Вперед генетические подходы в<em> Хламидиоза</em

Облигатные внутриклеточные бактерии хламидиоза, по подсчетам, 2800000 половых путей в год в США (Центр по контролю за заболеваниями) с соответствующими последствиями, таких как воспалительные заболевания тазовых органов, внематочная беременность и бесплодие (1). Chlamydia SPP есть уникальная физиологию с двухфазной цикл развития, состоящий из двух формах: инфекционной болезнью, но нереплицирующейся элементарное тело (EB) и неинфекционной но репликативное сетчатые тела (РБ). Инфекция начинается с приложением ЭТ в эпителиальных клетках последующим endoctyotosis (2). В мембраной вакуоли называют включение ЭТ дифференцироваться в УБ формы, которая затем размножается делением. В середине цикла, RBS переходит обратно в EBS, которые выбрасываются в межклеточное пространство, чтобы инициировать новые раунды инфекции, когда клетки-хозяина лизирует (3).

Хламидийной являетсярефрактерных к обычной манипуляции со стандартными молекулярно-генетические инструменты, такие как замена целевого гена, транспозонов и трансдуцирующих фаги, которые занимали центральное место в большинстве исследований в генетике бактерий, неясно, в какой степени отдельные гены Chlamydia вклад в уклонении от врожденного иммунитета , питательные приобретение, развитие переходов или других процессов, важных для выживания патогена в эукариотических хоста (4). Следовательно, этот возбудитель остается слабо изучен, несмотря на клиническую значимость.

Генома Chlamydia SPP. относительно малы (~ 1 Mb) (5) с несколькими видами и биоваров секвенировали с использованием технологии следующего поколения секвенирования. Сравнительный анализ генома WGS предоставил уникальную информацию об эволюции хламидийной видов и их адаптации к человеку (6-8) и в некоторой степени оказывает определенную информацию в отношении потенциальной функции факторов вирулентности (9, 10). Tон генетическим разнообразием отображается клинических изолятов не обеспечивает требуемого разрешения систематически отобразить функцию большинство факторов вирулентности, предположительно из-за мутаций в таких генов было бы легко выбраны против. Не смешивая эффекты от естественного отбора, мутагенным индуцированные изменения гена, в сочетании с анализами, которые определены меры дефекты в вирулентности, может расширить спектр мутаций, которые могут обследоваться. Химические мутагены, в частности, являются полезными, поскольку они могут генерировать нулевой, условно, гипоморфных (снижение функции) и гиперморфный (усиление функции) аллелей. С приходом надежные следующего поколения секвенирования генома-технологии, такие мутации могут быть легко выявлены и нанесены на карту. Таким образом, сильные ассоциации может быть сделано между мутации в гене пути или генетических и общий фенотип, что позволяет применение вперед генетических методов.

Последовательности геномов клинических штаммов показало мозаицизмом Between сероваров и локусов часто рекомбинации (11). Эмпирические данные рекомбинации была продемонстрирована через ко-инфекцией двух различных устойчивых к антибиотикам штаммов и отбор устойчивых двойного рекомбинантного потомства, который был показан, чтобы генетические вклады от обоих штаммов (12, 13). Таким образом, генетический обмен между дикого типа и мутантных штаммов в ко-инфекции настройка позволяет сегрегации химически индуцированных мутаций, чтобы точно определить, что пострадавших гена приводит к наблюдаемым фенотип.

Здесь мы описываем методологию для выполнения генетического анализа в Chlamydia основе химического мутагенеза, WGS, и система обмена в ДНК зараженных клеток (14) (рис. 1).