2차 구조가형성된 후에, 단백질은3차의 구형으로 바뀌는데이는 기능을 유도하는 독특하고 개별적인3D 모양이다더 구체적으로, 접는 패턴은 여러 화학 반응에의하여 결정된다우선, 빽빽함은아미노산 측면기의 지배를 받는데비극성 체인은 안으로 밀려나고수성 환경으로부터 멀어져서소수성 핵을 만들어낸다약한 반더발스 인력이밀집된 핵 유지에 도움 된다바깥에서는 전하를 띤 혹은 극성의곁 사슬을 가진 아미노산이 놓여있고물과 자유롭게 상호 작용한다반대 전하를 가진 곁 사슬은 이온 결합을 형성할 수 있고비슷하게 전하를 띤 측면은 서로를 배척한다극성 측면 체인은 수소 결합을 형성할 수 있는데물이나 다른 극성 분자와 결합한다마지막으로, 강화제 역할하는 이황화물 다리가 있다이 결합은 두 개의 인근 시스테인 단량체 사이에 일어나는데측면 체인에 설프히드릴기(SH기)를포함한다한 결합의 유황이 둘째와 공유 원자가로 결합한다이런 화학 상호 작용의 존재와 결합은단백질이 최고 선호형태를 확보하게 해준다