מדענים יכולים להשבית או למחוק גן בנוקאאוט בחיות לרוב בעכברים, כדי ללמוד יותר על תפקודו של הגן, בדרך כלל על ידי החלפתו בוקטור הכוונה, פיסת דנ”א מהונדסת. לוקטור ההכוונה יש רצפים שהם הומולוגיים, זהים לרצפים לפני הגן ואחריו. בדרך כלל הוא מכיל גם סמן ברירה חיובית, כגון הגן של עמידת לנאומיצין, NeoR, במרכזו, וסמן ברירה שלילית, כמו הגן של תימידין קינאז, TK, בקצה אחד.כשהוא מוחדר לתוך תאי גזע עובריים, הוא מחליף את הגן דרך רקומבינציה הומולוגית, אשר מתרחשת באופן טבעי בין מתיחות הדנ”א עם רצפים דומים. תאים שבהם הוחלף הגן כראוי יכילו את הסמן החיובי, אך לא את הסמן השלילי, שיאפשר לזהות אותם בתרבית. תאים אלה אז מוכנסים לתוך העובר של העכבר ומושתלים לתוך הרחם של הנקבה.לעכבר שנוצר יש שילוב של תאים נורמליים ותאים עם הגן המחוק בכרומוזום אחד. עכברים אלה אז מתרבים ויוצרים מה שנקרא עכברי נוקאאוט, שהם הומוזיגוטיים לגן המחוק בכל התאים.