Vi tilbyr en protokoll for isolering av mikroglia fra ulike dissekert regioner av en voksen mus hjerne halvkule, etterfulgt av semi-automatisert bibliotek forberedelse for dyp enkelt celle RNA sekvensering av full lengde transcriptomes. Denne metoden vil bidra til å belyse funksjonell heterogenitet av mikroglia i helse og sykdom.