قدم هو المعلوماتية سير العمل المرن تمكين المضاعفة التحليل القائم على الصورة من خلايا fluorescently المسمى. سير العمل الكمي علامات النووية وحشوية ويحسب علامة النبات بين هذه الأجزاء. يتم توفير إجراءات اضطراب الخلايا باستخدام سيرنا ومنهجية موثوقة لكشف علامة المناعي غير المباشر في أشكال 96-جيدا.
التقدم في فهم آليات الرقابة التي تحكم سلوك الخلايا في ملتصقة نماذج زراعة الأنسجة الثديية أصبحت تعتمد بشكل متزايد على وسائل التحليل وحيدة الخلية. طرق التي توفر بيانات المركبة يعكس متوسط قيم المؤشرات الحيوية من السكان الخلية خطر فقدان ديناميات حيوانية التي تعكس عدم التجانس في النظام البيولوجي دراستها. وتمشيا مع هذا، يجري استبدال الأساليب التقليدية التي كتبها، أو دعمها مع، أشكال أكثر تطورا من الفحص الخلوي المتقدمة للسماح للتقييم بواسطة المجهر عالية المحتوى. هذه المقايسات يحتمل توليد أعداد كبيرة من الصور من المؤشرات الحيوية الفلورسنت، والتي مكنت من المرافق حزم البرمجيات الاحتكارية، ويسمح لقياسات متعددة حدودي لكل خلية. ومع ذلك، فقد منعت التكاليف الرأسمالية العالية نسبيا وزيادة التخصص في العديد من هذه الأجهزة إتاحتها للكثير من المحققين.
الموصوفة هنا هوسير العمل المعمول به عالميا لتقدير حجم متعددة شدة علامة فلوري من المناطق التحت خلوية معينة من الخلايا الفردية مناسبة للاستخدام مع الصور من معظم المجاهر الفلورية. المفتاح لهذا العمل هو تنفيذ متاحة بحرية البرمجيات التعريف خلية 1 إلى التمييز بين الخلايا الفردية في هذه الصور، وجزء منهم في المناطق التحت خلوية محددة وتقديم كثافة مضان علامة قيم محددة لهذه المناطق. استخراج قيم الكثافة خلية فردية من بيانات الصورة هو الهدف الرئيسي لهذا العمل وسوف يتضح مع تحليل البيانات التحكم من شاشة سيرنا لG1 المنظمين تفتيش في الخلايا البشرية ملتصقة. ومع ذلك، فإن العمل المقدمة هنا يمكن تطبيقها على تحليل بيانات من وسائل أخرى للاضطراب خلية (على سبيل المثال، وشاشات المركبة) وغيرها من أشكال مضان مقرها علامات الخلوية، وبالتالي يجب أن تكون مفيدة لمجموعة واسعة من المختبرات.
العمل المقدم هنا يصف استخدام متاحة بحرية التعريف البرمجيات خلية لأداء انهيار الموجهة الخوارزمية من الصور المجهري الفلورسنت من الخلايا الملتصقة لتحديد الخلايا الفردية والمناطق التحت خلوية محددة. هذا النهج، ويشار إلى تقطيع الصورة، يسمح لاحق التحليل متعدد حدودي من الخلايا المصورة عن طريق قياس علامات fluorescently المسمى المترجمة إلى كل خلية أو المنطقة التحت خلوية (يشار إلى كائنات مجزأة ع). ويشكل هذا العمل أساسا لتمكين تحليل عالية المحتوى، ويقصد لتكون بمثابة الأداة التي يمكن تطويرها وتعديلها لتناسب متعددة حدودي، ويحلل الخلايا الفردية في المختبرات دون الوصول إلى أدوات عالية المحتوى المتخصصة أو البرمجيات الاحتكارية. وتشمل الملفات المرفقة مع هذه المخطوطة مجموعة اختبار بيانات الصورة الخام ذات الصلة، وإعدادات خوارزمية والكتابات الداعمة لتوليد تحليل وصفها. وقدمت إعدادات خوارزمية وأو هي الأمثل التعريف خلية للبيانات المثال الذي والتفاصيل القسم مناقشة ما قد يكون التعديلات اللازمة لتمكين استخدام بيانات الصورة من الدراسات الأخرى.
مرة واحدة وقد تم استخراج البيانات الكمية باستخدام التعريف خلية، قد يكون مختبرات مختلفة متطلبات مختلفة عن كيفية استخدام المعلومات المقدمة من القيم خلية فردية في البيانات الخام. المبين هنا هو نهج واحد التي يتم من خلالها تطبيق البوابات إلى البيانات الخام لكل الفحص. باستخدام هذه البوابات، يتم تحويل البيانات إلى حيث ثنائية الاستجابة، مما يسمح التصور من الاتجاهات التي تربط بين العلاجات المختلفة مع مجموعات سكانية فرعية من الخلايا التي تمر استجابة محددة من الابواب. يتم تعيين بوابات بناء على ملاحظات توزيعات البيانات التي تم الحصول عليها لضوابط السلبية والإيجابية المناسبة لكل قياس ذات الصلة. استخدام البوابات هو مجرد مثال واحد من كيفية إدارة، والقياسات المعتمدة على الخلايا الخام. كما هو موضح هنا هو استخدام كثافة DNA النووية ليasurements في شكل الخام على أنها مجموعة من القيم المستمر في تركيبة مع البيانات بوابات. وينبغي النظر في المناهج الأخرى لإدارة البيانات تحليل الصور، وهذا يتوقف على طبيعة الدراسة؛ تم الإبلاغ عن بدائل إحصائية لاستخدام بوابات لتعيين الخلايا لمجموعات سكانية فرعية 2 ومنهجية المقارنات استراتيجيات لتلخيص البيانات عالية المحتوى عبر تم الإبلاغ عن أعداد كبيرة من المعلمات 3.
وقد وجدت تحليلات عالية المحتوى من بيانات الصورة استخدامها في الدراسات الخلوية من الاستجابة المخدرات، عكس الوراثة والإجهاد البيئي يشير 4-6. ميزة تحليل عالية المحتوى تنبع من حقيقة أن تحليل حسابي من البيانات مضان المجهر يسمح المعلمات الكمية والمكانية التي سينظر فيها في وقت واحد عبر الخلايا الفردية (7). وبهذه الطريقة، يمكن للنتائج الخلوية لفحوصات متعددة يكون، والسلوك التفاضلي عبر المشار إليها من فحص-ديمكن تتبع القطعان خلية efined ضمن الظروف التجريبية وفحوصات يمكن أن تشمل النظر في المتغيرات المورفولوجية. الاستراتيجيات وتحليل سير العمل تناقش هنا، كما لنهج عالية المحتوى الأخرى، هي قادرة على تقديم البيانات المضاعفة التي يتم الرجوع إليها العابرة إلى الخلايا الفردية. دراسات عالية المحتوى أساليب الدعوى التي تولد الصور المجهر الفلورسنت وتنطبق على تحليل البيانات التي تتراوح بين عشرات الصور التي تنتج في انخفاض الإنتاجية التقليدية المجهري القائم على مضان من خلال لآلاف من الصور المنتجة باستخدام منصات فحص عالية المحتوى الآلي.
ويتضح سير العمل هنا مع البيانات المثال من الذي تقاس فحوصات منفصلة سواء من حيث شدة النووية علامة فلوري أو النبات حشوية / النووي من البروتين مراسل الفلورسنت، على التوالي. سير العمل يتسم بالمرونة في ذلك يمكن اعتبار هذه المقايسات على حدة أو مجتمعة تبعا EACح نظرا سؤال البحث من قبل المحققين مختلف. ويتم إنتاج البيانات المثال كجزء من التدخل RNA (رني) تجربة (الشكل 1). وتستخدم التدخل أليغنوكليوتيد] RNA الصغيرة (سيرنا) لضربة قاضية بروتينات معينة في HCT116 القولون البشري خلايا سرطان التي تؤدي إلى تغييرات لاثنين من الصحفيين الفلورسنت من التي تعتمد على السيكلين كيناز (للمعلمين) النشاط. ويتم تقييم الفسفرة التي تعتمد على CDK6 من البروتين الشبكية النووي في سيرين 780 (P-S780 RB1) من خلال تلوين الأجسام المضادة. في نفس الخلايا، ويتم تقييم الفلورسنت مراسل البروتين الموسومة الأخضر من النشاط CDK2 (مراسل GFP CDK2) من خلال برنامجها النووي إلى نسبة حشوية حيث في غياب النشاط CDK2 مراسل يقيم في النواة، وبناء على المكوكات تفعيل CDK2 إلى السيتوبلازم 8. بالإضافة إلى ذلك، ملطخة DNA النووي من كل خلية باستخدام صبغ الإقحام DNA، Bisbenzimide، والتي هي بمثابة وسيلة لتحديد الخلايا وتحديد الحدود النوى في الصور بالإضافة لمقياس سا من وفرة DNA توفير المعلومات عن موقف دورة الخلية للخلية (الشكل 2).
أنشطة CDK6 وCDK2 يتم كشفها كخلايا العبور من G1 إلى S مرحلة من مراحل دورة الخلية 5 وينجح بعضها 9،10 الآخرين، وعلى هذا النحو، ومن المتوقع التوافق الوثيق بين صحفيين اثنين في الخلايا الفردية. مجموعة البيانات مظاهرة المستخدمة هنا يحلل كمثال تأثير سيرنا يستهدف CDK6 والبروتين الشبكية (RB1) والسيطرة السلبية عدم استهداف (الجدول 1). ضربة قاضية من CDK6 يجب أن يثير على حد سواء انخفاضا من RB1 حاتمة P-S780 وتراكم الخلايا في المرحلة G1 من دورة الخلية. تخدم ضربة قاضية RB1 كعنصر تحكم كاشف لخصوصية الأجسام المضادة الفوسفات-S780. صور المجهر مضان من الفورمالين ثابتة 11، وتستخدم الخلايا زراعة الأنسجة HCT116 الملون fluorescently لتحليل الصور حسابي. ثم يتم استخدام البيانات الرقمية مما أدى إلىترافقي للصحفيين وقياس تأثير الدول ضربة قاضية مختلفة.
الحجم المحتمل للبيانات التي ينتجها هذا النوع من التحليل يمكن أن يمثل تحديا لأدوات التحليل العادية. على سبيل المثال، يمكن للبيانات خلية فردية يكون أكبر من بعض البرامج جدول سوف تستوعب. وشملت هي مخطوطات برل التي تؤدي بسيطة، ودرجة عالية من التكرار، وتجهيز أشرف من البيانات لمساعدة تحليل مجموعات البيانات الكبيرة. تتم كتابة البرامج النصية بيرل خصيصا لملفات الإخراج التي تنتجها التعريف الخلية، عند معالجة ملفات الصور مع ملف تسمية اتفاقية محددة (الشكل 3)، والسماح لأعداد متفاوتة من الحقول لكل بئر لاستخدامها في التحليل. ومن المهم في كثير من الأحيان إلى فحص البيانات خلية فردية بوابة لتتبع الاتجاهات فى فئة خلية 5 والمبين هنا هو استخدام برنامج نصي بيرل لعلم كل خلية على أساس البوابة مجموعة محددة سلفا لكل نوع الفحص. كما شملت البرامج النصية بيرل اختياريالتي تلخص نتائج البيانات للآبار الفردية (أو الشروط)، وتقديم: النسبة المئوية للخلايا داخل البوابة مجموعة والقيم المتوسطة من عشرات فحص الخام. وهذا الأخير الطريقة، أكثر تجانسا من عرض البيانات، غير صالح حيث تؤثر على استجابات كل أو غالبية الخلايا داخل البئر. وكما ذكر أعلاه، فإن هذا التقييم هو أقل فائدة من تلك الممنوحة من قبل الأفراد النابضة بيانات الخلية حيث ينحصر ردا على مجموعة فرعية من الخلايا داخل السكان.
الأداة المساعدة من العمل صفه لا يقتصر على اضطراب من قبل سيرنا أو المقايسات علامة وصفها. وقد استخدمت دراسات هذا النهج لفحص الاستجابات في تجارب زراعة الأنسجة باستخدام مزيج من سيرنا، مثبطات الكيميائية والعلاج الإشعاعي وللتقييم من علامات أخرى من CDK6 والنشاط CDK2 5.
من الناحية النظرية، فإن استراتيجية تجريبية تسمح مجموعة متنوعة من المناطق التحت خلوية مفيدة من الناحية البيولوجية أن تكون مسجلة تلقائيافي الخلايا الفردية الموجودة في الصور المجهر الفلورسنت. على هذا النحو، يمكن لهذا النهج تسفر الكمية والبيانات المضاعفة الكشف عن المعلومات البيولوجية التي قد تضيع من خلال التقنيات التي تركز على السكان بدلا من الخلايا الفردية. مع تعديلات طفيفة، وسير العمل النهج وتحليل ووصف يمكن أن تسفر عن كمية بيانات الخلية، الفردية لأي مخرجات فحص القائم على مضان واستجابات الخلايا البيولوجية، حيث التقييم الكمي للمحتوى الحمض النووي، الكمي لمضان النووي أو حشوية أو مكوكية من علامات بين هذه اثنين من مقصورات إما بشكل فردي أو بطريقة المضاعفة هي التي تهم. كما تميل متطلبات النشر بشكل متزايد نحو تقديم البيانات الخام يمكن الوصول إليها بشكل علني، والوصول إلى والألفة مع أدوات مجانية لتحليل الصور المجهري مثل تلك الموصوفة هنا سيكون أيضا من مصلحة مباشرة إلى مختبرات تبحث لreanalyze البيانات المنشورة.
سير العمل صفه يشكل اجراءات لperturbance multiwell من الخلايا باستخدام سيرنا، كشف علامة لاحق واستخدامها في نهاية المطاف من سلسلة من الخطوات التي تدعمها البرمجيات لتسهيل استخراج البيانات الكمية من الناتج الصور فلوري المجهر. ويركز المنهج على تقديم قيم الكثافة النووية وحشوية عن الخلايا الفردية، التي لديها التطبيق العملي واسع في العديد من التطبيقات المستندة إلى الخلية. تم إنشاء البيانات المثال المستخدمة هنا في الإعداد الشاشة سيرنا التي يتم اختبارها تحليلين الفلورية للمرحلة G1 دورة الخلية العبور والمترابطة إلى مقياس فيزيائي حيوي أكثر مباشرة من المحتويات DNA النووي.
استخدام وصمة عار DNA الفلورسنت لصورة DNA النووي هو خطوة لا غنى عنها في عملية تقطيع الصورة لأنها تتيح تحديد الخلايا الفردية وما نتج عن ذلك "قناع نوى" بمثابة نقطة انطلاق لتحديد المقابلة cytoplasmiمناطق ج. مراسل CDK2 الموسومة GFP، وهو ما يعبر عنه مستقر في الخلايا، ويعطي متغير بعد أعلى باستمرار من إشارة الخلفية في السيتوبلازم التي يمكن أن توضح هذه المقصورة. يجب أن يكون خط أنابيب التحليل نفسه ينطبق على تحليل الأحداث البروتين إزفاء باستخدام آخرين للصحفيين المرتبطة مضان مناسبة واستجابتها لperturbance. أيضا، فإن استبدال مراسل GFP CDK2 مع السيتوبلازم محددة الأصباغ الفلورية تسمح باستخدام بديل من هذه الخوارزمية لقياس أبعاد السيتوبلازم والأحجام النسبية للخلايا في الصور.
آخر الاعتبار تصميم في استراتيجية تجزئة الصورة الموضحة هنا هو استخدام التعريف خلية لتقديم قيم الكثافة متكاملة لتقدير DNA. التكامل من شدة قيم DNA النووي البيانات تلطيخ تسمح التغيرات المحتملة في حجم النواة، ويمثل مباراة وثيقة لمحات الكمي ينظرليوديد propidium الملون FACS البيانات. ومع ذلك، وكثافة متكاملة قد لا توفر وسيلة مناسبة لتقييم وظيفة البروتين حيث متوسط تركيز، ومن أمثلته كثافة متوسط للمستضد مضان، هو أكثر أهمية من الناحية البيولوجية المبلغ الإجمالي متكاملة من البروتين (ومضان المرتبطة بها) داخل حجرة الخلية. لذلك يعني استخدمت قيم الكثافة لP-S780 RB1 والبيانات GFP. الخيار لتغيير بين وضعي (يعني أو متكاملة) تقييم البيانات يتم العثور على لوحة "ExportToSpreadsheet" من البرنامج التعريف الخلية.
يتم تحسين إعدادات تحليل في ملف 3_channels_pipeline.cppipe للصور في مجموعة البيانات المثال. وتحليل الصور مجموعات جديدة مع هذا البروتوكول يتطلب أن أسماء الملفات تعتمد صفت اصطلاح التسمية فوق (الشكل 3). أيضا، تقدر حساسية لتتناسب مع سطوع تلطيخ DNA النووي وعتبات الخلفيةقد تحتاج شدة في مجموعات الصور الجديدة التي سيتم تعديلها ضمن إعدادات التعريف الخلية. نظرا للدور الرئيسي يحمل تلطيخ DNA لبناء مختلف الأقنعة تقطيع الصورة، وتطبيق الإعدادات حساسية الصحيحة لهذه القناة هو المفتاح لتحليل البيانات الناجح لصورة جديدة مع برنامج التعريف الخلية. ملف الإعدادات المقدمة التعريف خلية (3_channels_pipeline.cppipe) يحتوي الملاحظات على المعلمات الأكثر فائدة في كثير من الأحيان للتكيف مع تحليل لبيانات جديدة. هذه الملاحظات هي في مربع النص في أعلى الشاشة في خلية التعريف النافذة الرئيسية وتشمل توجيهات بشأن تغيير إعدادات حساسية وضبط عدد من القنوات ليتم تحليلها. كما اتهم في بروتوكول القسم 2.8، لاختبار إعدادات البيانات صورة جديدة قد يكون من الضروري لمراقبة تجزئة الصورة خلال تحليل الصور عن طريق النقر مفتوحة الرموز 'العين' لكل من 'تحديد … كائنات "خطوات بروتوكول (الشكل S1D </strong>). على وجه الخصوص، والتصور من بيانات الصورة من خلال "IdentifyPrimaryOjects" تظهر إذا تم تحديد قناع النواة بشكل صحيح من الصور من تلطيخ DNA. على الصفحة برنامج التعريف الخليوي لوحدة في "IdentifyPrimaryOjects 'هو معامل التصحيح العتبة. سوف التجربة والخطأ تعديل هذه القيمة إصلاح معظم الأخطاء الاعتراف النووية. قيم توازن القناة DNA ضد كثافة الخلفية لكل صورة. قيم معامل التصحيح عتبة تتوقف حوالي 1، حيث يزيد هذا هو أكثر صرامة (جيد للصور واضحة) وأقل من 1 وتساهلا (مناسبة إلى صور مع تباين أقل بين تلطيخ والخلفية).
الناتج الخام من بيانات الخلية الفردية من التعريف خلية يمكن تحليلها بطرق لتتناسب مع احتياجات دراسات أخرى متفاوتة. المبين هنا هو استخدام برنامج نصي بيرل لتطبيق البوابات لاثنين من المعلمات قياس لكل خلية من أجل مساعدة استخراج الاتجاهات البيولوجية من أحد البياناتتصريح د المراجع المتصالبة من القطعان التي تم تحديدها مع قياسات إضافية. على الرغم من أنه من الممكن بالتساوي لتشمل عناصر النابضة في إطار التعريف خلية، والطريق البديل المستخدم هنا يوفر قدرا أكبر من المرونة والسرعة، وتحديدا إذا تحتاج مجموعات كبيرة من البيانات ليتم تقييمها. أبطأ مرحلة في مراحل ما بعد الاستحواذ صورة البروتوكول الحالي هي قيد التشغيل للبرنامج التعريف الخلية. التعريف خلية هنا يتم تشغيل دون فرض البوابات لإنتاج الخام مجموعة البيانات بوابات الامم المتحدة والتي يمكن أعادوا تحليل مع بيرل النصي لاحق بسرعة أكبر، وإذا لزم الأمر، تكرارا مع القيم بوابة مختلفة. ليست كل الدراسات سوف نعرف مقدما القيم بوابة مناسبة لأن هذا قد تختلف مع الكواشف على أي مجموعة معينة من البيانات، وربما مع مرور الوقت. ولذا، ينصح لتوليد رسوم بيانية تصور توزيع البيانات الخام التي تم الحصول عليها من التعريف الخليوي لالضوابط الإيجابية وخلايا وهمية-إرتباك من أجل تحديد مناسبة بوابة VALUوفاق للمعلمات في المصالح.
يتم كتابة البرامج النصية Perl لقبول هيكل عمود تعريف صارم من البيانات من التعريف خلية وقد تتوقف عن العمل إذا كان المستخدم بتعديل عدد من إخراج المعلمات من قبل خلية التعريف باستخدام إعدادات "ExportToSpreadsheet". للمساعدة في تنفيذ تعديل الإعدادات يتم تضمين الملاحظات داخل ملفات البرامج النصية بيرل. لرؤية هذه عرض النصي في محرر النص، ويفضل تعيين محرر نصوص مبرمج لرمز اللون عناصر بيرل (على سبيل المثال، http://www.activestate.com/komodo-edit). هذه الملاحظات تشير إلى حيث لضبط النصي على التكيف مع التغيرات في تنسيق البيانات. وعلى غرار البرامج النصية بيرل، ملف R-كود المقدمة (analysis.r)، التي تحتوي على تعليمات بتهمة التآمر الأرقام من بيانات تحليل الصور، ويمكن أن تقرأ في محرر نص أو برنامج RStudio لمعرفة الملاحظات الإضافية عن استخدام والتكيف. ويمكن استكمال هذه الملاحظات مع التفاصيل حول التعابير العادية وبيرل <سوب> 12 وحزمة ggplot2 13 لR، وكلاهما تشكل الأساس لكيفية قراءة البيانات، المشروح وتآمر على التوالي.
دراسات جديدة باستخدام المجهر مضان فضلا عن البيانات الأولية المودعة لدى منشورات مفتوحة المصدر قابلة للطرق التحليل مثل تلك التي وصفها هنا. طبيعة البيانات العالية المحتوى يفسح المجال لتحليل العودية مع التركيز تحليلية مختلفة تبعا لاهتماماته البحثية من أي مراقب معين. على الرغم من أن الأسئلة التي يمكن أن يطلب من بيانات محدودة بسبب تحقيقات المستخدمة في الأصل، بيانات الصورة كثيرا ما يمكن أعادوا تحليل هادف خارج نطاق الدراسات التي ولدت فيها.
The authors have nothing to disclose.
وأيد هذا العمل من المنح المقدمة CRUK 15043 وCRUK 14251.
نشكر دانيال Wetterskog وكا كى هو للمساعدة التقنية وقراءة نقدية للمخطوطة.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
AllStars negative control siRNA | Qiagen | 1027280 | Negative control siRNA. |
CDK6 siRNA | Dharmacon/ Custom synthesis | NA | Antisense sequence: 5' CUCUAGGCCAGUCUUCUUCUU |
RB1 siRNA | Dharmacon/ Custom synthesis | NA | Antisense sequence: 5' GGUUCAACUACGCGUGUAATT |
5x siRNA buffer | Thermo Scientific | B-002000-UB-100 | To be diluted with nuclease-free, non-DEPC treated water. |
Nulcease-free water (non-DEPC) | Applied Biosystems | AM9937 | For dilution of siRNA buffer. |
Hiperfect | Qiagen | 301705 | Transfection lipid. |
DMEM | Life Technologies | 41966052 | Pyruvate and high-glucose supplemented tissue culture media. |
96 well tissue culture plate | Falcon | 3072 | Plain, 96-well tissue culture plate for the parallel, compartmentalized mixing of transfection complexes. |
Packard Viewplate | Perkin Elmer LAS | 6005182 | 96 well TC plate with optical base on which cells are transfected, grown, fixed and eventually imaged. Supplied with opaque, adhesive plate seals, which are used during storage of used plates. |
Breathable membrane | Alpha Labs | LW2783 | Sterile, gas-permeable, adhesive membrane. |
Neutral buffered formalin, 10% | Sigma-Aldrich | HT5012-1CS | 10% Formalin (4% formaldehyde) fixative used neat in protocol. |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100PC | Non-ionic detergent |
Tris | Sigma-Aldrich | T1503 | Trizma base (tris(hydroxymethyl)aminomethane) |
Tween 20 | Sigma-Aldrich | P2287 | For plate wash solution. |
Anti-P-S780 RB1 antibody | Abcam | ab32513 | Rabbit monoclonal |
AlexaFluor647 Anti-rabbit | Invitrogen | A21245 | Highly cross-adsorbed, fluorescently labelled secondary antibody. |
Hoechst 33342 (Bisbenzimide) | Sigma-Aldrich | B2261 | Fluorescent, chromatin-intercalating, DNA dye. |
Permeabilization solution | NA | NA | 0.1% Triton X-100 in 50 mM Tris-buffered saline, pH 8.0. |
Plate wash solution | NA | NA | Tris-buffered saline containing 0.1 % Tween-20. |
Block solution | NA | NA | 5% powdered milk in Tris-buffered saline and 0.1% Tween-20. For blocking plate prior to immuno-staining and dilution of antibodies. |
Cell Profiler 2.1 | Broad Institute | http://www.cellprofiler.org/download.shtml | |
Active Perl Community Edition | ActiveState | http://www.activestate.com/activeperl/downloads | |
R programming environment | The R Foundation | http://www.r-project.org | |
Rstudio | Rstudio | http://www.rstudio.com/ |