Este protocolo descreve a geração robusta de macrófagos a partir de células-tronco pluripotentes induzidas pelo homem, e métodos para sua caracterização subseqüente. A expressão do marcador de superfície celular, a expressão genética e os ensaios funcionais são usados para avaliar o fenótipo e a função desses macrófagos derivados do iPSC.
Os macrófagos estão presentes na maioria dos tecidos vertebrados e compreendem populações de células amplamente dispersas e heterogêneas com diferentes funções. Eles são atores-chave na saúde e doenças, atuando como farócitos durante a defesa imunológica e mediando funções tróficas, de manutenção e reparo. Embora tenha sido possível estudar alguns dos processos moleculares envolvidos na função de macrófagos humanos, tem se mostrado difícil aplicar técnicas de engenharia genética a macrófagos humanos primários. Isso dificultou significativamente nossa capacidade de interrogar as complexas vias genéticas envolvidas na biologia dos macrófagos e de gerar modelos para estados específicos da doença. Uma fonte de macrófagos humanos que é favorável ao vasto arsenal de técnicas de manipulação genética forneceria, portanto, uma ferramenta valiosa neste campo. Apresentamos um protocolo otimizado que permite a geração de macrófagos a partir de células-tronco pluripotentes induzidas humanas (iPSCs) in vitro. Esses macrófagos derivados do iPSC (iPSC-DMs) expressam marcadores de superfície de macrofagos humanos, incluindo CD45, 25F9, CD163 e CD169, e nosso ensaio funcional de imagem em células vivas demonstra que eles exibem atividade fagocítica robusta. IPSC-DMs cultivados podem ser ativados para diferentes estados de macrófagos que exibem expressão genética alterada e atividade fagocítica pela adição de LPS e IFNg, IL4 ou IL10. Assim, este sistema fornece uma plataforma para gerar macrófagos humanos portando alterações genéticas que modelam doenças humanas específicas e uma fonte de células para rastreamento de medicamentos ou terapia celular para tratar essas doenças.
Células-tronco embrionárias (ESCs) e células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs) representam uma fonte celular auto-renovador que pode ser diferenciada para produzir células de todas as três linhagens de camada de germes. Tecnologias que permitem a manipulação genética de células-tronco pluripotentes humanas (PSCs), como Zinc Finger Nuclease, TALENS e CRISPR-Cas9, revolucionaram a pesquisa médica1,2,3,4. A manipulação genética dos PSCs humanos é uma estratégia particularmente atraente quando a célula primária de interesse é difícil de expandir e/ou manter invitro, ou é difícil de manipular geneticamente, como é o caso dos macrófagos5,,6,,77,8,9. Como os iPSCs humanos podem ser derivados de qualquer célula somática, eles contornam as limitações éticas associadas aos ESCs e fornecem uma estratégia para o uso de medicamentos personalizados. Isso inclui modelagem de doençaespecífica do paciente, teste de drogas e terapia celular autóloga com risco reduzido de rejeição e infecção imunológica6,8,10,11.
Os protocolos que descrevem a geração de macrófagos a partir de iPSCs consistem em um processo de três etapas que inclui: 1) Geração de corpos embrionários; 2) Emergência de células hematopoiéticas em suspensão; 3) Maturação de macrófagos terminais.
A formação de agregados tridimensionais, conhecidos como corpos embrionários (EBs), inicia a diferenciação dos iPSCs. Proteína morfogenética óssea (BMP4), fator de célula-tronco (SCF) e fator de crescimento endotelial vascular (VEGF) são adicionados para impulsionar a especificação do mesoderme e apoiar células hematopoiéticas emergentes7,,8,,9,,11,12. As células diferenciais dentro dos EBs também iniciam a ativação de vias de sinalização endógenas como Wnt e Activin. Alguns protocolos de diferenciação não passam pela fase de formação de EB. Nestes casos, os reguladores de sinalização Wnt e Activin, como activina humana recombinante A e/ou Chiron são adicionados ao diferencial iPSCs em um formato de monocamada13,14,15. Aqui, focamos em um protocolo que usa a formação eb. Para a segunda etapa de diferenciação, os EBs são banhados em uma superfície aderente. Estas células anexadas são então expostas a citocinas que promovem o surgimento de células suspensas que incluem progenitores hematopoiéticos e mieloides. Nestas condições de cultura in vitro, a interleucina-3 (IL3) provavelmente suporta a formação e proliferação de células hematopoiéticas de tronco-progenitor16,17, bem como precursores mieloides proliferação e diferenciação18. O fator estimulante da colônia de macrófagos (CSF1) suporta a produção de células mieloides e sua diferenciação para macrófagos19,20. Durante o terceiro estágio de diferenciação, essas células de suspensão são cultivadas na presença de CSF1 para suportar a maturação de macrófagos terminais.
A diferenciação dos iPSCs humanos em macrófagos in vitro imita a onda inicial da produção de macrófagos durante o desenvolvimento. Os macrófagos residentes em tecidos são estabelecidos durante a embriogênese e têm uma linhagem de desenvolvimento distinta de monócitos adultos. Vários estudos têm mostrado que o iPSC-DMs tem uma assinatura genética que é mais comparável aos macrófagos derivados do fígado fetal do que os monócitos derivados do sangue, sugerindo que os iPSC-DMs são mais parecidos com macrófagos residentes em tecidos. Os iPSC-DMs expressam níveis mais elevados de genes que codificam a secreção de proteínas envolvidas na remodelação de tecidos e angiogênese e expressam níveis mais baixos de codificação de genes para secreção de citocinas pró-inflamatórias e atividades de apresentação de antígenos21,22. Além disso, os iPSC-DMs possuem um requisito de fator de transcrição análogo ao dos macrófagos residentes em tecidos23,24. Usando linhas de células knockout iPSC que são deficientes nos fatores de transcrição RUNX1, SPI1 (PU.1), e MYB, Buchrieser et al. mostraram que a geração de iPSC-DMs é dependente de SPI1 e RUNX1, mas MYB independente. Isso indica que eles são transcricionalmente semelhantes aos macrófagos derivados da gema-sac que são gerados durante a primeira onda de hematopoiesis durante o desenvolvimento23. Portanto, é amplamente aceito que os iPSC-DMs representam um modelo celular mais adequado para estudar macrófagos residentes em tecidos, como as células microglia14,,25 e Kupffer11, e uma fonte mais desejável de células que poderiam potencialmente ser usadas em terapias para reparar tecidos. Por exemplo, foi demonstrado que os macrófagos produzidos in vitro a partir de ESCs de camundongos foram eficazes na fibrose amenizada em um modelo de lesão hepática induzida por CCl4 in vivo11. Além disso, esses macrófagos derivados do ESC eram mais eficientes do que os macrófagos derivados da medula óssea na repovoação dos compartimentos celulares de Kupffer esgotados de macrófagos usando clodronato lipossômico11 em camundongos.
Aqui, descrevemos protocolos livres de soro e alimentação para a manutenção, congelamento e descongelamento de iPSCs humanos, e para a diferenciação desses iPSCs em macrófagos funcionais. Este protocolo é muito semelhante ao descrito por Van Wilgenburg et al.12, com pequenas alterações incluindo: 1) mídia de manutenção iPSC; 2) O inibidor de ROCHA não é utilizado na fase de formação de EB; 3) Uma abordagem mecânica em vez de uma abordagem enzimática é usada para gerar EBs uniformes de colônias iPSC; 4) O método de colheita e emplacamento de EB é diferente; 5) As células de suspensão são colhidas 2x por semana, em vez de semanais; e 6) As células de suspensão colhidas são cultivadas sob CSF1 para maturação de macrófagos por 9 dias em vez de 7 dias. Também descrevemos protocolos utilizados para caracterizar fenótipo e função de macrófagos derivados do iPSC, incluindo análises para expressão genética (qRT-PCR), expressão de marcadores de superfície celular (citometria de fluxo) e ensaios funcionais para avaliar fagocitose e polarização.
O protocolo para a geração de iPSC-DMs descritoaqui é robusto e permite a produção de um grande número de células homogêneas a partir de um número relativamente pequeno de iPSCs. Após a diferenciação inicial de aproximadamente 1 x 106 iPSCs, as culturas subseqüentes podem ser colhidas a cada 4 dias por até 2-3 meses, resultando na produção de pelo menos 6,5 x 107 macrófagos ao longo desse tempo. Estes macrófagos humanos gerados in vitro são morfologicamente semelhantes aos macrófagos humanos primários, expressam os principais marcadores de superfície das células dos macrófagos e exibem atividade fagocítica. O protocolo de diferenciação de macrófagos é reprodutível e pode ser aplicado a outras linhas de células hiPSC e hESC, mas o tempo preciso da primeira colheita dos precursores do macrófago e o número absoluto de células que podem ser geradas varia entre as linhas iPSC.
Foi demonstrado que macrófagos podem ser gerados a partir de iPSCs que foram geneticamente manipulados. Por exemplo, um transgênico constituído pelo repórter fluorescente ZsGreen sob o controle do promotor CAG constitutivo foi inserido no lócus AAVS1 da linha SFCi55 iPSC, e foi posteriormente mostrado que esta linha iPSC poderia ser diferenciada em macrófagos expressos zsGreen8. Esses macrófagos fluorescentes poderiam ser usados no futuro para acompanhar a migração e estabilidade dos macrófagos terapêuticos em modelos de doença. Em outro estudo, os macrófagos foram gerados a partir de uma linha iPSC que havia sido manipulada geneticamente para expressar um fator de transcrição induzido por tamoxifen, KLF1. A ativação do KLF1 em macrófagos derivados do iPSC resultou na produção de macrófagos com um fenótipo comparável aos macrófagos da ilha eritróida9. Potencialmente, essa estratégia poderia ser usada para programar geneticamente macrófagos derivados do iPSC em fenótipos associados a outras populações de macrófagos específicos do tecido, como células kupffer do fígado ou células langerhans da pele. Isso seria possível uma vez que os principais fatores de transcrição que definem esses tipos de células sejam identificados.
Em termos de protocolo, é muito importante notar que a condição da população inicial dos iPSCs é fundamental para a diferenciação bem sucedida. Culturas humanas de iPSC podem ser invadidas por subpopulações cariotipicamente anormais ao longo de várias passagens, por isso recomenda-se a curadoria robusta de estoques de iPSC e grandes estoques mestres de lotes submetidos ao controle da qualidade do genoma. Em nossas mãos, os protocolos de manutenção descritos aqui podem manter iPSCs cariotipicamente normais por até 2 meses em cultura contínua, mas isso pode variar para diferentes linhas celulares e em diferentes laboratórios. Se os problemas forem encontrados, é aconselhável usar um frasco fresco de iPSCs indiferenciados para cada experimento de diferenciação. Além disso, a cultura inicial de iPSCs indiferenciadas não deve ser superior a 80% de confluentes. Na fase de chapeamento EB, apenas 10-15 EBs devem ser banhados por poço de uma placa de cultura de tecido de 6 poços, e é fundamental que esses EBs estejam espalhados uniformemente pelo poço. Um maior número de EBs e/ou clumping de EBs no centro do poço teve um efeito negativo sobre o número de macrófagos gerados. Deve-se tomar cuidado ao reabastecer a mídia e colher células de suspensão progenitoras semelhantes a monócitos das culturas EB para evitar perturbar a adesão dos EBs à superfície das placas de cultura revestidas. O número de células de suspensão hematopoiética produzidas gradualmente aumenta a cada safra, com produção ótima entre os dias 40 e 72 de diferenciação(Figura 2). A produção diminui progressivamente após o dia 68 e as placas tendem a esgotar após 2,5 meses, embora o tempo preciso possa variar dependendo da linha iPSC.
Uma limitação do nosso protocolo é que não foi possível criopreservar as células de suspensão hematopoiética geradas no final do Estágio 2. Protocolos que dependem da ativação exógena da WNT relatam uma taxa de recuperação de 40% após a criopreservação, mas esses protocolos relatam apenas uma colheita celular, de modo que o número absoluto de macrófagos gerados é baixo30. O protocolo descrito aqui, induzindo a sinalização endógena através da formação de EBs, pode ser colhido quinzenalmente, produzindo um rendimento total de macrófagos muito maior.
Em resumo, apresentamos um protocolo detalhado para a produção de macrófagos funcionais derivados do iPSC. A criação de experimentos in vitro com macrófagos derivados do iPSC para estudar a biologia dos macrófagos em saúde e doença tem muitas vantagens em relação a experimentos com macrófagos derivados de monócitos (MDMs). Essas vantagens incluem a facilidade de acessibilidade ao material (por exemplo, não são necessários doadores), grandes quantidades de macrófagos podem ser produzidas, e é viável e relativamente simples produzir macrófagos geneticamente modificados. Além disso, os macrófagos derivados do iPSC podem ser melhores recursos para o estudo da biologia de macrófagos residentes em tecidos.
The authors have nothing to disclose.
Agradecemos a Fiona Rossi e Claire Cryer pela ajuda com citometria de fluxo, Eoghan O’Duibhir e Bertrand Vernay com microscopia. Este trabalho foi financiado pela CONACYT (M.L.-Y.), Wellcome Trust (102610) e Innovate UK (L.M.F), Wellcome Trust PhD studentship (A.M), MRC Precision Medicine Studentship (T.V). L.C. e J.W.P. foram apoiados pela Wellcome Trust (101067/Z/13/Z), Medical Research Council (MR/N022556/1) e COST Action BM1404 Mye-EUNITER (http://www.mye-euniter.eu).
2-Mercaptoethanol (50 mM) | Invitrogen | 31350010 | |
Abtibody CD64-APC -CY7 | Biolegend | 305026 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody 25F9-EFLUOR 660 | Ebioscience | 15599866 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CCR2-PE-Cy7 | Biolegend | 357212 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CCR5 PE | Biolegend | 313707 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CCR8 PE | Biolegend | 360603 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD11b-PE | Biolegend | 301305 | Dilution factor: 1:50 |
Antibody CD14-APC | Ebioscience | 10669167 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CD163-PE-CY7 | BIolegend | 333614 | Dilution factor: 1:25 |
Antibody CD169-APC | Biolegend | 346007 | Dilution factor: 1:25 |
Antibody CD206-PE | Biolegend | 321106 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD209-PE-CY7 | Biolegend | 3310114 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD274-PE-CY7 | Biolegend | 329718 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD43-PE | Ebioscience | 10854419 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD45-APC | Ebioscience | 15577936 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CD86-APC | Biolegend | 305412 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD93-PE | Ebioscience | 10804637 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CX3CR1-PE | Biolegend | 307650 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody HLA-DR-BV650 | Biolegend | 307650 | Dilution factor: 1:100 |
Antiboy CD115-PE | Biolegend | 347308 | Dilution factor: 1:40 |
Cell Dissociation Buffer, enzyme free | Thermofisher | 13151014 | |
Cell Dissociation Buffer, enzyme-free, PBS | Gibco | 13151014 | |
CellCarrier-96 Ultra Microplates, tissue culture treated, black, 96-well | PerkinElmer | 6055302 | |
CellMask Deep Red Plasma Membrane Stain | Thermofisher | C10046 | Cryopreservation media |
Cryostor CS10 | Sigma | C2874 | |
CTS CELLstart Substrate | Invitrogen | A1014201 | Stem cell substrate |
DAPI | Merck | D9542-1MG | Final concentration 1 μg/mL |
DPBS, calcium, magnesium (500ml) | Thermofisher | 14040091 | |
FcR Blocking Reagent, human | MACS Miltenyi Biotec | 130-059-901 | |
FGF-Basic (AA 10-155) Recombinant Human Protein | Thermofisher | PHG0021 | |
GlutaMAX Supplement | Thermofisher | 35050061 | |
Human Recombinant IFNY | Thermofisher | 14-8319-80 | |
Human Serum Albuminum | Irvine Scientific | 9988 | |
Lipopolysaccharide (LPS) from E. Coli | Sigma | L2630 | |
NucBlue (Hoechst33342) | Thermofisher | R37605 | |
pHrodo Green Zymosan Bioparticles Conjugate for Phagocytosis | Thermofisher | P35365 | |
Porcine Skin Gelatin | Sigma | G9136 | |
Recombinant Human BMP4 Protein | R&D | 314-BP-010 | |
Recombinant Human IL10 | Preprotech | 200-10 | |
Recombinant Human IL3 | Preprotech | 200-03-10 | |
Recombinant Human IL4 | Preprotech | 200-04 | |
Recombinant Human MCSF (carrier-free) 100ug | Biolegend | 574806 | |
Recombinant Human VEGF Protein | R&D | 293-VE-010 | |
Rock Inhibitor Y-27632 | Merck | SCM075 | |
SCF (C-Kit Ligand) Recombinant Human Protein | Thermofisher | PHC2111 | |
StemPro hESC SFM | Thermofisher | A1000701 | |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | Thermofisher | 23181010 | |
Ultralow attachment plates: Cell culture multi-well plate, 6 well, cell star cell repellent surface | Greiner | 657970 | |
UltraPure 0.5 M EDTA, pH 8.0 | Invitrogen | 15575020 | |
X-Vivo 15 500 mL bottle | Lonza | BE02-060F |