Summary

Les deux règles d'ADN étudieront le mécanisme de la translocation de Ribosome avec la résolution d'un seul nucléotide

Published: July 08, 2019
doi:

Summary

L’analyse double de règle d’ADN est développée pour déterminer la position d’ARNm pendant la translocation de ribosome, qui s’appuie sur les forces de dissociation des duplex d’ADN-ARNm formés. Avec la résolution d’un nucléotide simple et la capacité d’atteindre les deux extrémités de l’ARNm, il peut fournir des aperçus mécanistes pour la translocation de ribosome et sonder d’autres déplacements d’acide nucléique.

Abstract

La translocation ribosome se réfère au mouvement ribosomal sur l’ARNm par exactement trois nucléotides (nt), qui est l’étape centrale dans la synthèse des protéines. Pour étudier son mécanisme, il y a deux exigences techniques essentielles. La première est la résolution mono-nt qui peut résoudre la translocation normale de frameshifting, au cours de laquelle le ribosome se déplace par d’autres que 3 nt. La deuxième est la capacité de sonder à la fois les côtés d’entrée et de sortie de l’ARNm afin d’élucider l’ensemble de l’image de la translocation. Nous rapportons l’analyse de règle d’ADN double qui est basée sur les forces critiques de dissociation des duplex d’ADN-ARNm, obtenues par spectroscopie de magnétisation résiduelle induite par la force (FIRMS).  Avec la résolution de force de 2-4 pN, l’assay de double règle est suffisant pour distinguer différentes étapes de translocation. En mettant en œuvre un long lien sur les ANN sondants, ils peuvent atteindre l’ARNm de l’autre côté du ribosome, de sorte que la position de l’ARNm peut être déterminée pour les deux côtés. Par conséquent, l’exemple de règle double est particulièrement adapté pour étudier la translocation ribosome, et le mouvement de l’acide nucléique en général. Nous montrons des résultats représentatifs qui ont indiqué une conformation d’ARNm en boucle et résolu la translocation normale du changement de cadre.

Introduction

Le déplacement biomoléculaire est un paramètre fondamental dans l’étude du mécanisme des fonctions biologiques connexes. Un exemple particulier est la translocation ribosome1,2, au cours de laquelle le ribosome se déplace par exactement trois nucléotides (nt) sur l’ARN messager (ARNm) normalement, et par un, deux, ou d’autres nombres de nt sauf trois dans le cas de frameshifting. Par conséquent, une résolution mono-nt du système de règle moléculaire est nécessaire pour distinguer les différentes tailles d’étape. Un plus grand défi est de sonder le mouvement ribosome sur les côtés d’entrée et de sortie. En d’autres termes, ce n’est qu’avec un système de double règle que nous serons en mesure de révéler si l’ARNm est fileté en douceur à travers le ribosome, ou il ya des étapes intermédiaires dans lesquelles les deux côtés ont des tailles d’étapes différentes conduisant à une conformation arnde plissée ou en boucle à l’intérieur de la Ribosome.

Plusieurs méthodes ont été développées pour relever le premier défi de résoudre différentes étapes sur le côté de sortie du ribosome (l’extrémité 3′ de l’ARNm). Le double bifuséré résout les différents cadres de lecture en mesurant les rapports des différentes protéines résultantes3,4. Il n’est applicable que pour la fin 3′ de l’ARNm et donc insuffisant pour fournir une image complète de la translocation. La spectrométrie de masse peut analyser les différents fragments de peptides comme conséquence des réarrangements de code correspondants5. Mais il ne peut pas identifier combien nt le ribosome se déplace sur l’ARNm. L’assay d’impression d’orteil est une autre méthode commune qui emploie une transcriptase inverse amorcée àl’extrémité 3′-distal pour transcrire l’ARNm vers le ribosome 6. Cependant, il n’est pas applicable pour la fin de 5′ de l’ARNm qui entre dans le ribosome. D’autres techniques, y compris les approches à molécule unique et les méthodes de fluorescence7, sont difficiles à atteindre une résolution unique.

Nous avons développé le double test de règle d’ADN qui peut déterminer de façon unique les positions d’entrée et de sortie de l’ARNm découvert dans les complexes ribosome-mRNA.  Les ADN souverains sont des oligomères de l’ADN qui forment des duplex de certains nombres de paires de base (bp) avec l’ARNm découvert par le ribosome, quelle que soit l’extrémité de l’ARNm. Les nombres de bp révèlent alors précisément la position de ribosome sur l’ARNm pendant la translocation. Les nombres de bp des duplex sont déterminés par leurs forces critiques de dissociation obtenues à partir de la spectroscopie de magnétisation résiduelle induite par la force (FIRMS)8. Avec l’incertitude de la force de 2-3 pN, les forces critiques sont suffisantes pour offrir la résolution simple-nt. En mettant en œuvre une molécule de liaison sur les règles d’ADN, le côté stérilement entravé de l’ARNm par le ribosome peut être sondé. Différents déplacements ribosomal peuvent ainsi être résolus avec précision. Nous avons avec succès révélé une conformation unique en boucle de l’ARNm piégé par les antibiotiques au cours de la translocation9, et résolu différents cadres de lecture qui coexistaient sur une séquence d’ARNm glissante10. Cet article décrit les détails de l’essai de règle double, qui incluent la préparation des complexes de ribosome, la fonctionnalisation de surface des glissières en verre, l’immobilisation des complexes de ribosome et leur hybridation avec la règle magnétiqued d’ADN molécules, la détection magnétique et l’analyse du spectre de force par firms.

Protocol

1. Préparation des complexes de ribosome Faire 1 000 mL de tampon TAM10, qui se compose de 20 mM tris-HCl (pH 7,5), 10mM Mg (OAc)2, 30 mN 4 Cl, 70 mM KCl, 5 mM EDTA, 7 mM BME (2-mercaptoethanol), et 0,05% Tween20. Préparer les cinq mélanges énumérés dans le tableau 1.REMARQUE: Le ribosome était de la souche MRE60011. EF-Tu: facteur d’allongement thermo instable. EF-Ts: facteur d’allongement thermo stable. GTP: triphosphate de gu…

Representative Results

La figure 1 montre le schéma de détection et les photographies des principaux composants. La détection magnétique est réalisée par un magnétomètre atomique utilisant le schéma de balayage (Figure 1A)13. L’échantillon est placé sur une tige montée sur un moteur linéaire. Le moteur transporte l’échantillon au capteur atomique à l’intérieur d’un bouclier magnétique, puis de retour au site d’origine pour le d…

Discussion

Dans notre double test de règle, les perles magnétiques jouent deux rôles essentiels. Premièrement, ils servent de transducteurs de force parce que la force centrifuge est proportionnelle à leur masse flottante. Deuxièmement, les perles sont des porteurs de signaux détectés par un magnétomètre atomique, qui est actuellement le capteur magnétique le plus précis. Combinant manipulation mécanique et détection magnétique, la technique FIRMS est capable de résoudre un grand nombre d’interactions moléculaires …

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Ce travail est soutenu par les National Institutes of Health des États-Unis (R01GM111452, Y.W., S.X.). Y. W. reconnaît le soutien de la Fondation Welch (E-1721).

Materials

Styrene Strip City of Industry MS-861
Glass slides Evaporated Coatings 60.0 × 4.0 × 0.3 mm3
Acetic acid Millipore Sigma A6283-500ML
3-Aminopropyltriethoxysilane UCT specialties 21400088
mPEG-SVA Laysan Bio 154-82
Biotin-PEG-SVA Laysan Bio 152-84
Sodium bicarbonate Millipore Sigma S5761-500G
Epoxy glue Devcon 31345
Streptavidin ThermoFisher 434301
Fusidic Acid Millipore Sigma F0756-1G
Neomycin Sulfate Millipore Sigma 1458009
Viomycin Sulfate Millipore Sigma 1715000
Hygromycin invitrogen 10687-010
Tris-HCl Millipore Sigma T5941-100G
Magnesium acetate Millipore Sigma M5661-50G
Ammonium chloride Millipore Sigma A9434-500G
Potassium chloride Millipore Sigma P9333-500G
EDTA GIBCO 774750
2-mercaptoethanol Millipore Sigma M6250-500ML
Tween20 Millipore Sigma P1379-250ML
GTP Millipore Sigma G8877-100MG
PEP Millipore Sigma P7127-100MG
Pyruvate Kinase Millipore Sigma P1506-5KU
Sucrose  Millipore Sigma S7903-5KG
Dynabeads M-280 Streptavidin ThermoFisher 11205D
mRNA Oligo Integrated DNA Technologies 133899727 5′-Bio- CAA CUG UUA AUU AAA UUA AAU UAA AAA GGA AAU AAAA AUG UUU AAU UUU UUA GGG CGC AAU CUA CUG CUG AAC UC-3′ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 157468630 3ʹ- TAA TTT AAT TTA ATT TTT CGA AAU AT50/TEGBio/-5ʹ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 164845370 3ʹ-AAT TTA ATT TTT CCT TTA AAA AT50/TEGBio/-5’ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 157468628 3ʹ-AAA ATC CCG CGT TAG AAC UGG GG/TEGBio/-5’ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 163472705 3ʹ-CCG CGT TAG ATG ACG AGA ACG GG/TEGBio/-5’ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 138678130 3ʹ-AGA TGA CGA CTT CTC GGG/TEGBio/-5’
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 138678131 3ʹ-T AGA TGA CGA CTT CTC GGG/TEGBio/-5’ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 138678132 3ʹ-TT AGA TGA CGA CTT CTC GGG/TEGBio/-5ʹ 
DNA Oligo Integrated DNA Technologies 138678133 3ʹ-GTT AGA TGA CGA CTT CTC GGG/TEGBio/-5’ 
Centrifuge Eppendorf 5427R
Micro Ultracentrifuge Hitachi CS150FNX
Vortex mixer VWR VM-3000
Lock-in Amplifier Stanford Research Systems SR530
Lock-in Amplifier Stanford Research Systems SR830
Laser Newport TLB-6918-D
Function generator Stanford Research Systems DS345
Photo detectors Thorlabs DET36A

Referências

  1. Noller, H. F., Lancaster, L., Mohan, S., Zhou, J. Ribosome structural dynamics in translocation: yet another functional role for ribosomal RNA. Quarterly Review of Biophysics. 50, 12 (2017).
  2. Zhou, J., Lancaster, L., Donohue, J. P., Noller, H. F. How the ribosome hands the A-site tRNA to the P site during EF-G-catalyzed translocation. Science. 345, 1188-1191 (2014).
  3. Grentzmann, G., Ingram, J. A., Kelly, P. J., Gesteland, R. F., Atkins, J. F. A dual-luciferase reporter system for studying recoding signals. RNA. 4, 479-486 (1998).
  4. Fang, Y., Treffers, E. E., Li, Y., Tas, A., Sun, Z., van der Meer, Y., de Ru, A. H., van Veelen, P. A., Atkins, J. F., Snijder, E. J., Firth, A. E. Efficient -2 frameshifting by mammalian ribosomes to synthesize an additional arterivirus protein. Proceedings of National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 2920-2928 (2012).
  5. Yan, S., Wen, J. D., Bustamante, C., Tinoco, I. Ribosome excursions during mRNA translocation mediate broad branching of frameshift pathways. Cell. 160, 870-881 (2015).
  6. Shirokikh, N. E., Alkalaeva, E. Z., Vassilenko, K. S., Afonina, Z. A., Alekhina, O. M., Kisselev, L. L., Spirin, A. S. Quantitative analysis of ribosome-mRNA complexes at different translation stages. Nucleic Acids Research. 38, 15 (2010).
  7. Chen, J., et al. Dynamic pathways of -1 translational frameshifting. Nature. 512, 328-332 (2014).
  8. De Silva, L., Yao, L., Wang, Y., Xu, S. Well-defined and sequence-specific noncovalent binding forces of DNA. Journal of Physical Chemistry B. 117, 7554-7558 (2013).
  9. Yin, H., Xu, S., Wang, Y. Dual DNA rulers reveal an “mRNA looping” intermediate state during ribosome translocation. RNA Biology. 15, 1392-1398 (2018).
  10. Tsai, T. W., Yang, H., Yin, H., Xu, S., Wang, Y. High-efficiency “-1” and “-2” ribosomal frameshiftings revealed by force spectroscopy. ACS Chemical Biology. 12, 1629-1635 (2017).
  11. Altuntop, M. E., Ly, C. T., Wang, Y. Single-molecule study of ribosome hierarchic dynamics at the peptidyl transferase center. Biophysical Journal. 99, 3002-3009 (2010).
  12. Garcia, N. C., Yu, D., Yao, L., Xu, S. Optical atomic magnetometer at body temperature for magnetic particle imaging and nuclear magnetic resonance. Optics Letters. 35, 661-663 (2010).
  13. Yao, L., Xu, S. Long-range, high-resolution magnetic imaging of nanoparticles. Angewandte Chemie International Edition. 48, 5679-5682 (2009).
  14. Kurkcuoglu, O., Doruker, P., Sen, T. Z., Kloczkowski, A., Jernigan, R. L. The ribosome structure controls and directs mRNA entry, translocation and exit dynamics. Physical Biology. 5, 046005 (2008).
  15. Qu, X., et al. The ribosome uses two active mechanisms to unwind messenger RNA during translation. Nature. 475, 118-121 (2011).
  16. Jacks, T., et al. Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 gag-pol expression. Nature. 331, 280-283 (1988).
  17. Schuwirth, B. S., et al. Structures of the bacterial ribosome at 3.5 Å resolution. Science. 310, 827-834 (2005).
  18. Jia, H., Wang, Y., Xu, S. Super-resolution force spectroscopy reveals ribosomal motion at sub-nucleotide steps. Chemical Communications. 54, 5883-5886 (2018).

Play Video

Citar este artigo
Yin, H., Xu, S., Wang, Y. Dual DNA Rulers to Study the Mechanism of Ribosome Translocation with Single-Nucleotide Resolution. J. Vis. Exp. (149), e59918, doi:10.3791/59918 (2019).

View Video