Как более сложные организмы, прокариоты используют двуцепочечную ДНК в качестве их генетического материала. Однако, эти одноклеточные организмы организовывают и хранят ДНК по-разному. Прокариотическая клетка не имеет истинного ядра, связанного мембраной.В этом случае, область цитоплазмы, нуклеоид, содержит весь геном в одной петле и двухцепочечной хромосоме. ДНК здесь плотно намотана, перекручена, для эффективного хранения. Помимо полного генома, меньшие двухцепочечные молекулы ДНК, плазмиды, существуют в цитоплазме.Они реплицируются независимо от клетки и могут содержать гены, которые дают клетке способность к выживанию, как, например, устойчивость к антибиотикам при воздействии антибиотика, например, ампициллина.