Ce protocole décrit la génération robuste de macrophages des cellules souches pluripotentes induites par l’homme, et les méthodes pour leur caractérisation ultérieure. L’expression de marqueur de surface de cellules, l’expression de gène, et les essais fonctionnels sont employés pour évaluer le phénotype et la fonction de ces macrophages iPSC-dérivés.
Les macrophages sont présents dans la plupart des tissus vertébrés et comprennent des populations cellulaires largement dispersées et hétérogènes ayant des fonctions différentes. Ils sont des acteurs clés de la santé et de la maladie, agissant comme phagocytes pendant la défense immunitaire et la médiation trophique, l’entretien, et les fonctions de réparation. Bien qu’il ait été possible d’étudier certains des processus moléculaires impliqués dans la fonction de macrophage humain, il s’est avéré difficile d’appliquer des techniques de génie génétique aux macrophages humains primaires. Cela a considérablement entravé notre capacité d’interroger les voies génétiques complexes impliquées dans la biologie du macrophage et de générer des modèles pour des états de maladie spécifiques. Une source de macrophages humains prêtes à l’emploi, qui est favorable au vaste arsenal de techniques de manipulation génétique, constituerait donc un outil précieux dans ce domaine. Nous présentons un protocole optimisé qui permet la génération de macrophages à partir de cellules souches pluripotentes induites par l’homme (iPSCs) in vitro. Ces macrophages iPSC-dérivés (iPSC-DMs) expriment des marqueurs de surface de cellules de macrophage humain, y compris CD45, 25F9, CD163, et CD169, et notre essai fonctionnel d’imagerie de cellules vivantes démontre qu’ils présentent l’activité phagocytic robuste. Les iPSC-DM cultivés peuvent être activés vers différents états de macrophage qui affichent l’expression génique altérée et l’activité phagocytic par l’ajout de LPS et IFNg, IL4, ou IL10. Ainsi, ce système fournit une plate-forme pour générer des macrophages humains porteurs d’altérations génétiques qui modéliser des maladies humaines spécifiques et une source de cellules pour le dépistage des médicaments ou la thérapie cellulaire pour traiter ces maladies.
Les cellules souches embryonnaires (ESC) et les cellules souches pluripotentes induites (iPSC) représentent une source cellulaire auto-renouvelée qui peut être différenciée pour produire des cellules des trois lignées de couches germinales. Les technologies qui permettent la manipulation génétique des cellules souches pluripotentes humaines (CSP), telles que la nucléase des doigts de zinc, les TALENS et le CRISPR-Cas9, ont révolutionné la recherche médicale1,2,3,4. La manipulation génétique des CFP humains est une stratégie particulièrement attrayante lorsque la cellule primaire d’intérêt est difficile à développer et/ou à maintenir invitro, ou est difficile à manipuler génétiquement, comme c’est le cas pour les macrophages5,6,7,8,9. Comme les IPSC humains peuvent être dérivés de n’importe quelle cellule somatique, ils contournent les limitations éthiques associées aux ESC et fournissent une stratégie pour la livraison de médicaments personnalisés. Cela comprend la modélisation des maladies spécifiques aux patients, le dépistage des drogues et la thérapie cellulaire autologue avec un risque réduit de rejet immunitaire et d’infection6,8,10,11.
Les protocoles décrivant la génération de macrophages à partir d’iPSC consistent en un processus en trois étapes qui comprend : 1) Génération de corps embryonnaires; 2) Émergence des cellules hématopoïétiques en suspension ; 3) Maturation du macrophage terminal.
La formation d’agrégats tridimensionnels, connus sous le nom de corps embryonnaires (EB) initie la différenciation des iPSC. Des protéines morphogénétiques osseuses (BMP4), un facteur de cellules souches (SCF) et un facteur de croissance endothéliale vasculaire (VEGF) sont ajoutés pour stimuler la spécification du mésoderm et soutenir les cellules hématopoïétiques émergentes7,8,9,11,12. Les cellules différenciantes dans les EB initient également l’activation des voies de signalisation endogènes telles que Wnt et Activin. Certains protocoles de différenciation ne passent pas par le stade de la formation EB. Dans ces cas, les régulateurs de signalisation Wnt et Activin, tels que l’Activin A et/ou Chiron humain recombinant, sont ajoutés aux iPSC différenciants dans un format monocouche13,14,15. Ici, nous nous concentrons sur un protocole qui utilise la formation EB. Pour la deuxième étape de la différenciation, les EB sont plaqués sur une surface adhérente. Ces cellules attachées sont ensuite exposées à des cytokines qui favorisent l’émergence de cellules de suspension qui incluent des progéniteurs hématopoïétiques et myéloïdes. Dans ces conditions de culture in vitro, l’interleukine-3 (IL3) soutient probablement la formation et la prolifération des cellules hématopoïétiques souches-progénitrices16,17, ainsi que la prolifération et la différenciation des précurseurs myéloïdes18. Le facteur stimulant de la colonie de macrophage (CSF1) soutient la production de cellules myéloïdes et leur différenciation avec les macrophages19,20. Au cours de la troisième étape de la différenciation, ces cellules de suspension sont cultivées en présence de CSF1 pour soutenir la maturation du macrophage terminal.
La différenciation des iPSC humains en macrophages in vitro imite la première vague de production de macrophage pendant le développement. Les macrophages de tissu-résident sont établis pendant l’embryogenèse et ont une lignée développementale distincte des monocytes adultes. Plusieurs études ont montré que les iPSC-DM ont une signature génétique qui est plus comparable aux macrophages foetaux dérivés du foie que les monocytes dérivés du sang, ce qui suggère que les iPSC-DMs s’apparentent davantage aux macrophages de tissu-résident. iPSC-DMs exprimer des niveaux plus élevés de gènes qui codent pour la sécrétion de protéines impliquées dans le remodelage des tissus et l’angiogenèse et exprimer des niveaux inférieurs de gènes codant pour la sécrétion de cytokine pro-inflammatoire et les activités de présentation d’antigène21,22. En outre, iPSC-DMs ont une exigence analogue facteur de transcription à celle des macrophages de tissu-résident23,24. L’utilisation des lignées cellulaires knock-out iPSC qui sont déficientes dans les facteurs de transcription RUNX1, SPI1 (PU.1), et MYB, Buchrieser et autres a montré que la génération d’iPSC-DMs est SPI1 et RUNX1 dépendant, mais MYB indépendant. Ceci indique qu’ils sont transcriptionnellement semblables aux macrophages dérivés de jaune-sac qui sont générés pendant la première vague d’hématopoiesis pendant le développement23. Par conséquent, il est largement admis que les iPSC-DM représentent un modèle cellulaire plus approprié pour étudier les macrophages de tissu-résident tels que les microglies14,25 et les cellules de Kupffer11, et une source plus souhaitable de cellules qui pourraient potentiellement être employées dans des thérapies pour réparer des tissus. Par exemple, il a été démontré que les macrophages produits in vitro à partir de CSE souris étaient efficaces pour améliorer la fibrose dans un modèle de lésions hépatiques induits par CCl4 in vivo11. En outre, ces macrophages dérivés de l’ESC étaient plus efficaces que les macrophages dérivés de la moelle osseuse à repeupler les compartiments cellulaires De Kupffer appauvris des macrophages utilisant le clodronate liposomal11 chez la souris.
Ici, nous décrivons les protocoles sans sérum et sans alimentation pour l’entretien, le gel et le dégel des iPSCs humains, et pour la différenciation de ces iPSC en macrophages fonctionnels. Ce protocole est très similaire à celui décrit par Van Wilgenburg et coll.12, avec des modifications mineures, y compris : 1) les supports iPSC-maintenance; 2) L’inhibiteur ROCK n’est pas utilisé au stade de formation EB; 3) Une approche mécanique plutôt qu’une approche enzymatique est utilisée pour générer des EB uniformes à partir de colonies iPSC; 4) La méthode pour la récolte et le placage d’EB est différente ; 5) Les cellules de suspension sont récoltées 2x par semaine, plutôt que chaque semaine ; et 6) Les cellules de suspension récoltées sont cultivées sous CSF1 pour la maturation du macrophage pendant 9 jours plutôt que 7 jours. Nous décrivons également les protocoles utilisés pour caractériser le phénotype et la fonction de macrophage dérivés d’iPSC, y compris des analyses pour l’expression des gènes (qRT-PCR), l’expression de marqueur de surface cellulaire (cytométrie de flux), et les essais fonctionnels pour évaluer la phagocytose et la polarisation.
Le protocole pour la génération d’iPSC-DMs décrit ici est robuste et permet la production d’un grand nombre de cellules homogènes à partir d’un nombre relativement faible d’iPSC. Après la différenciation initiale d’environ 1 x 106 iPSCs, les cultures suivantes peuvent être récoltées tous les 4 jours pendant un mois allant jusqu’à 2 à 3 mois, ce qui entraîne la production d’au moins 6,5 x 107 macrophages au cours de cette période. Ces macrophages humains générés in vitro sont morphologiquement semblables aux macrophages humains primaires, expriment les marqueurs clés de surface de cellules de macrophage, et présentent l’activité phagocytic. Le protocole de différenciation du macrophage est reproductible et peut être appliqué à d’autres lignées cellulaires hiPSC et hESC, mais le moment précis de la première récolte des précurseurs macrophage et le nombre absolu de cellules qui peuvent être générées varie entre les lignes iPSC.
Il a été démontré que les macrophages peuvent être générés à partir d’iPSCs qui ont été génétiquement manipulés. Par exemple, une cassette transgène composée du journaliste fluorescent ZsGreen sous le contrôle du promoteur constitutif CAG a été insérée dans le locus AAVS1 de la ligne SFCi55 iPSC, et il a été démontré par la suite que cette ligne iPSC pouvait être différenciée en macrophages8. Ces macrophages fluorescents pourraient être utilisés à l’avenir pour suivre la migration et la stabilité des macrophages thérapeutiques dans les modèles de maladie. Dans une autre étude, des macrophages ont été générés à partir d’une lignée iPSC qui avait été génétiquement manipulée pour exprimer un facteur de transcription induit par le tamoxifène, KLF1. L’activation de KLF1 dans les macrophages iPSC-dérivés a eu comme conséquence la production des macrophages avec un phénotype comparable aux macrophages de l’île érythroide9. Potentiellement, cette stratégie pourrait être utilisée pour programmer génétiquement les macrophages dérivés de l’iPSC dans des phénotypes associés à d’autres populations de macrophage spécifiques aux tissus telles que les cellules Kupffer du foie ou les cellules Langerhans de la peau. Cela serait possible une fois que les principaux facteurs de transcription qui définissent ces types de cellules sont identifiés.
En ce qui concerne le protocole, il est très important de noter que l’état de la population de départ des CISPS est essentiel pour une différenciation réussie. Les cultures iPSC humaines peuvent être envahies par des sous-populations karyotypically anormales sur plusieurs passages, de sorte que la curation robuste des stocks d’iPSC et de grands stocks de maître de lot soumis au contrôle de la qualité du génome est recommandée. Dans nos mains, les protocoles d’entretien décrits ici peuvent maintenir des iPSCs karyotypiquement normaux pendant jusqu’à 2 mois dans la culture continue, mais cela peut varier pour différentes lignées cellulaires et dans différents laboratoires. Si des problèmes sont rencontrés, il est conseillé d’utiliser une flacon frais d’iPSC indifférents pour chaque expérience de différenciation. En outre, la culture de départ des IPSC indifférents ne devrait pas être plus de 80% confluent. Au stade du placage EB, seulement 10 à 15 EB doivent être plaqués par puits d’une plaque de culture de tissu de puits de 6, et il est essentiel que ces EB soient répartis uniformément sur le puits. Un plus grand nombre d’EB et/ou d’agglutination des EB au centre du puits a eu un effet négatif sur le nombre de macrophages générés. Il faut faire attention lors de la reconstitution des supports et de la récolte des cellules de suspension de progéniteurs monocytes des cultures EB afin d’éviter de perturber l’adhérence des EB à la surface des plaques de culture enduites. Le nombre de cellules de suspension hématopoïétique produites augmente progressivement à chaque récolte, avec une production optimale entre les jours 40-72 de différenciation(figure 2). La production diminue progressivement après le jour 68 et les plaques ont tendance à s’épuiser après 2,5 mois, bien que le moment précis puisse varier en fonction de la ligne iPSC.
Une limitation de notre protocole est qu’il n’a pas été possible de cryopréserver les cellules de suspension hématopoïétique générées à la fin de l’étape 2. Protocoles qui s’appuient sur l’activation exogène du rapport WNT sur un taux de récupération de 40% après cryoconservation, mais ces protocoles ne rapportent qu’une seule récolte cellulaire, de sorte que le nombre absolu de macrophages générés est faible30. Le protocole décrit ici, induisant la signalisation endogène par la formation d’EBs, peut être récolté deux semaines, produisant un rendement macrophage total beaucoup plus élevé.
En résumé, nous présentons un protocole détaillé pour la production de macrophages fonctionnels dérivés d’iPSC. La mise en place d’expériences in vitro avec des macrophages dérivés de l’iPSC pour étudier la biologie du macrophage dans la santé et la maladie présente de nombreux avantages par rapport aux expériences avec des macrophages dérivés du monocyte (MDM). Ces avantages comprennent la facilité d’accessibilité au matériau (p. ex., aucun donneur n’est nécessaire), de très grandes quantités de macrophages peuvent être produites, et il est faisable et relativement simple de produire des macrophages génétiquement modifiés. En outre, les macrophages dérivés d’iPSC pourraient être une meilleure ressource pour l’étude de la biologie de macrophage tissulaire-résident.
The authors have nothing to disclose.
Nous remercions Fiona Rossi et Claire Cryer pour leur aide à la cytométrie des débits, Eoghan O’Duibhir et Bertrand Vernay avec microscopie. Ces travaux ont été financés par CONACYT (M.L.-Y.), Wellcome Trust (102610) et Innovate UK (L.M.F), Wellcome Trust DoctorD studentship (A.M), MRC Precision Medicine Studentship (T.V). L.C. et J.W.P. ont reçu l’appui de Wellcome Trust (101067/Z/13/Z), du Medical Research Council (MR/N022556/1) et de COST Action BM1404 Mye-EUNITER (http://www.mye-euniter.eu).
2-Mercaptoethanol (50 mM) | Invitrogen | 31350010 | |
Abtibody CD64-APC -CY7 | Biolegend | 305026 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody 25F9-EFLUOR 660 | Ebioscience | 15599866 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CCR2-PE-Cy7 | Biolegend | 357212 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CCR5 PE | Biolegend | 313707 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CCR8 PE | Biolegend | 360603 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD11b-PE | Biolegend | 301305 | Dilution factor: 1:50 |
Antibody CD14-APC | Ebioscience | 10669167 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CD163-PE-CY7 | BIolegend | 333614 | Dilution factor: 1:25 |
Antibody CD169-APC | Biolegend | 346007 | Dilution factor: 1:25 |
Antibody CD206-PE | Biolegend | 321106 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD209-PE-CY7 | Biolegend | 3310114 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD274-PE-CY7 | Biolegend | 329718 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD43-PE | Ebioscience | 10854419 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD45-APC | Ebioscience | 15577936 | Dilution factor: 1:20 |
Antibody CD86-APC | Biolegend | 305412 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CD93-PE | Ebioscience | 10804637 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody CX3CR1-PE | Biolegend | 307650 | Dilution factor: 1:100 |
Antibody HLA-DR-BV650 | Biolegend | 307650 | Dilution factor: 1:100 |
Antiboy CD115-PE | Biolegend | 347308 | Dilution factor: 1:40 |
Cell Dissociation Buffer, enzyme free | Thermofisher | 13151014 | |
Cell Dissociation Buffer, enzyme-free, PBS | Gibco | 13151014 | |
CellCarrier-96 Ultra Microplates, tissue culture treated, black, 96-well | PerkinElmer | 6055302 | |
CellMask Deep Red Plasma Membrane Stain | Thermofisher | C10046 | Cryopreservation media |
Cryostor CS10 | Sigma | C2874 | |
CTS CELLstart Substrate | Invitrogen | A1014201 | Stem cell substrate |
DAPI | Merck | D9542-1MG | Final concentration 1 μg/mL |
DPBS, calcium, magnesium (500ml) | Thermofisher | 14040091 | |
FcR Blocking Reagent, human | MACS Miltenyi Biotec | 130-059-901 | |
FGF-Basic (AA 10-155) Recombinant Human Protein | Thermofisher | PHG0021 | |
GlutaMAX Supplement | Thermofisher | 35050061 | |
Human Recombinant IFNY | Thermofisher | 14-8319-80 | |
Human Serum Albuminum | Irvine Scientific | 9988 | |
Lipopolysaccharide (LPS) from E. Coli | Sigma | L2630 | |
NucBlue (Hoechst33342) | Thermofisher | R37605 | |
pHrodo Green Zymosan Bioparticles Conjugate for Phagocytosis | Thermofisher | P35365 | |
Porcine Skin Gelatin | Sigma | G9136 | |
Recombinant Human BMP4 Protein | R&D | 314-BP-010 | |
Recombinant Human IL10 | Preprotech | 200-10 | |
Recombinant Human IL3 | Preprotech | 200-03-10 | |
Recombinant Human IL4 | Preprotech | 200-04 | |
Recombinant Human MCSF (carrier-free) 100ug | Biolegend | 574806 | |
Recombinant Human VEGF Protein | R&D | 293-VE-010 | |
Rock Inhibitor Y-27632 | Merck | SCM075 | |
SCF (C-Kit Ligand) Recombinant Human Protein | Thermofisher | PHC2111 | |
StemPro hESC SFM | Thermofisher | A1000701 | |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | Thermofisher | 23181010 | |
Ultralow attachment plates: Cell culture multi-well plate, 6 well, cell star cell repellent surface | Greiner | 657970 | |
UltraPure 0.5 M EDTA, pH 8.0 | Invitrogen | 15575020 | |
X-Vivo 15 500 mL bottle | Lonza | BE02-060F |