في حالات كثيرة،تتطلب الإنزيمات جزئيات إضافية تسمى بالعوامل المرافق لكي تعمل. هذه الجزئيات المساعدة يتم تصنيفها إما أيونات معدنية أو جزئيات عضوية غير بروتينية. على سبيل المثال،في أول خطوة من تحلل السكر،العامل المرافق المغنسيوم يرتبط بـ”إيه تي بي”مما يحكم الرابطة بين مجموعتي فوسفات.تسمح هذه العملية لآخر مجموعة فوسفات لتتحرر بسهولة عن طريق إنزيم هكسوكيناز،وتحول الجلوكوز إلى سداسي فوسفات الجلوكوز. ولهذا فالمغنسيوم كعامل مرافق يرتبط ويزيد من كفاءة إيه تي بي”النوع الآخر يسمى بالإنزيمات المساعدة عبارة عن مركبات عضوية عادة مشتقات للفيتامينات. على سبيل المثال،فيتامين سي”إنزيم مساعد مهم في تركيب بروتين الكولاجين.عندما يرتبط الكولاجين مع إنزيم الهيدروكسيليز،فيتامين سي سيرتبط بالإنزيم ويعطي مجموعة هيدروكسيل. الآن يمكن للهيدروكسيليز المحلل بالماء المساعدة في تغيير شكل الكولاجين إلى شكله الحلزوني الثلاثي النهائي،وهو أساسي للحفاظ على أنسجة الجسم المهمة.