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Análise de transcriptome de alto rendimento para investigar interações host-pathogen
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Journal JoVE Immunologie et infection
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

Análise de transcriptome de alto rendimento para investigar interações host-pathogen

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Chapitres

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

Traduction automatique

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O protocolo aqui apresentado descreve um pipeline completo para analisar dados de transcriptome de sequenciamento de RNA desde leituras brutas até análises funcionais, incluindo etapas de controle de qualidade e pré-processamento para abordagens analíticas estatísticas avançadas.

Tags

– High-throughput Transcriptome Analysis- Host-pathogen Interactions- Quality Control- Sequencing And Annotations- Statistical And Co-expression Analysis- Molecular Degree Of Perturbation Analysis- Functional Analysis- Docker Container- Chikungunya Virus- RNA Sequencing- Reference Genome- Gene Annotation

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