に移動することができる5。

同位体置換は、分子の構造特性および反応動態レート定数6を検出するために使用されてきた。ポルフィセンの内部水素における単一重水素置換は、分子の非対称形状につながる。水素結合は、水素原子と重水素原子の質量差により膨張または収縮する可能性がある。同位体置換は、ポルフィセンの足場に摂動を導入する。非対称構造が陽子転写プロセスに影響を与えるかどうかという疑問が生じます。リンバッハと同僚は、水素を重水素と交換すると水素結合が両方を圧縮し、ポルフィセンにおける2つの水素結合の協調結合が協調メカニズム7を支持する可能性があると報告した。重水素化は、段階的なメカニズムが協調メカニズム8よりも寄与するだろう。力分光などの実験技術は、単一のポルフィセン9でツトウマライゼーションの詳細を捕捉するために開発された。しかし、一過性の性質上、プロトン転移の原子的詳細を実験的に決定することは依然として困難である。

理論的な計算とシミュレーションは、陽子転写の反応機構を解明する際の補完的なツールとして機能する。異なる理論的方法の中で、分子力学(MD)シミュレーションは、各原子の動的運動を監視することができ、化学的および酵素反応の複雑なメカニズムを明らかにするために広く使用されてきました。ただし、通常の MD シミュレーションでは、特に関心のあるプロセスに高エネルギーバリアが存在する場合は、サンプリングの問題が不十分な傾向があります。したがって、拡張サンプリング方法は、遷移経路サンプリング10、11、傘サンプリング(米国)12、13、および統合焼戻しサンプリング(ITS)14を含む、 15.異なる強化されたサンプリング方法の組み合わせは、さらにサンプリング効率16、17、18を高めることができます。化学反応のシミュレーションにおける強化されたサンプリングアルゴリズムを利用するために、我々は最近19の量子機械および分子機械(QM/MM)電位を有する選択的統合焼戻しサンプリング(SITS)法を実施した。提案されたSITS-QM/MM法は、両方の方法からの利点を組み合わせた:SITS法はサンプリングを加速し、反応メカニズムの事前の知識なしですべての可能な反応チャネルを探索することができ、QM/MMはより正確な説明を提供するMMメソッドだけではシミュレートできない結合形成および結合破壊プロセス。実装されたSITS-QM/MMアプローチは、反応座標19を事前に定義することなく、異なるシステムにおける協調二重陽子転写、相関性のない、相関性の高い二重陽子伝達機構を発見することに成功した。ポルフィセンの場合、ステップワイズが相関する陽子転写特性が19と報告されている。ハイブリッドSITS-QM/MM法は、本研究におけるポルフィセンにおける同位体効果を調えるために用いられ、以下は我々の方法のアルゴリズムとプロトコルの詳細な説明である。

ハイブリッドQM/MMポテンシャルを持つSITS方式を実装しました。SITSの有効な電位は、より広い温度範囲をカバーするために、重み付け係数n kと異なる温度での潜在的なエネルギーを含むように定義されました。

Equation 1

ここで、N は正規項の数であり、β kは逆温度であり、n kは各正規成分に対応する重み付け係数です。UE (R) およびUN(R) は、SITS の拡張用語および非拡張用語を表し、

Equation 2

Us、U seおよびU eは、サブシステムの潜在的なエネルギー、サブシステムと環境との相互作用、および環境の潜在的なエネルギーである。QM/MM電位は、3つのコンポーネントのハイブリッド合計として表され、

Equation 3

ここで、U qm、U qm/mm、およびUmmは、QM サブシステムの内部エネルギー項、QM 領域と MM 領域間の相互作用エネルギー、および MM サブシステム内の相互作用エネルギーです。Uqm/mm項は、静電、ファンデルワール、およびQMとMM原子間の共生相互作用エネルギー条件を含む3つの成分にさらに分割することができ、

Equation 4

SITSEquation 5Equation 61 つのU用語に割り当てます。

Equation 7

その後、システムの全電位は、サブシステムUsのエネルギー、サブシステムと環境U seとの相互作用エネルギー、および環境U eのエネルギーに分解された。例えば、本作業のシステムでは、サブシステムはポルフィエンスであり、環境は水である。

集合変数τ(R) に沿った PMF プロファイルは、

Equation 8

N1-H1···N2 q1 = (r1r2)/2 = r 1 + r 2であり、1 は N1-H1 の距離であり、r2はの距離です。H1 -N2

この方法は、QM/MM MD シミュレーション パッケージ QM4D20で実装されています。完全なソースコードとドキュメントは、こちらのhttp://www.qm4d.info/。

一般に、SITS-QM/MM MD シミュレーションには、事前平衡(プレシスト)の 4 つのステップが含まれます。最適化nk (オプトシティング);生産シミュレーションとデータ分析を行います。

Protocol

1. 建物モデル ポルフィセン構造を構築する:マウスをダブルクリックしてガウスビューソフトウェアを開きます。次に、GaussViewのメニューで[要素フラグメント]ボタンをクリックして、必要な要素を選択します。ポルフィセンを構築します。次に、[ファイル]ボタンをクリックして pdb ファイルとして保存しま…

Representative Results

ポルフィセンにおける二重陽子転写プロセスに対する単一重水素置換効果を現在のプロトコルで検討した(図1)。QMサブシステムの潜在的なエネルギーと、平衡前および最適化ステップ中の水を調べ、エネルギーが広がるエネルギー範囲に広がっていることを確認した(図2)。代表的な距離と角度の変化(図3および…

Discussion

ポルフィセンの構造を図1に示した。SITS法による静電埋め込みQM/MMハイブリッド電位は、水中23,24における化学反応を記述するために用いられた。陽子転移はポルフィセン3内で起こり、したがってポルフィセンはQM領域として設定され、リマインダー水はMM領域として設定されます。ここでは、効率と精度のバ…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

本研究は、中国国家主要研究開発プログラム(2017YFA0206801、2018YFA0208600)、江蘇省自然科学財団、 中国国家自然科学財団(91645116)の支援を受けています。L.Xは江蘇省工科大学の中呉特任教授です。著者らは、ハオ・フー博士とミンジュン・ヤン博士からの提案を認めている。

Materials

operating system CentOS Linux release 6.0
QM4D software http://www.qm4d.info/ in-house program
Computer desktop HP

Referências

  1. Waluk, J. Ground- and excited-state tautomerism in porphycenes. Accounts of Chemical Research. 39 (12), 945-952 (2006).
  2. Waluk, J. Spectroscopy and tautomerization studies of porphycenes. Chemical Reviews. 117 (4), 2447-2480 (2017).
  3. Kozlowski, P. M., Zgierski, M. Z., Baker, J. The inner-hydrogen migration and ground-state structure of porphycene. The Journal of Chemical Physics. 109 (14), 5905-5913 (1998).
  4. Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. Theoretical study on the mechanism of double proton transfer in porphycene by path-integral molecular dynamics simulations. Chemical Physics Letters. 496 (1-3), 14-19 (2010).
  5. Smedarchina, Z., Shibl, M. F., Kühn, O., Fernández-Ramos, A. The tautomerization dynamics of porphycene and its isotopomers – concerted versus stepwise mechanisms. Chemical Physics Letters. 436 (4-6), 314-321 (2007).
  6. Wolfsberg, M., Hook, W. A., Paneth, P., Rebelo, L. P. N. Isotope effects. The Chemical, Geological, and Bio Sciences. , (2009).
  7. Pietrzak, M., Shibl, M. F., Bröring, M., Kühn, O., Limbach, H. H. 1H/2H NMR studies of geometric H/D isotope effects on the coupled hydrogen bonds in porphycene derivatives. Journal of the American Chemical Society. 129 (2), 296-304 (2007).
  8. Yoshikawa, T., Sugawara, S., Takayanagi, T., Shiga, M., Tachikawa, M. Quantum tautomerization in porphycene and its isotopomers: Path-integral molecular dynamics simulations. Chemical Physics. 394 (1), 46-51 (2012).
  9. Ladenthin, J. N., et al. Force-induced tautomerization in a single molecule. Nature Chemistry. 8 (10), 935-940 (2016).
  10. Dellago, C., Bolhuis, P. G., Csajka, F. S., Chandler, D. Transition path sampling and the calculation of rate constants. The Journal of Chemical Physics. 108 (5), 1964-1977 (1998).
  11. Bolhuis, P. G., Chandler, D., Dellago, C., Geissler, P. L. Transition path sampling: Throwing ropes over rough mountain passes, in the dark. Annual Review of Physical Chemistry. 53 (1), 291-318 (2002).
  12. Torrie, G. M., Valleau, J. P. Nonphysical sampling distributions in monte carlo free-energy estimation: Umbrella sampling. Journal of Computational Physics. 23 (2), 187-199 (1977).
  13. Kästner, J. Umbrella sampling. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science. 1 (6), 932-942 (2011).
  14. Gao, Y. Q. An integrate-over-temperature approach for enhanced sampling. Journal of Chemical Physics. 128 (6), 064105 (2008).
  15. Yang, L., Gao, Y. Q. A selective integrated tempering method. Journal of Chemical Physics. 131 (21), 214109 (2009).
  16. Yang, M., Yang, L., Gao, Y., Hu, H. Combine umbrella sampling with integrated tempering method for efficient and accurate calculation of free energy changes of complex energy surface. The Journal of Chemical Physics. 141 (4), 044108 (2014).
  17. Yang, Y. I., Zhang, J., Che, X., Yang, L., Gao, Y. Q. Efficient sampling over rough energy landscapes with high barriers: A combination of metadynamics with integrated tempering sampling. The Journal of Chemical Physics. 144 (9), 094105 (2016).
  18. Xie, L., Shen, L., Chen, Z. N., Yang, M. Efficient free energy calculations by combining two complementary tempering sampling methods. The Journal of Chemical Physics. 146 (2), 024103 (2017).
  19. Xie, L., Cheng, H., Fang, D., Chen, Z. N., Yang, M. Enhanced QM/MM sampling for free energy calculation of chemical reactions: A case study of double proton transfer. The Journal of Chemical Physics. 150 (4), 044111 (2019).
  20. Hu, X., Hu, H., Yang, W. . QM4D: an integrated and versatile quantum mechanical/molecular mechanical simulation package (http://www.qm4d.info/). , (2016).
  21. Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Madura, J. D., Impey, R. W., Klein, M. L. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water. The Journal of Chemical Physics. 79 (2), 926-935 (1983).
  22. Walewski, L., et al. Scc-dftb energy barriers for single and double proton transfer processes in the model molecular systems malonaldehyde and porphycene. International Journal of Quantum Chemistry. 106 (3), 636-640 (2006).
  23. Bakowies, D., Thiel, W. Hybrid models for combined quantum mechanical and molecular mechanical approaches. The Journal of Physical Chemistry. 100 (25), 10580-10594 (1996).
  24. Hu, H., Yang, W. Development and application of ab initio QM/MM methods for mechanistic simulation of reactions in solution and in enzymes. Journal of Molecular Structure: THEOCHEM. 898 (1-3), 17-30 (2009).
  25. Xie, L., Yang, M., Chen, Z. N. Understanding the entropic effect in chorismate mutase reaction catalyzed by isochorismate-pyruvate lyase from pseudomonas aeruginosa (PchB). Catalysis Science, Technology. 9 (4), 957-965 (2019).
  26. Shibl, M. F., Pietrzak, M., Limbach, H. H., Kühn, O. Geometric H/D isotope effects and cooperativity of the hydrogen bonds in porphycene. ChemPhysChem. 8 (2), 315-321 (2007).

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Citar este artigo
Tu, Z., Yin, J., Xie, L. Isotopic Effect in Double Proton Transfer Process of Porphycene Investigated by Enhanced QM/MM Method. J. Vis. Exp. (149), e60040, doi:10.3791/60040 (2019).

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