Burada, Arabidopsis yaprakları ve onların üç ana alt bölmeler (zarf, stroma ve thylakoids) sağlam kloroplast arındırmak için bir yöntem tarif fark centrifugations, sürekli Percoll degradeler, bir arada kullanarak ve iş öğelerinin sürekli olmayan sükroz degradeler. Subplastidial ve immunoblotting ve proteomik proteinlerin hücre altı yerelleştirme için önemli bir yöntemdir.
Kloroplast bitki hücrelerinin önemli bileşenleridir. Böyle Plastitler asimilasyon karbon, kükürt ve azot gibi temel metabolitler sentezi gibi birçok önemli işlevleri yerine getirmek. Bu organelleri aşağıdaki üç anahtar alt bölmeler oluşur. İki membranlar tarafından karakterize zarf, organel çevreleyen ve diğer hücre bölmeleri ile Plastit iletişim denetler. Stroma kloroplast ve karbon dioksit karbonhidrat nerede dönüştürülür ana site çözünür aşamasıdır. Thylakoid membran grana (düz sıkıştırılmış keseleri) oluşan iç zar ağ ve lamellae (daha az yoğun yapıları), nerede temel fotosentez alır yer. Mevcut iletişim kuralı fark centrifugations ve Arabidopsisve onların ayırma sağlam kloroplast, Percoll degradeler kullanarak, sukroz degradeler, üç kullanarak arıtma gerekli adım adım yordamlar açıklanır alt bölmeler (Yani, zarf, stroma ve thylakoids). Bu iletişim kuralı da çeşitli kloroplast alt bölmeler için ilişkili işaretçileri kullanarak bu kesirler saflığı değerlendirmek izlenecek yönergeleri sağlar. Burada açıklanan yöntemi immunoblotting, ama aynı zamanda için kullanarak proteinlerin subplastidial yerelleştirme için değerlidir hücre altı ve subplastidial proteomik ve diğer çalışmalar.
Kloroplast bitki hücrelerinin önemli bileşenleridir. Onlar bir endosymbiosis geçirmiş ve sonunda bir organel evrim1,2sırasında gelişti siyanobakteriyel bir atadan türetmek. Böyle organelleri üç ana bölmeleri (Şekil 1) içerir. Zarf sistem bir iç ve bir dış membran organel çevreleyen yapılır. Bu çift cidarlı sistem çeşitli enzimler lipidler ve pigmentler üretimiyle içerir ve çoğunlukla Plastitler sitozol arasındaki iletişimi denetlemek için ayrılmıştır. Nükleer kodlanmış proteinlerin alma ve iyonları ve metabolitleri sitozol ve böylece bitki hücre3,4 temel metabolik işlevleri düzenleyen kloroplast arasındaki değişimi izin çeşitli taşıma sistemleri içerir . Stroma, kloroplast, çözünür aşaması Calvin döngüsü (CO2 asimilasyon), enzimler içeren amino asit ve vitamin ve Plastit transkripsiyon ve translasyon makineleri de dahil olmak üzere çeşitli metabolitleri sentezi. Thylakoid membran nerede fotosentez ışık aşamasında yer alan bir yaygın olarak organize iç zar ağdır. Böylece, kloroplast temel metabolik yollar5oluştuğu yerlerdir.
Kloroplast dinamiği ve Fizyoloji kontrol yeni düzenleyici mekanizmaları çözmek için alt plastidial yerelleştirme kloroplast proteinlerin tanımlama böylece hedeflenen çalışmalar proteinler işlevleri daha iyi anlamak için amaçlayan desteklemek için önemlidir Model organizmalar6‘. Bu proteinler hakiki subplastidial lokalizasyonu erişmek için bu nedenle son derece saf subplastidial kesirler (zarf membranlar, stroma ve thylakoids) başlatmak için esastır. Bu bağlamda, mevcut Protokolü Arabidopsis yaprakları fark centrifugations ve sürekli Percoll degradeler kullanarak üzerinden sağlam kloroplast arındırmak ve onları fractionate amaçtır kesintili sükroz degradeler, üç kullanma alt bölmeler (Yani, zarf, stroma ve thylakoids). Burada açıklanan yöntemi ayrıca çeşitli kloroplast alt bölmeler için ilişkili işaretçileri kullanarak arıtılmış alt organellar kesirler saflığı değerlendirmek için yönergeler sağlar. Bu iletişim kuralı subplastidial yerelleştirme immunoblotting kullanarak proteinlerin ve arıtılmış kesirler kütle spektrometresi (MS) kullanarak daha iyi inceleyebilmemiz için değerlidir-tabanlı Proteomik çalışmaları.
Mevcut madde kloroplast (ve onların alt bölmeler) arındırmak için kullanılan adım adım iletişim kuralı detaylara Arabidopsis thalianaamaçlamaktadır. Ve kullanıma sunulması, komple genom sıra neredeyse yirmi yıl önce büyük koleksiyonları topluma sunulan ekleme mutantların beri Arabidopsis şimdi yaygın bir modeli bitkisi olarak kabul edilir. Ancak, bu bitki genetik yaklaşımlar için mükemmel adapte iken, gelişmekte olan bu model biyokimyasal ve fizyolojik araçlarına uyum için gerekli bilim adamları bitki. Böylece yaprak ıspanak12 veya bezelye13 gibi köklü biyokimyasal modellerin üzerinden omnivor etkin kloroplast arındırmak için izin iletişim kuralları adapte gerekiyordu. İlk yöntem Arabidopsis kloroplast arıtma 199814, Arabidopsis genom dizisi sürümünden önce yayımlandı. Birkaç yıl sonra basit yöntemleri Arabidopsis kloroplast arıtılmış organelleri proteinler alınmasıyla vitro analiz amaçlayan çalışmalar ile uyumlu izole için kullanılabilir15,16yapılmıştır. Ancak, bu yöntemleri yüksek saflık ve arıtılmış kloroplast fotosentetik etkinlik korunması birleştirmek için izin vermedi. Son zamanlarda17, hızlı bir yöntem, Percoll degradeler kullanımına dayanıyor ve ölçülen Arabidopsis başlangıç yapraklarda fotosentez oranı neredeyse % 90 tutulacağı sağlar kurulmuştur.
Burada açıklanan iletişim kuralı Arabidopsis kloroplast saflık mükemmel bir düzeyde arındırmak için izin verir. Gerçekten de, diğer hücre bölmeleri gelen kirletici immünolojik algılama arıtılmış organelleri mitokondrial yoksun olduğunu gösterdi ve plazma zarı işaretleyicileri9,10. Bu iletişim kuralı da birkaç Arabidopsis ecotypes18, Columbia (Col) veya Wassilewskija (WS), Yani, gibi kloroplast arındırmak için verimli genom için kullanılan veya ifade ecotypes sıra Etiketler (ESTs) sıralama Ayrıca Arabidopsisiçinde T-DNA ekleme mutantlar oluşturmak için ama projeleri. Proteomik çalışmalar yapılması gerektiğinde, diğer bir deyişle, mevcut Protokolü Arabidopsisgelen bu iki başvuru ecotypes ile uyumludur. Son olarak, mevcut iletişim kuralını kullanarak kloroplast verim–dan ıspanak veya bezelye yaprakları (Yani, Percoll saf kloroplast fazla ile karşılaştırıldığında klorofil içeriğinde üzerinden ölçülen % 3, başlatma sırasında elde edilen bir benzer klorofil tutar yaprakları başlayan mevcut). Ne zaman organelleri 5-hafta-yaşlı Arabidopsis yaprakların 500 g Saf protein açısından, kloroplast proteinlerin yakın 50 mg verimidir.
Böyle bir iyi verim (ve kloroplast bütünlüğü), ulaşmak için bir ancak özen özel birkaç adım mevcut protokolünü kullanırken. Arabidopsis kloroplast (Bu durum için bezelye kloroplast, örneğin değildir) son derece kırılgan bir yapıdır. Belirli dikkat böylece arıtma sırasında organelleri büyük ölçekli rüptürü önlemek için gereklidir. Nişasta granülleri kloroplast içinde mevcut boyutunu ve sayısını sağlam kloroplast hazırlanması için kritik öneme sahiptir. Nitekim, büyük nişasta tahıl içeren kloroplast genellikle ham kloroplast kesirler12konsantre amaçlayan ilk fark centrifugations adımları sırasında kesilir. Bu nedenle, bitkiler gecede bir karanlık ve soğuk oda (4 ° C) nişasta miktarını azaltmak için deneme önce tutulmalıdır.
Mevcut iletişim kuralının yeni kullanıcılar daha büyük miktarlarda yaprak malzeme (daha büyük yaprakları ile eski Arabidopsis bitkilerden büyük rozet) başlatmak için cazip saf kloroplast kurtarılması geliştirmek çalışıyor. Ancak, bizim ellerde, Genç yapraklarından (5-hafta-yaşlı) verim, saflık ve arıtılmış organelleri bütünlüğünü birleştirmek için en iyi uzlaşma ulaşıyor. Gerçekten de, çok eski yaprakları çok kloroplast bütünlük19üzerinde olumsuz bir etkisi olarak gösterildi fenolik bileşikler olarak zenginleştirilmiş.
Son olarak, (doku bileme) ilk ayıklama adım başka bir kritik adım olduğunu. Karıştırma işlemi birkaç saniye için sınırlı olmalıdır. Yukarıda belirtildiği gibi yeni kullanıcıların daha uzun karıştırma, kullanmak için böylece güçlü arıtılmış organelleri verimini artırmak bekliyor meyillidir. Ancak, daha uzun etkili karıştırma yaprakları daha fazla malzeme yayımlarsa, kırık kloroplast oranı hızla ham hücre hulâsa içinde artar görünür. Bu yüksek oran orta sağlam kloroplast kırık nedeniyle daha fazla arıtma adımları (ayrılık Percoll degradeler üzerinde) şiddetle etkilenir ve arıtma verimi beklenmedik bir şekilde düşüktür.
Kullanılabilirlik organelleri arındırmak için belirli iletişim kurallarının kloroplast örnekleri üzerinde yapılacak deneyler proteomik tabanlı yüksek üretilen iş bir dizi izin. Bu veri böylece alanında biyologlar için doğru bir hücre altı (ve subplastidial) yerelleştirme için birçok kloroplast protein sağlayan birkaç ortak veritabanları6, sunuldu. Bu kimliği zarf proteinleri özellikle doğruydu ve kloroplast içinde önemli bir rol oynarken küçük kloroplast bileşeni (kloroplast proteinlerin % 1-2) zarf membranlar temsil ettiğinden konum çoğunlukla bu analizleri daha önce bilinmeyen kaldı metabolizma ve dipnotlar5,20. Burada açıklanan protokol kullanılarak, son zamanlarda Arabidopsis üzerinden üç ana kloroplast bölmeleri bileşimi analiz (Yani, stroma, thylakoids ve zarf membran sistemi)9. (Spektral sayma) bir yarı kantitatif proteomik yaklaşım üzerinde bağlı olarak, biz bu üç kloroplast bölmeleri proteinler yüzlerce bölümleme değerlendirmek başardık.
Kloroplast Arabidopsisüzerinden üç ana bölmeleri arındırmak için mevcut protokol izin verirken, kloroplast içinde ek alt bölmeler ayırt etmek de mümkündür. Nitekim, zarf membran sistemi iç ve dış zarf membranlar (Şekil 1) yapılır. Ancak, bizim bilgi en iyi şekilde kurulacak bir yöntem iç ve dış zarf membranlar Arabidopsis kloroplast üzerinden arındırmak için kalır. İç ve dış zarf membranlar ıspanak bezelye veya21 22 kloroplast saf. Arabidopsis ana sınırlandırılması çoğunlukla malzeme başlayan sınırlayıcı tutarlardan sonuçlanır. 500 g Arabidopsis yaprak (ki zaten bir büyüme odası 1 m2 yüzey gerektirir) başlayarak zarf proteinlerin sadece 100 µg arındırıcı sağlar. Öte yandan, o ile başlayan piyasa, kloroplast8 büyük miktarda arındırmak için ve bir verim bu malzemeden zarf proteinlerin 3-10 mg ile kesmek için 5-10 kg ıspanak yaprakları kolaydır.
Aynı thylakoid alt bölmeler için geçerlidir. Gerçekten de, thylakoids ışık yapılmış membran veziküller (lamellae) ve yoğun yapıları (grana) (Şekil 1). Belirli iletişim kuralları Arabidopsis23,24iki bu bölmeleri ayırt etmek kullanılabilir. Yine, bir nicel proteomik analize dayalı, biz son zamanlarda bu iki alt bölmeler24saat içinde mevcut proteinler kaydediliyor. Bu yaklaşımlar, edebiyat, derinlemesine bir araştırma ile birlikte doğrulamadan veya hipotezler yüzlerce thylakoid proteinler, subplastidial konumu için teklif izin. Ancak, ek membran microdomains thylakoids eğri boşluklarında bulunduğunu unutmamak gerekir. Bu lipoprotein alt bölmeleri veya plastoglobules, thylakoid membran için kalıcı olarak birleştiğinde ve proteinler25belirli bir kümesi içerir. Mevcut iletişim kuralını kullanarak, böylece bu belirli proteinler diğer thylakoid bileşenlerinden ayırt etmek mümkün değil.
Bazı orijinal (bilinen) zarf, stroma ve thylakoid bileşenleri hala algılanan proteinler listelerinden eksik vardır. Hedeflenen biyokimyasal ve immünolojik analizleri ile birlikte MS duyarlılık sürekli iyileştirilmesi kloroplast içerik, çeşitli alt bölmeler bileşimi tam bir repertuar doğru tekrar çok yardımcı olacaktır.
The authors have nothing to disclose.
Bu eser INRA bitki biyolojisi ve yetiştirme bölümü ve Labex GRAL (ANR-10-LABX-49-01) IB için ortak bir Doktora Bursu tarafından desteklenmiştir. Biz de ANR proje ANR-15-IDEX-02, Dr. Olivier Vallon (IBPC Paris) LHCP ve Dr. Renaud Dumas (LPCV, Grenoble) karşı antikorlar için kabul KARI karşı antikorlar için istiyorum.
Percoll | GE Healthcare | 17089101 | |
Tricine | Roth | 6977.2 | |
Sorbitol | Roth | 6213.1 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Promega | H5032 | |
NaHCO3 | Roth | 8551.1 | |
Bovine serum albumin (BSA) | Roth | 8076.5 | |
MgCl2 | Roth | 2189.1 | |
Phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) | Sigma | P7626 | |
Benzamidine | Sigma | B6506 | |
ε-amino caproic acid | Fluka | 21530 | |
3-(N-morpholino) propane sulfonic acid (MOPS) | Roth | 6979.3 | |
Sucrose | Roth | 9286.2 | |
Acrylamide stock: 30% (w/v) acrylamide, 0.8% (w/v) bisacrylamide | Roth | 3029.1 | |
Tris | Fisher | BP152-5 | |
Sodium dodecyl sulfate (SDS) | Roth | 1057.1 | |
Tetramethylethylenediamine (TEMED) | Sigma | T-8133 | |
Ammonium persulfate (APS) | Roth | 9592.1 | |
Glycerol | Roth | 3783.1 | |
Bromophenol blue | USB | US12370 | |
Glycin | Roth | 3908.3 | |
Gel staining medium | Clini-sciences | GEN-QC-STAIN | |
Ethanol | CARLO ERBA | 528151 | |
NaCl | Euromedex | 1112-A | |
Triton X-100 | Promega | H5141 | |
Fat-free milk powder | Régilait | ||
HCl | Fisher | H/1150/PB15 | |
KOH pellets | Sigma | 1.05012 | |
NaOH pellets | CARLO ERBA | 480507 | |
Anti-HMA1 antibody | Seigneurin-Berny et al, 2006 | Used at a 1:1000 dilution | |
Anti-KARI antibody | Ferro et al, 2010 | Used at a 1:1000 dilution | |
Anti-LHCP antibody | Vallon et al, 1991 | Used at a 1:25,000 dilution | |
P-coumaric acid | Sigma | C-9008 | |
Luminol (3-aminophalhydrazin) | Fluka | 9253 | |
Dimethyl sulfoxide (DMSO). | Sigma | D5879 | |
Large (30 cm × 45 cm) plastic cases | Puteaux | 162135 | |
A. thaliana seeds | Around 30 mg of seeds for a whole case | ||
Compost "Floragard" | Puteaux | 16311770 | |
Growth rooms | 12-h light cycle, set at 23°C (day) / 18°C (night) with a light intensity of 150 μmol/m2/s. | ||
Muslin or cheesecloth | Raffin | 70116 | 80-cm-large |
Nylon blutex 50 μm aperture | Tripette et Renaud, Sailly Saillisel | 50 μm aperture | |
Motor-driven blender, three speeds, 1 gallon (4 L) capacity | Waring Blender | ||
Fixed-angle rotors JLA-10.500 (6 × 500-mL plastic bottles) | Beckman Coulter | ||
Beckman JA-20 rotor | Beckman Coulter | ||
JA-20 (6 × 50 mL polypropylene tubes) | Sorvall instruments | ||
Swinging-bucket rotor JS-13.1 (6 × 50 mL polycarbonate tubes) | Beckman Coulter | ||
SW 41 Ti rotor (6 × 13.2 mL ultraclear tubes) | Beckman Coulter | ||
SW 41 Ti rotor tubes (13.2 mL ultraclear tubes) | Beckman Coulter | ||
Ultracentrifuge (Beckman L7) | Beckman Coulter | ||
Centrifuge (Beckman JSE-06D18) | Beckman Coulter | ||
Microcentrifuge | Eppendorf 5415D or equivalent | ||
Water pump connected to a Pasteur pipette via a plastic tube. | |||
Nitrocellulose membranes | BA85, Schleicher and Schuell | ||
Filter paper | 3MM, Whatman, Maidstone | ||
Liquid nitrogen | |||
Peristaltic pump | Gilson | ||
Gel electrophoresis apparatus with the various accessories needed for protein separation by electrophoresis (combs, plates and casting apparatus). | Bio-Rad Protean 3 or equivalent | ||
System for protein transfer to nitrocellulose membranes | Bio-Rad Protean 3 or equivalent |