Characterization of a Pathogenic <em>Escherichia coli</em> Strain Derived from <em>Oreochromis</em> spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Jos&#233; Antonio Maga&#241;a-Liz&#225;rraga; Bruno G&#243;mez-Gil; Julissa Enciso-Ibarra; Mar&#237;a Elena B&#225;ez-Flores

doi:10.3791/64404

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Caracterização de uma cepa patogênica de Escherichia coli derivada de Oreochromis spp. Fazendas usando sequenciamento de genoma completo

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Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing

Caracterização de uma cepa patogênica de Escherichia coli derivada de Oreochromis spp. Fazendas usando sequenciamento de genoma completo

DOI:

10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

José Antonio Magaña-Lizárraga, Bruno Gómez-Gil, Julissa Enciso-Ibarra, María Elena Báez-Flores

¹Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, ²Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapitres

00:04Introduction
01:32DNA Library Preparation
04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
07:05Sequence Data Analysis
08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
09:15Conclusion

Summary

Traduction automatique

A viabilidade de estratégias de sequenciamento do genoma completo (WGS) usando instrumentos de bancada simplificou a interrogação do genoma de cada micróbio de relevância para a saúde pública em um ambiente de laboratório. Uma adaptação metodológica do fluxo de trabalho para WGS bacteriano é descrita e um pipeline de bioinformática para análise também é apresentado.

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