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CARIP 和芯片序列: 鉴定胚胎干细胞中染色质相关 rna 和蛋白质-DNA 相互作用的方法
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JoVE Journal 発生生物学
CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells
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CARIP 和芯片序列: 鉴定胚胎干细胞中染色质相关 rna 和蛋白质-DNA 相互作用的方法

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11:13 min

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May 25, 2018

DOI:

10.3791/57481-v

DOI:
10.3791/57481-v

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11:13 min
May 25, 2018

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1Department of Oncology,Wayne State University医学部, 2Karmanos Cancer Institute,Wayne State University医学部

概要

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在这里, 我们描述了执行芯片序列和 CARIP 的方法, 包括用于下一代测序的库准备, 以生成 ES 细胞中的全球 epigenomic 和染色质相关的 RNA 图谱。

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CARIP-SeqChIP-SeqChromatin-associated RNAsProtein-DNA InteractionsEmbryonic Stem CellsエピジェネティクスTranscription FactorsEpigenetic RegulatorsHistone ModificationsChromatin ImmunoprecipitationSonicationFormaldehyde Cross-linkingGlycinePhosphate Buffered SalineTrypsinizationMEF MediumFetal Bovine SerumSonication BufferSodium Dodecyl Sulfate

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Kidder, B. L. CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells. J. Vis. Exp. (135), e57481, doi:10.3791/57481 (2018).

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