במקרים רבים, אנזימים נזקקים למולקולות נוספות, הנקראות קופקטורים, כדי לתפקד. מולקולות עוזרות אלו ניתנות לסיווג כיונים מתכתיים או כמולקולות אורגניות לא-חלבוניות לדוגמה, במהלך השלב הראשון של גליקוליזה, ATP-קופקטור המגנזיום נקשר ל ומהדק את הקשר בין שתי קבוצות הפוספט. פעולה זו מאפשרת שחרור קל יותר של קבוצת הפוספט האחרונה על ידי האנזים הקסוקינאז, והפיכת גלוקוז לגלוקוז 6-פוספט.כלומר מגנזיום כקופקטור נקשר ומגביר את יעילותו ATP-ל. תת-הקבוצה הנוספת של קופקטורים, הקואנזימים, הם תרכובות אורגניות שבדרך כלל נגזרות מוויטמינים. C לדוגמה, ויטמין הוא קואנזים חשוב בסינתזה של חלבון הקולגן.כאשר קולגן נקשר לאנזים הידרוקסילאז שלו, מתחבר בתורו לאנזים C ויטמין ותורם קבוצת הידרוקסיל. כעת, לאחר הידרוליזה, הידרוקסילאז יכול לסייע בשינוי צורת הקולגן למבנה הסליל המשולש הסופי שלו, החיוני לשמירה על רקמות גוף חשובות.