النسخ المتماثل لمطلوب، "مكتبة نونريدوندانت" من سلالة الزّنجاريّة Pseudomonas PA14 ينقول طفرات الإدراج
Summary
أسباب الإصابة الزائفة الزّنجاريّة الاعتلال كبيرة في المضيفين الضعيفة. المكتبة متحولة الإدراج ينقول نونريدوندانت P. الزّنجاريّة سلالة PA14، عينت مجموعة PA14NR، يسهل تحليل وظيفة الجينات في عمليات عديدة. قدم هنا وضع بروتوكول لإنشاء نسخ عالية الجودة من المكتبة متحولة تعيين PA14NR.
Abstract
الزائفة الزّنجاريّة بكتيريا سلبية الغرام متنوعة وقابلة للتكيف فينوتيبيكالي وجينوتيبيكالي في كل مكان في البيئات البشرية. P. الزّنجاريّة قادرة على تشكيل الأغشية الحيوية وتطوير المقاومة للمضادات الحيوية وإنتاج عوامل الفوعة وتتطور سريعاً أثناء وجود عدوى مزمنة. وهكذا P. الزّنجاريّة يمكن أن يسبب الحادة والمزمنة، صعوبة في علاج الالتهابات، نتج عنه اعتلال كبير في قطاعات معينة من السكان المريض. هو سلالة P. الزّنجاريّة PA14 عزل سريرية بشرية مع بنية جينوم مصانة التي تصيب مجموعة متنوعة من المضيفين الثدييات ونونفيرتيبراتي مما يجعل PA14 عبئا جذابة لدراسة هذه العوامل الممرضة. في عام 2006، تم إنشاء مكتبة متحولة إدراج ينقول نونريدوندانت تحتوي على طفرات 5,459 المقابلة للجينات PA14 تنبأ 4,596. ومنذ ذلك الحين، وقد يسمح بتوزيع المكتبة PA14 مجتمع البحوث لتحسين فهم وظيفة الجينات الفردية ومسارات معقدة من P. الزّنجاريّة. ويتطلب الحفاظ على سلامة المكتبة من خلال عملية النسخ المتماثل تقنيات التعامل السليم والدقيق. تحقيقا لهذه الغاية، يعرض هذه المخطوطة البروتوكولات التي تصف بالتفصيل الخطوات التي تشارك في النسخ المتماثل مكتبة ومكتبة مراقبة الجودة والتخزين السليم لطفرات الفردية.
Introduction
الزائفة الزّنجاريّة بكتيريا سلبية الغرام متنوعة وقابلة للتكيف فينوتيبيكالي وجينوتيبيكالي موجودة في التربة، والمياه، وبيئات معظم البشرية، فضلا عن تبدل الجلد. مقارنة بالعديد من أنواع الجراثيم، وقد P. الزّنجاريّة جينوم كبيرة نسبيا من 5.5-7 Mbp مع ارتفاع G + C المحتوى (65-67%). وعلاوة على ذلك، نسبة كبيرة من الجينات، يشاركون في التكيف الأيضي وهي جزء من شبكات تنظيمية، مما يتيح مرونة كبيرة في الاستجابة للإجهاد البيئي1. P. الزّنجاريّة يعرب عدد كبير عوامل الفوعة ويسلك نزوع إلى نموذج الأغشية الحيوية، وتمتلك القدرة على تنسيق الاستجابة من خلال النصاب متعددة الاستشعار عن مسارات ويعرض قدرة ملحوظة على تطوير المقاومة للمضادات الحيوية والتسامح2،3،4،،من56،،من78. هذه السمات تحديات كبيرة لعلاج الالتهابات التي تسببها P. الزّنجاريّة.
المزمن يمكن أن تحدث التهابات P. الزّنجاريّة في العديد من الحالات المرضية. التليف الكيسي (CF)، أمراض وراثية الناجمة عن تحور الجين التليف الكيسي Transmembrane الموصلية منظم (CFTR) ، ينتج إفرازات يسهل أو المصابة داخل مجرى الهواء، والقصبات التدريجي، في نهاية المطاف، الموت من9من فشل في الجهاز التنفسي. قبل بلوغ سن الرشد، أغلبية المرضى الذين يعانون من التليف الكيسي مصابون بأمراض مزمنة P. الزّنجاريّة، الذي يلعب دوراً رئيسيا في الإصابة بالأمراض والوفيات المرتبطة بهذا المرض10. بالإضافة إلى ذلك، المرضى الذين يعانون من حروق شديدة إصابات11، تراتشيوستوميس12، الاستبدالات المشتركة13أو نائحين القسطرة14 هم عرضه للإصابة P. الزّنجاريّة تتصل بقدرة هذه البكتيريا على شكل الأغشية الحيوية والهروب استضافة الردود الملتهبة15. علاوة على ذلك، يحدث الاستعمار دون منافسة بعد تحديد عدد سكان مقاومة للمضادات الحيوية متعددة أو التسامح من خلال العلاج مضادات الجراثيم واسعة الطيف، متسلسلة12،،من1617 , 18-تحسين فهم الآلية المرضية من P. الزّنجاريّة سيكون لها آثار هامة على العديد من الحالات المرضية.
وقد درست عدة P. الزّنجاريّة يعزل السريرية، بما في ذلك سلالات PAO1، PA103، PA14، وباك، على نطاق واسع للتحقيق ميزات مختلفة من P. الزّنجاريّة المرضية. من سلالة PA14 عزل سريرية التي ينتمي إلى واحدة من المجموعات الاستنساخ الأكثر شيوعاً في جميع أنحاء العالم19،20 ولا باساجيد على نطاق واسع في المختبر. PA14is ضراوة شديدة في نماذج الفقاريات من العدوى، مع الذيفان ملحوظة الشخصية21، بيلي هيكل22، جزر الإمراضية23، اكتب ثالثا إفراز نظام (TTSS)، سيتوتوكسيسيتي نحو الثدييات خلايا24 و التشكيلات الجانبية للمضادات الحيوية المقاومة واستمرار25. وعلاوة على ذلك، PA14 أيضا ضراوة شديدة في العديد من النظم النموذجية الممرض المضيف، بما في ذلك أوراق النبات نماذج تسلل26،27، نماذج الإصابةايليجانس كاينورهابديتيس 28، 29والحشرات نماذج31من30،، فضلا عن الالتهاب الرئوي الماوس نماذج32،33 وحرق الجلد نماذج34.
مكتبات المسخ على نطاق الجينوم هي مجموعات من اسوي طفرات في الجينات غير الأساسية التي تشكل أدوات قوية للغاية لفهم علم الأحياء لكائن حي بالسماح بتحليل وظيفة الجينات على نطاق الجينوم. اثنين ينقول قرب تشبع الإدراج متحولة المكتبات التي شيدت في P. الزّنجاريّة متاحة حاليا للتوزيع. مواقع الإدراج ترانسبوزونات وقد حددت لكل المكتبات. هذه المكتبات نونريدوندانت ما يسمى تيسير دراسات المجين على نطاق المنظومة من السلالات البكتيرية بتناقص إلى حد كبير في الوقت والتكاليف المتكبدة في الفحص أونتشاراكتيريزيد طفرات ينقول عشوائي. P. الزّنجاريّة PAO1 ينقول متحولة المكتبة، التي شيدت في MPAO1 عزل من سلالة PAO1 باستخدام ترانسبوزونات هوفوا/ها وهولاكز/ها35، هو تنسيق بمختبر مانويل، وجامعة واشنطن. المكتبة يتكون من مجموعة التحقق من تسلسل من طفرات ينقول 9,437 التي توفر تغطية واسعة الجينوم ويشمل اثنين من طفرات لمعظم الجينات36. تتوفر معلومات حول مكتبة متحولة ينقول PAO1 P. الزّنجاريّة في موقع المعمل مانويل الجمهور، ويمكن الوصول إليها عن طريق شبكة الإنترنت في http://www.gs.washington.edu/labs/manoil/libraryindex.htm. سلالة P. الزّنجاريّة PA14 ينقول نونريدوندانت الإدراج متحولة مكتبة (مجموعة PA14NR) التي شيدت في سلالة PA14 باستخدام ترانسبوزونات MAR2xT7 و Tnفوا37 توزع حاليا بقسم طب الأطفال مستشفى ماساشوستس العام. وتضم مجموعة من طفرات أكثر من 5,800 مع الملاحق ينقول واحدة في الجينات غير الضروريين37تعيين PA14NR. تفاصيل حول بناء مجموعة PA14NR موصوفة في http://pa14.mgh.harvard.edu/cgi-bin/pa14/home.cgi?section=NR_LIB العامة، ويمكن الوصول إليها عن طريق شبكة الإنترنت في الموقع، الذي يحتوي أيضا على مجموعة متنوعة من أدوات البحث على الإنترنت لتيسير استخدام PA14NR تعيين.
وتتألف طفرات 5,459، مختارة من مكتبة شاملة لحوالي 34,000 ينقول عشوائي الإدراج طفرات، تتوافق مع جينات PA14 تنبأ 4,596 تمثل 77 في المائة من جميع الجينات PA14 توقع37مجموعة PA14NR الأصلي. أضيفت منذ بناء المكتبة في عام 2006 طفرات جديدة، وتعيين PA14NR ويشمل حاليا طفرات 5,800 أكثر من38 التي تمثل ما يقرب من جينات PA14 4,600. غالبية طفرات ينقول PA14 تم إنشاؤها في الخلفية نوع البرية37. تتوفر التفاصيل المتعلقة بكل عضو مكتبة متحولة، بما في ذلك الخلفية الوراثية، أما من خلال البحث في قاعدة البيانات على الإنترنت، أو عن طريق تحميل “مكتبة نونريدوندانت” جدول البيانات، كل الميزات المتوفرة على موقع PA14 (http:// pa14.mgh.harvard.edu/cgi-bin/pa14/home.cgi). غالبية طفرات تم إنشاؤها باستخدام في MAR2xT7 ينقول (MrT7)، مع مجموعة صغيرة تم إنشاؤها باستخدام ينقول تنفوا (فوا)37. وقد كل ينقول كاسيت مقاومة للمضادات الحيوية، مما يسمح للمسخ التحديد باستخدام الجنتاميسين (MrT7) أو كاناميسين (فوا). مجموعة PA14NR من طفرات المخزنة في لوحات 96-جيدا ثلاثة وستون، ويشمل اثنين التحكم 96-بئر إضافية تلقيح لوحات، والتي تتكون من نوع البرية PA14 وآبار أونينوكولاتيد أولمبية صيفية في نموذج سابق الإعداد. يسهل تنسيق لوحة 96-جيدا المقترنة مع أدوات البحث على شبكة الإنترنت إلى حد كبير تطوير مخصص لفحص الاختبارات التي تسمح للمستخدمين بسهولة تحديد الجينات المرتبطة بالمسخ تعمل. أدوات البحث على الإنترنت أيضا تسهيل البحث واختيار طفرات ذات الصلة إضافية المطلوبة لإجراء المزيد من الدراسات.
مكتبات متحولة ينقول PA14 و PAO1 موارد عالمية هامة جداً للمجتمع العلمي، وأنها تكمل بعضها البعض في التحقق من وظيفة الجينات غير معروف ومسارات لهذا الممرض الجرثومي. مصادفة، منذ تشييد المكتبات طفرة ينقول PAO1 و PA14، أظهر تحليل تسلسل الحمض النووي الجينوم الكامل للعديد من P. الزّنجاريّة يعزل أن PAO1 و PA14 تنتمي إلى سوبكلاديس رئيسية مختلفة من الزّنجاريّة ص ونساله7،39،،من4041. تم العثور على سبب السريرية P. الزّنجاريّة يعزل موزعة في جميع أنحاء نسأله، حقيقة أن PAO1 و PA14 ينتمون إلى مختلف P. الزّنجاريّة أفرقة فرعية يعزز قيمة المكتبتين الطفرة ينقول للمقارنة الدراسات.
منشورات تصف البناء وفحص مكتبات متحولة البكتيرية، بما في ذلك، P. الزّنجاريّة المكتبات3537،42، متوفرة بسهولة في الأدب. ومع ذلك، على حد علمنا، لا المنشورة بروتوكولات تصف إجراءات مفصلة والتقنيات المستخدمة للنسخ المتماثل، الصيانة، والتحقق من صحة من مكتبات متحولة البكتيرية متوفرة.
ويصف المنهجية المبينة في هذه النشرة مجموعة من البروتوكولات الثلاثة التي تسهل استخدام وصيانة لمجموعة PA14NR. البروتوكول الأول يصف النسخ المتماثل للمكتبة كما أوصى إلى المستلمين من مجموعة PA14NR. البروتوكول الثاني يتضمن المبادئ التوجيهية streaking والمتنامية، وتخزين طفرات الفردية وحدد استخدام مجموعة PA14NR. البروتوكول الثالث يصف تقنيات مراقبة الجودة، بما في ذلك [بكر] تضخيم أجزاء من طفرات ينقول وتسلسل اللاحقة لتأكيد هوية متحولة. هذه المجموعة من البروتوكولات يمكن تكييفها للنسخ المتماثل وصيانة المكتبات متحولة البكتيرية أو مجموعات أخرى أيضا. النسخ المتماثل لمكتبات متحولة البكتيرية أو مجموعات ينصح بدرجة عالية الحفاظ على سلامة “النسخة الرئيسية” (النسخة الأصلية الواردة). النسخ المتماثل من عدة نسخ من مجموعة PA14NR للاستخدامات المختبرية الروتينية يقلل من احتمال تلوث إينتيرويل للنسخة الرئيسية.
Protocol
Representative Results
Discussion
ف. الزّنجاريّة PA14NR يقع موردا قيماً للمجتمع العلمي. ووفقا dataset مارس 2017 من تحليلات كلاريفاتي قاعدة بيانات “مؤشرات العلوم الأساسية”، ليبيراتي et al. (2006) في المرتبة 37، الذي يصف تشييد مجموعة PA14NR، في أعلى من 1 ٪ من منشورات علم الأحياء المجهرية. باحث جوجل تقارير الاستشهادا…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
نود أن أشكر ليزا فيلبوتس Treadwell MGH المكتبة الظاهرية لتوجيهاتها في البحث عن قاعدة البيانات. هذا العمل كان تدعمه مؤسسة التليف الكيسي (YONKER16G0 و HURLEY16G0) والمعاهد الوطنية للصحة نييد (بف و ADE: R01 A1095338).
Materials
| Materials for Library Replication | |||
| Sterile 96-well Tissue-culture treated, case of 50 | Corning Life Sciences | 353072 | via Fisher Scientific |
| Sterile 96 Well Clear V-Bottom 2000μL Deep Well Plates, case of 25 | Corning Life Sciences | 3960 | via Fisher Scientific |
| Nunc OmniTray (rectangular plates), case of 60 | Thermo Scientific Rochester | 242811 | via Fisher Scientific |
| Rectangular Ice Pan, Midi (4L) | Corning Life Sciences | 432104 | via Fisher Scientific |
| Secure-Gard Cone Mask, case of 300 | Cardinal Health | AT7509 | via Fisher Scientific |
| AluminaSeal, pack of 100 | Diversified Biotech | ALUM-100 | via Fisher Scientific |
| Breathe-Easy membrane, pack of 100 | Diversified Biotech | BEM-1 | via Sigma-Aldrich |
| Sterile, individually wrapped, 50mL Solution Trough/Reagent Reservoir, case of 100 | Sorenson | S50100 | via Westnet Incorporated |
| Plate roller | VWR | 60941-118 | via VWR |
| Cryo Laser Labels – CRYOLAZRTAG 2.64" x 0.277", pack of 16 sheets | GA International | RCL-11T1-WH | via Labtag.com (template for printing also available from Labtag.com) |
| 96-well replicator | V & P Scientific, Inc. | Custom 407C, 3.18mm pin diameter, 57mm long | via V & P Scientific, Inc. |
| Multitron Pro, 3mm Shaking incubator | Infors HT | l10003P | via Infors HT |
| Picus 12 Channel 50-1200μL Electronic Pipette | Sartorius | 735491PR | via Sartorius |
| Filter Tips 50-1200μL, pack of 960 | Biohit | 14-559-512 | via Fisher Scientific; use electronic multichannel-compatible tips |
| Dry Ice | User-specific vendor | ||
| Materials for Individual Mutant Storage | |||
| Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL | Fisher Scientific | 05-408-130 | via Fisher Scientific |
| Pipettes (P1000, P200, P20, P2) | Gilson | F167370 | via Gilson |
| Materials for Quality Control PCR | |||
| Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL | Fisher Scientific | 05-408-130 | via Fisher Scientific |
| NanoDrop | Thermo Scientific | ND-2000 | via ThermoFisher |
| PCR Thermocycler | |||
| Omnistrips PCR Tubes with domed lids | Thermo Scientific | AB0404 | via Fisher Scientific |
| ART Barrier low-retention pipette tips (10 uL, 100 uL, 1000 uL) | Molecular BioProducts, Inc. | Z676543 (10 uL), Z676713 (100 uL), Z676802 (1000 uL) | via Sigma-Aldrich |
| Pipettes (P1000, P200, P20, P2) | Gilson | F167370 | via Gilson |
| Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL | Fisher Scientific | 05-408-130 | via Fisher Scientific |
| MasterPure DNA Purification Kit | Epicentre | MCD85201 | via Epicentre Technologies Corp |
| GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder, ready-to-use | Thermo Scientific | SM1333 | via ThermoFisher |
| RediLoad Loading Buffer | Invitrogen | 750026 | via ThermoFisher |
| Chemicals | |||
| Chemicals for Library and Individual Mutant Storage | |||
| Glycerol MB Grade, 1L | Sigma Aldrich | G5516 | via Sigma-Aldrich |
| LB Broth | Per 1L dH2O: 10g tryptone, 5g yeast extract, 5g NaCl, 1ml 1N NaOH (Current Protocols in Molecular Biology. Wiley, 1994.) | ||
| Tryptone | Sigma Aldrich | T7293 | via Sigma-Aldrich |
| Yeast Extract | Sigma Aldrich | Y1625 | via Sigma-Aldrich |
| Sodium Chloride | Sigma Aldrich | S7653 | via Sigma-Aldrich |
| Sodium Hydroxide | Sigma Aldrich | S8045 | via Sigma-Aldrich |
| LB agar | See preparation above, add 15g Bacto Agar | ||
| Bacto Agar | Sigma Aldrich | A5306 | via Sigma-Aldrich |
| Gentamicin sulfate, 10g | BioReagent | 1405-41-0 | via Sigma-Aldrich |
| Kanamycin sulfate | Gibco | 11815024 | via ThermoFisher |
| Ethanol, 190 proof | Decon | 04-355-221 | via Fisher Scientific |
| Chemicals for Quality Control PCR | |||
| Primers | User-preferred vendor | See primers listed in Table 3 | |
| Corning cellgro Molecular Biology Grade Water | Corning | 46000CV | via Fisher Scientific |
| Taq Polymerase Buffer | Invitrogen | 10342020 | via ThermoFisher |
| Taq DNA Polymerase, recombinant | Invitrogen | 10342020 | via ThermoFisher |
| dNTPs | Invitrogen | 10297018 | via ThermoFisher |
| Agarose | Sigma | A9539 | via Sigma-Aldrich |
Referências
- Moradali, M. F., Ghods, S., Rehm, B. H. Pseudomonas aeruginosa lifestyle: A paradigm for adaptation, survival, and persistence. Front Cell Infect Microbiol. 7, 39 (2017).
- Bleves, S., et al. Protein secretion systems in Pseudomonas aeruginosa: A wealth of pathogenic weapons. Int J Med Microbiol. 300 (8), 534-543 (2010).
- Breidenstein, E. B., de la Fuente-Nunez, C., Hancock, R. E. Pseudomonas aeruginosa: all roads lead to resistance. Trends Microbiol. 19 (8), 419-426 (2011).
- Flynn, K. M., et al. Evolution of ecological diversity in biofilms of Pseudomonas aeruginosa by altered cyclic diguanylate signaling. J Bacteriol. 198 (19), 2608-2618 (2016).
- Hazan, R., Maura, D., Que, Y. A., Rahme, L. G. Assessing Pseudomonas aeruginosa persister/antibiotic tolerant cells. Methods Mol Biol. 1149, 699-707 (2014).
- Klockgether, J., et al. Genome diversity of Pseudomonas aeruginosa PAO1 laboratory strains. J Bacteriol. 192 (4), 1113-1121 (2010).
- Mathee, K., et al. Dynamics of Pseudomonas aeruginosa genome evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (8), 3100-3105 (2008).
- Taylor, P. K., Yeung, A. T., Hancock, R. E. Antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa biofilms: towards the development of novel anti-biofilm therapies. J Biotechnol. 191, 121-130 (2014).
- Flume, P. A., Van Devanter, D. R. State of progress in treating cystic fibrosis respiratory disease. BMC Med. 10, 88 (2012).
- . Cystic Fibrosis Foundation Patient Registry 2015 Annual Data Report Available from: https://www.cff.org/Our-Research/CF-Patient-Registry/2015-Patient-Registry-Annual-Data-Report.pdf (2016)
- Church, D., Elsayed, S., Reid, O., Winston, B., Lindsay, R. Burn wound infections. Clin Microbiol Rev. 19 (2), 403-434 (2006).
- Sadikot, R. T., Blackwell, T. S., Christman, J., Prince, A. Pathogen-host interactions in Pseudomonas aeruginosa pneumonia. Am J Respir Crit Care Med. 171 (11), 1209-1223 (2005).
- Song, Z., et al. Prosthesis infections after orthopedic joint replacement: the possible role of bacterial biofilms. Orthop Rev (Pavia). 5 (2), 65-71 (2013).
- National Nosocomial Infections Surveillance, S. National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) System Report, data summary from January 1992 through June 2004, issued October 2004. Am J Infect Control. 32 (8), 470-485 (2004).
- Cohen, T. S., Parker, D., Prince, A. . Pseudomonas aeruginosa Host Immune Evasion. 7, 3-23 (2014).
- Fernandes, A., Dias, M. The microbiological profiles of infected prosthetic implants with an emphasis on the organisms which form biofilms. J Clin Diagn Res. 7 (2), 219-223 (2013).
- Khosravi, A. D., Ahmadi, F., Salmanzadeh, S., Dashtbozorg, A., Montazeri, E. A. Study of Bacteria Isolated from Orthopedic Implant Infections and their Antimicrobial Susceptibility Pattern. Res J of Microbiol. 4 (4), 6 (2009).
- Roemhild, R., Barbosa, C., Beardmore, R. E., Jansen, G., Schulenburg, H. Temporal variation in antibiotic environments slows down resistance evolution in pathogenic Pseudomonas aeruginosa. Evol Appl. 8 (10), 945-955 (2015).
- Fischer, S., et al. Intraclonal genome diversity of the major Pseudomonas aeruginosa clones C and PA14. Environ Microbiol Rep. 8 (2), 227-234 (2016).
- Wiehlmann, L., et al. Population structure of Pseudomonas aeruginosa. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (19), 8101-8106 (2007).
- Lam, J. S., Taylor, V. L., Islam, S. T., Hao, Y., Kocincova, D. Genetic and functional diversity of Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide. Front Microbiol. 2, 118 (2011).
- Choi, J. Y., et al. Identification of virulence genes in a pathogenic strain of Pseudomonas aeruginosa by representational difference analysis. J Bacteriol. 184 (4), 952-961 (2002).
- He, J., et al. The broad host range pathogen Pseudomonas aeruginosa strain PA14 carries two pathogenicity islands harboring plant and animal virulence genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (8), 2530-2535 (2004).
- Mikkelsen, H., McMullan, R., Filloux, A. The Pseudomonas aeruginosa reference strain PA14 displays increased virulence due to a mutation in ladS. PLoS One. 6 (12), e29113 (2011).
- Drenkard, E., Ausubel, F. M. Pseudomonas biofilm formation and antibiotic resistance are linked to phenotypic variation. Nature. 416 (6882), 740-743 (2002).
- Rahme, L. G., et al. Common virulence factors for bacterial pathogenicity in plants and animals. Science. 268 (5219), 1899-1902 (1995).
- Rahme, L. G., et al. Use of model plant hosts to identify Pseudomonas aeruginosa virulence factors. Proc Natl Acad Sci U S A. 94 (24), 13245-13250 (1997).
- Kirienko, N. V., Cezairliyan, B. O., Ausubel, F. M., Powell, J. R. Pseudomonas aeruginosa PA14 pathogenesis in Caenorhabditis elegans. Methods Mol Biol. 1149, 653-669 (2014).
- Mahajan-Miklos, S., Tan, M. W., Rahme, L. G., Ausubel, F. M. Molecular mechanisms of bacterial virulence elucidated using a Pseudomonas aeruginosa-Caenorhabditis elegans pathogenesis model. Cell. 96 (1), 47-56 (1999).
- Limmer, S., et al. Pseudomonas aeruginosa RhlR is required to neutralize the cellular immune response in a Drosophila melanogaster oral infection model. Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (42), 17378-17383 (2011).
- Miyata, S., Casey, M., Frank, D. W., Ausubel, F. M., Drenkard, E. Use of the Galleria mellonella caterpillar as a model host to study the role of the type III secretion system in Pseudomonas aeruginosa pathogenesis. Infect Immun. 71 (5), 2404-2413 (2003).
- Coleman, F. T., et al. Hypersusceptibility of cystic fibrosis mice to chronic Pseudomonas aeruginosa oropharyngeal colonization and lung infection. Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (4), 1949-1954 (2003).
- Pazos, M. A., et al. Pseudomonas aeruginosa ExoU augments neutrophil transepithelial migration. PLoS Pathog. 13 (8), e1006548 (2017).
- Maura, D., Hazan, R., Kitao, T., Ballok, A. E., Rahme, L. G. Evidence for direct control of virulence and defense gene circuits by the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing regulator, MvfR. Sci Rep. 6, 34083 (2016).
- Jacobs, M. A., et al. Comprehensive transposon mutant library of Pseudomonas aeruginosa. Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (24), 14339-14344 (2003).
- Held, K., Ramage, E., Jacobs, M., Gallagher, L., Manoil, C. Sequence-verified two-allele transposon mutant library for Pseudomonas aeruginosa PAO1. J Bacteriol. 194 (23), 6387-6389 (2012).
- Liberati, N. T., et al. An ordered, nonredundant library of Pseudomonas aeruginosa strain PA14 transposon insertion mutants. Proc Natl Acad Sci U S A. 103 (8), 2833-2838 (2006).
- Feinbaum, R. L., et al. Genome-wide identification of Pseudomonas aeruginosa virulence-related genes using a Caenorhabditis elegans infection model. PLoS Pathog. 8 (7), e1002813 (2012).
- Stewart, L., et al. Draft genomes of 12 host-adapted and environmental isolates of Pseudomonas aeruginosa and their positions in the core genome phylogeny. Pathog Dis. 71 (1), 20-25 (2014).
- Thrane, S. W., et al. The widespread multidrug-resistant serotype O12 Pseudomonas aeruginosa clone emerged through concomitant horizontal transfer of serotype antigen and antibiotic resistance gene clusters. MBio. 6 (5), e01396-e01315 (2015).
- van Belkum, A., et al. Phylogenetic Distribution of CRISPR-Cas Systems in Antibiotic-Resistant Pseudomonas aeruginosa. MBio. 6 (6), e01796-e01715 (2015).
- Lewenza, S., et al. Construction of a mini-Tn5-luxCDABE mutant library in Pseudomonas aeruginosa PAO1: a tool for identifying differentially regulated genes. Genome Res. 15 (4), 583-589 (2005).
- . . Current Protocols in Molecular Biology. , (1994).
- Breidenstein, E. B., Khaira, B. K., Wiegand, I., Overhage, J., Hancock, R. E. Complex ciprofloxacin resistome revealed by screening a Pseudomonas aeruginosa mutant library for altered susceptibility. Antimicrob Agents Chemother. 52 (12), 4486-4491 (2008).
- Musken, M., Di Fiore, S., Dotsch, A., Fischer, R., Haussler, S. Genetic determinants of Pseudomonas aeruginosa biofilm establishment. Microbiology. 156 (Pt 2), 431-441 (2010).
- Schurek, K. N., et al. Novel genetic determinants of low-level aminoglycoside resistance in Pseudomonas aeruginosa. Antimicrob Agents Chemother. 52 (12), 4213-4219 (2008).
- Oumeraci, T., et al. Comprehensive MALDI-TOF biotyping of the non-redundant Harvard Pseudomonas aeruginosa PA14 transposon insertion mutant library. PLoS One. 10 (2), e0117144 (2015).
- Yeung, A. T., et al. Swarming of Pseudomonas aeruginosa is controlled by a broad spectrum of transcriptional regulators, including MetR. J Bacteriol. 191 (18), 5592-5602 (2009).
